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Genomic Epidemiology Ontology

Metadata

URI
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio.owl
Version URI
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/releases/2021-05-24/genepio.owl
Imports
http://purl.obolibrary.org/obo/bfo/2.0/bfo.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/chebi_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/doid_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/envo_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/foodon_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/gaz_insdc_mapping.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/gazetteer_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/general_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/hardcoded.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/model_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/ncbitaxon_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/obi_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/ontology-metadata.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/ro_import.owl
http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/uberon_import.owl
License
http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/
Ontology RDF
RDF (turtle)

Description

The Genomic Epidemiology Ontology aims to provide a comprehensive controlled vocabulary for infectious disease surveillance and outbreak investigations. It is an application ontology that draws on many other ontologies including anatomy, taxonomy, disease, symptoms, environment and food types for foodborn pathogen metadata.

Table of Contents

  1. Classes
  2. Object Properties
  3. Datatype Properties
  4. Annotation Properties
  5. Named Individuals
  6. Namespaces
  7. Legend

Overview

Pictures say 1,000 words
Figure 1: Ontology overview

Classes ↑

sequence accessionc # Classes

URI http://edamontology.org/data_1093
Super-classes obo:GENEPIO_0001800c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002074c
obo:OBI_0001614c

database field namec # Classes

URI http://edamontology.org/data_2219
Super-classes obo:IAO_0000577c

D000830c # Classes

URI http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D000830
Super-classes obo:GENEPIO_0001247c

D000835c # Classes

URI http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D000835
Super-classes obo:GENEPIO_0001247c

D057805c # Classes

URI http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D057805
Super-classes obo:GENEPIO_0001247c

D058751c # Classes

URI http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D058751
Super-classes obo:GENEPIO_0001247c

APOLLO_SV_00000016c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000016
Super-classes efo:EFO_0000433c

APOLLO_SV_00000017c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000017
Super-classes efo:EFO_0000433c

APOLLO_SV_00000019c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000019
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000020c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000020
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000021c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000021
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000022c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000022
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000031c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000031
Super-classes obo:IAO_0000027c

APOLLO_SV_00000098c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000098
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000099c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000099
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000153c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000153
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001925c
obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0000181c
obo:RO_0002180op exactly 1 ()
obo:RO_0002180op exactly 1 ()

APOLLO_SV_00000173c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000173
Restrictions obo:BFO_0000051op some obo:APOLLO_SV_00000240c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001925c

APOLLO_SV_00000194c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000194
Super-classes obo:IAO_0000033c

APOLLO_SV_00000211c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000211
Super-classes obo:IAO_0000027c

APOLLO_SV_00000236c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000236
Super-classes obo:IDO_0000531c

APOLLO_SV_00000240c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000240
Super-classes obo:OBI_0001508c

APOLLO_SV_00000258c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000258
Super-classes efo:EFO_0000433c

APOLLO_SV_00000267c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000267
Super-classes efo:EFO_0000433c

APOLLO_SV_00000280c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000280
Super-classes efo:EFO_0000433c

APOLLO_SV_00000281c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000281
Super-classes obo:STATO_0000047c

APOLLO_SV_00000291c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000291
Super-classes efo:EFO_0000433c

APOLLO_SV_00000498c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000498

APOLLO_SV_00000511c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/APOLLO_SV_00000511
Super-classes obo:GENEPIO_0001272c

ARO_3004299c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004299
Super-classes obo:BFO_0000019c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000581c
Sub-classes obo:ARO_3004440c
obo:ARO_3004431c
obo:ARO_3004305c
obo:GENEPIO_0002040c

ARO_3004305c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004305
Super-classes obo:ARO_3004299c

ARO_3004366c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004366

ARO_3004371c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004371
Super-classes obo:IAO_0000109c

ARO_3004372c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004372
Super-classes obo:IAO_0000109c

ARO_3004388c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004388
Super-classes obo:OBI_0000070c

ARO_3004391c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004391
Super-classes obo:NCIT_C85540c

ARO_3004397c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ARO_3004397
Super-classes obo:NCIT_C85540c
Sub-classes obo:NCIT_C85697c

BTO_0000155c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/BTO_0000155
Super-classes obo:GENEPIO_0001432c

BTO_0001762c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/BTO_0001762
Super-classes obo:GENEPIO_0001432c

CHEBI_124991c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_124991
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

deoxyribonucleic acidc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_16991
Super-classes obo:CHEBI_33696c

CHEBI_17154c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_17154
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_17334c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_17334
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_17939c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_17939
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_209807c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_209807
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

obsolete: antibioticc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_22582

CHEBI_23066c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_23066
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_24531c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_24531
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_26144c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_26144
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_26513c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_26513
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_2790c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_2790
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_27933c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_27933
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_281056c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_281056
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_28368c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_28368
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_29007c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_29007
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_29673c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_29673
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_35991c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_35991
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_3716c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_3716
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_3907c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_3907
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_39447c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_39447
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_46633c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_46633
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_46770c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_46770
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_4885c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_4885
Super-classes obo:GENEPIO_0001097c
obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_5195c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_5195
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_599928c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_599928
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_60584c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_60584
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_63607c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_63607
Super-classes obo:GENEPIO_0001097c
obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_63611c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_63611
Super-classes obo:GENEPIO_0001097c
obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_63845c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_63845
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_68452c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_68452
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_7025c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_7025
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_71415c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_71415
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_75246c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_75246
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_7731c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_7731
Super-classes obo:GENEPIO_0001097c
obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_86324c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_86324
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_87211c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_87211
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_87228c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_87228
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_87230c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_87230
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_9215c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_9215
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_9321c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_9321
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_9421c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_9421
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_9587c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_9587
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHEBI_9997c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHEBI_9997
Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

CHMO_0000993c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHMO_0000993
Sub-classes obo:GENEPIO_0001237c
obo:GENEPIO_0000025c
obo:GENEPIO_0000028c

CHMO_0002743c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CHMO_0002743
Description

"This observable is important where process of capturing sample can affect dna extraction."
Sub-classes obo:GENEPIO_0001731c
obo:GENEPIO_0001730c

CVDO_0000597c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/CVDO_0000597
Super-classes obo:GENEPIO_0001843c

ENVO_00000005c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00000005
Super-classes sio:SIO_000415c
Restrictions obo:RO_0001025op some obo:NCIT_C25464c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001742c
obo:NCIT_C87194c
obo:NCIT_C89811c
obo:NCIT_C25632c

ENVO_00000428c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00000428

ENVO_00002173c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00002173
Super-classes obo:GENEPIO_0001274c

ENVO_00002222c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00002222
Super-classes obo:GENEPIO_0001274c

ENVO_00002297c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00002297

ENVO_00010483c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_00010483
Sub-classes obo:FOODON_00002403c
obo:FOODON_03411564c

ENVO_01000254c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_01000254
Sub-classes obo:RBO_00000017c

ENVO_01000703c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ENVO_01000703

EO_0007027c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007027
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c
Sub-classes obo:EO_0007035c
obo:EO_0007036c
obo:EO_0007033c
obo:EO_0007038c
obo:EO_0007037c
obo:EO_0007285c
obo:EO_0007286c
obo:EO_0007034c

EO_0007033c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007033
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007034c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007034
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007035c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007035
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007036c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007036
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007037c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007037
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007038c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007038
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007285c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007285
Super-classes obo:EO_0007027c

EO_0007286c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EO_0007286
Super-classes obo:EO_0007027c

common vehicle transmissionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/EPO_0000016
Super-classes obo:TRANS_0000002c
Sub-classes obo:ExO_0000057c

ERO_0000833c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ERO_0000833
Super-classes obo:OBI_0000070c
Sub-classes obo:ERO_0001286c

ERO_0001286c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ERO_0001286
Super-classes obo:ERO_0000833c
Sub-classes obo:OBI_0000626c

experimental subject rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ERO_0001965
Super-classes obo:GENEPIO_0001537c

ExO_0000038c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ExO_0000038
Description

Damion Dooley note: GenEpiO includes various health status descriptors here; many are annotated as included in the American AHA HIPPA or United Kingdom NHS terminologies. The challenge is to map them or order them in such a way that merged data can be analyzed.
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Restrictions obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0001845c
obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0001837c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001847c
obo:GENEPIO_0001842c
obo:GENEPIO_0002023c
obo:GENEPIO_0001846c
obo:GENEPIO_0001852c
obo:NCIT_C28554c
obo:GENEPIO_0001841c
obo:NCIT_C115935c
obo:GENEPIO_0002228c
obo:GENEPIO_0001840c
obo:GENEPIO_0001848c

inhalationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ExO_0000057
Super-classes obo:EPO_0000016c

FIX_0000278c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FIX_0000278
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

symptom onset datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FLU_0000976
Super-classes obo:GENEPIO_0001258c

foodon product typec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_00001002
Super-classes obo:FOODON_03400361c

FOODON_00002381c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_00002381

FOODON_00002403c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_00002403
Super-classes obo:ENVO_00010483c

FOODON_03311737c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_03311737

FOODON_03400361c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_03400361
Super-classes obo:BFO_0000040c
Sub-classes obo:FOODON_00001002c

FOODON_03411297c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_03411297

FOODON_03411347c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/FOODON_03411347
Super-classes obo:GENEPIO_0002016c

FOODON_03411564c # Classes

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Minimum Information about any (x) Sequence (MIxS)c # Classes

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Minimum information about a marker gene sequencec # Classes

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other (metadata value)c # Classes

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other relevancec # Classes

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other specimen scopec # Classes

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other material derived from specimenc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001882c

other capture typec # Classes

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other project methodc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001896c

obsolete: draft GenEpiO BioSample standardc # Classes

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obsolete: NCBI antibiogram data itemc # Classes

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American HIPPA Protected Health Information (PHI) guidelinesc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001743c

obsolete: subject speciesc # Classes

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obsolete: intersexc # Classes

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culture isolation datec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001491c

culture frozen datec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001491c

isolate received datec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001491c

isolate upload datec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001491c

subject anatomical sitec # Classes

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Super-classes obo:CHMO_0000993c
Restrictions obo:BFO_0000050op some obo:GENEPIO_0002077c
Sub-classes obo:UBERON_0000061c
obo:PO_0009011c

subject health status at time of specimen collectionc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001222c
Sub-classes obo:NCIT_C28554c
obo:NCIT_C115935c
obo:NCIT_C25610c

specimen source contextc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001790c
Restrictions obo:RO_0002180op max 1 ()
obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0002174c

subject body productc # Classes

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Super-classes obo:CHMO_0000993c
Restrictions obo:RO_0003001 some obo:GENEPIO_0002077c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001636c
obo:GENEPIO_0002016c

collection depth datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000029
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

obsolete: specimen source environmental materialc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000030

subject sex specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000031
Description

Gender is not used because it is a term referencing human social and cultural convention.
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:PATO_0001894c

specimen collection site land usec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000032
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

fecal indicator bacteria countc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000033
Super-classes obo:STATO_0000047c
Restrictions obo:IAO_0000039op some (obo:UO_0000210c or obo:UO_0000212c)
obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0002232c

conductivity measurement datumc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

dissolved oxygen concentrationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000035
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

the Global Microbial Identifier Minimum Data for Matching (MDM) Standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000036
Super-classes obo:NCIT_C103180c

soluble inorganic materialc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000037
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

soluble inorganic material concentrationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000038
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

nitrite concentrationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000039
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

nitrate concentrationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000040
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

total phosphorous concentrationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000041
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

stream order categorical measurement datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000042
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c
Restrictions obo:OBI_0002135 some ()

bacteria densityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000043
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

primary enzyme (LMAAI)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000044
Super-classes obo:GENEPIO_0001709c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001712c
obo:GENEPIO_0001710c
obo:GENEPIO_0001711c

PFGE test specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000045
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c
Restrictions obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0000048c
obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0000046c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000048c
obo:GENEPIO_0000046c

PFGE primary testc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000046
Super-classes obo:GENEPIO_0000045c

secondary enzyme (LMACI)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000047
Super-classes obo:GENEPIO_0001709c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001713c
obo:GENEPIO_0001715c
obo:GENEPIO_0001714c

PFGE secondary testc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000048
Super-classes obo:GENEPIO_0000045c

MLST clonal complexc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000049
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

MLST sequence typingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000050
Super-classes obo:GENEPIO_0001420c

core genome fingerprinting assayc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000051
Super-classes obo:OBI_0000070c

CGF typec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000052
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

16S rRNA sequencingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000053
Super-classes obo:OBI_0001177c

Stx toxin type datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000054
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C1225c

Stx toxin subtype datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000055
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C1225c

Stx1 Toxin PCR resultc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000056
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OMIT_0020917c

Stx1 cell culture levelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000057
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OMIT_0020917c

Stx2 Toxin PCR resultc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000058
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OMIT_0020918c

Stx2 cell culture levelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000059
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OMIT_0020918c

AccuProbe culture identification assayc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000060
Super-classes obo:OBI_0000070c
Restrictions obo:RO_0002234op some obo:GENEPIO_0000062c

AccuProbe Listeria monocytogenes culture identification reagent kitc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000061
Super-classes obo:OBI_0001879c

AccuProbe test resultc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000062
Super-classes obo:IAO_0000109c
Restrictions obo:RO_0002353 some obo:GENEPIO_0000060c

ribotypingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000063
Super-classes obo:GENEPIO_0001420c

riboprintingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000064
Super-classes obo:GENEPIO_0001420c

Qualicon (DuPont) RiboPrinter Microbial Characterization Systemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000065
Super-classes obo:OBI_0000968c

DuPont identification pattern libraryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000066
Super-classes obo:IAO_0000100c

RiboPrinter DUP Numberc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000067
Super-classes obo:IAO_0000109c

RiboPrinter DUP similarityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000068
Super-classes obo:IAO_0000109c

sequencing run datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000069
Super-classes obo:GENEPIO_0001491c
obo:GENEPIO_0001681c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0000021c

sequencing locationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000070
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

sequencing platform (brand)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000071
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001926c
obo:GENEPIO_0001927c
obo:GENEPIO_0001923c
obo:GENEPIO_0002683c
obo:GENEPIO_0001924c
obo:GENEPIO_0002684c
obo:GENEPIO_0002682c

sequencing workflowc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000072
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

sequencing applicationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000073
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

obsolete: sequencing assayc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000074

sequencing chemistryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000075
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

read lengthc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000076
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

obsolete: GSCID-BRC data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000077

sequencing run multiplex identifiersc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000078
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

sequencing run sample identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000079
Super-classes obo:IAO_0000577c

sequencing count of chemistry cyclesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000080
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

sequencing kitc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000081
Super-classes obo:OBI_0000047c

sequencing kit versionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000082
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

adapter sequencec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000083
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

read adapter trimmingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000084
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

library preparation kitc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000085
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

number of expected base pairs per genomec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000086
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

number of reads passing filterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000087
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

sequencer flow cell cluster densityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000088
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

phred quality scorec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000089
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

assembly methodc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000090
Super-classes obo:GENEPIO_0001425c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001628c
obo:GENEPIO_0002028c

assembly statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000091
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001769c
obo:GENEPIO_0001765c
obo:GENEPIO_0001766c
obo:GENEPIO_0001770c
obo:GENEPIO_0001767c
obo:GENEPIO_0001768c

read coveragec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000092
Description

Damion Dooley's note: Wikipedia defines calculation with: "the length of the original genome (G), the number of reads(N), and the average read length(L) as N * L/G"
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

contig countc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000093
Super-classes obo:STATO_0000047c
obo:GENEPIO_0001568c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0001462c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001571c
obo:GENEPIO_0001634c
obo:GENEPIO_0001773c
obo:GENEPIO_0001633c
obo:GENEPIO_0001774c

assembly name (identifier)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000094
Super-classes obo:GENEPIO_0001425c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0000353c

genome annotation algorithmc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000095
Super-classes obo:GENEPIO_0001423c

genome annotation sourcec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000096
Super-classes obo:GENEPIO_0001423c

obsolete: NCBI BioSample data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000097

GENEPIO_0000099c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000099
Super-classes obo:OBI_0001616c

GENEPIO_0000100c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000100
Super-classes sio:SIO_000729c

GENEPIO_0000101c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000101
Super-classes obo:GENEPIO_0001429c

GENEPIO_0000102c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000102
Super-classes obo:GENEPIO_0001659c

obsolete: NCBI BioProject data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000103

obsolete: INSDC MDM standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000104

obsolete: MIxS data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000105

draft data standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000106
Super-classes obo:OBI_0000658c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002083c
obo:GENEPIO_0001778c
obo:GENEPIO_0001073c
obo:GENEPIO_0001741c
obo:GENEPIO_0001611c
obo:GENEPIO_0002006c
obo:GENEPIO_0001777c
obo:GENEPIO_0001829c
obo:GENEPIO_0002109c
obo:GENEPIO_0000144c
obo:GENEPIO_0001100c
obo:GENEPIO_0001000c
obo:GENEPIO_0000124c
obo:GENEPIO_0002129c

obsolete: HIPPA PHI data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000107

obsolete: PulseNet data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000108

I2B2 Data Protection role standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000109
Super-classes obo:NCIT_C103180c

subject health status (GSCID-BRC)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000110
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Sub-classes obo:NCIT_C115935c
obo:NCIT_C25610c
obo:NCIT_C28554c

GSCID-BRC Core Sample standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000111
Super-classes obo:GENEPIO_0000002c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0100051c

GSCID-BRC Core Project standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000112
Super-classes obo:GENEPIO_0000002c

specimen categoryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000113
Super-classes obo:GENEPIO_0001790c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001569c
obo:GENEPIO_0001590c

subject age - unitc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000114
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c

NCBI standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000115
Super-classes obo:NCIT_C103180c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001835c
obo:GENEPIO_0000147c
obo:GENEPIO_0001836c
obo:GENEPIO_0001007c

specimen collection location - city or regionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000117
Super-classes obo:GENEPIO_0002162c
Restrictions obo:OBI_0001927 some (obo:ENVO_00000005c or obo:NCIT_C80234c)

specimen collection location - countryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000118
Super-classes obo:GENEPIO_0002162c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:NCIT_C25464c

Darwin Core Termsc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000119
Super-classes obo:NCIT_C103180c

travel history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000120
Super-classes obo:GENEPIO_0001041c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000121c
obo:GENEPIO_0000122c

travel start datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000121
Super-classes obo:GENEPIO_0000120c

travel end datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000122
Super-classes obo:GENEPIO_0000120c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0000121c

infection aquired during travelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000123
Super-classes obo:GENEPIO_0001058c

draft pathogenic epidemiology case investigation recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000124
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

draft pathogenic epi case exposure recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000125
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft pathogenic epi case food recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000126
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

food brought back from travelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000127
Super-classes obo:GENEPIO_0001058c

epidemiology contact network modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000128
Super-classes obo:GENEPIO_0001755c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000130c
obo:GENEPIO_0000129c

epi contact network model - humanc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000129
Super-classes obo:GENEPIO_0000128c

epi contact network model - animalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000130
Super-classes obo:GENEPIO_0000128c

notec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000131
Super-classes obo:IAO_0000300c

draft pathogenic epi case general information recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000132
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft pathogenic epi case isolate detail recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000133
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

specimen source substancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000134
Super-classes obo:BFO_0000040c
Restrictions obo:RO_0001025op some obo:GENEPIO_0002167c

isolate sequence filenamec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000135
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

cluster identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000136
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

draft pathogenic epi case test recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000137
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

contact specification - lab test requesterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000138
Super-classes obo:GENEPIO_0001606c

food cultural originc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000139
Super-classes obo:GENEPIO_0001532c

draft pathogenic epi case travel recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000140
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

Region (England) (entry subject to GAZ replacement)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000141
Super-classes obo:GENEPIO_0001742c
Sub-classes obo:GAZ_00003691c
obo:GAZ_00003671c
obo:GAZ_00003692c
obo:GAZ_00003687c
obo:GAZ_00003688c
obo:GAZ_00003693c
obo:GAZ_00003689c
obo:GAZ_00003690c
obo:GAZ_00003670c

contact specification - epi network contactc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000142
Super-classes obo:GENEPIO_0001606c

public health lab epidemiology contextual data standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000143
Super-classes obo:GENEPIO_0001743c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001776c

draft whole genome sequencing lab test recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000144
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

draft WGS lab bioinformatics process recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000145
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft WGS lab sequencing recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000146
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

NCBI SRA meta information standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000147
Super-classes obo:GENEPIO_0000115c

isolate raw read filenamec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000148
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

library preparation kit versionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000149
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

read trimming and filtering softwarec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000150
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

bioinformatics pipeline namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000151
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

bioinformatics pipeline versionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000152
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

bioinformatics pipeline protocolc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000153
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

draft WGS lab sequencing quality metrics recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000154
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft WGS lab assembly quality metrics recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000155
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

project data typec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000156
Description

Damion Dooley's note: According to http://trace.ddbj.nig.ac.jp/news/2014-11-12_e.html, "A BioProject record can have multiple project data types"
Super-classes obo:IAO_0000104c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001105c
obo:GENEPIO_0000160c
obo:GENEPIO_0001106c
obo:GENEPIO_0001103c
obo:GENEPIO_0001111c
obo:GENEPIO_0001110c
obo:GENEPIO_0000157c
obo:GENEPIO_0000158c
obo:GENEPIO_0001107c
obo:GENEPIO_0000161c
obo:GENEPIO_0001112c
obo:GENEPIO_0000159c
obo:GENEPIO_0001104c
obo:GENEPIO_0001109c
obo:GENEPIO_0001108c

assembly projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000157
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

clone ends projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000158
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

epigenomics projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000159
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

exome resequencing projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000160
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

genome sequencing projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000161
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

draft ReSeq Tuberculosis data platform standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001000
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

test threshold measurement comparatorc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001001
Super-classes obo:GENEPIO_0002036c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001004c
obo:GENEPIO_0001002c
obo:GENEPIO_0001006c
obo:GENEPIO_0001005c
obo:GENEPIO_0001003c

less thanc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001002
Super-classes obo:GENEPIO_0001001c

less than or equal toc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001003
Super-classes obo:GENEPIO_0001001c

equal toc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001004
Super-classes obo:GENEPIO_0001001c

greater than or equal toc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001005
Super-classes obo:GENEPIO_0001001c

greater thanc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001006
Super-classes obo:GENEPIO_0001001c

NCBI Antibiogram standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001007
Super-classes obo:GENEPIO_0000115c

obsolete: NCBI isolate AMR testing modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001008

obsolete: restaurantc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001009

Canadian Integrated Public Health Information System (iPHIS) Standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001010
Super-classes obo:GENEPIO_0001743c

MIRU24 - international standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001011
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

MIRU24 - Canadian standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001012
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

spray-wading waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001013
Super-classes obo:GENEPIO_0001154c

pool waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001014
Super-classes obo:GENEPIO_0001154c

obsolete: hot tubc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001015

obsolete: cafeteriac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001016

obsolete: bakeryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001017

obsolete: delicatessenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001018

obsolete: food kioskc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001019

obsolete: grocery storec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001020

obsolete: specialty/ethnic storec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001021

obsolete: marketc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001022

treatment history datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001023
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001036c
obo:GENEPIO_0001025c

obsolete: take out restaurantc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001024

treatment start datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001025
Super-classes obo:GENEPIO_0001023c

canoeing / kayaking / boatingc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001277c

hikingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001027
Super-classes obo:GENEPIO_0001444c

campingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001028
Super-classes obo:GENEPIO_0001444c

obsolete: social gatheringc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001029

obsolete: partyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001030

obsolete: weddingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001031

obsolete: baby showerc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001032

obsolete: potluckc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001033

obsolete: community eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001034

obsolete: long term care facilityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001035

treatment end datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001036
Super-classes obo:GENEPIO_0001023c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001025c

food related exposure eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001037
Super-classes obo:GENEPIO_0001048c

infection-specific food detailc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001038
Super-classes obo:GENEPIO_0001244c

tuberculosis treatment drugc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001039
Super-classes obo:CHEBI_36357c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002071c
obo:GENEPIO_0001097c

vegetarianc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001040
Super-classes obo:GENEPIO_0001205c

organism location history datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001041
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000120c
obo:GENEPIO_0001046c

food avoidancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001042
Description

This will take on a sub-herarchy of food types.
Super-classes obo:GENEPIO_0001205c

special dietc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001043
Super-classes obo:GENEPIO_0001205c

water related exposure eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001044
Super-classes obo:GENEPIO_0001048c

municipal waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001045
Super-classes obo:GENEPIO_0001154c

immigration year of arrivalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001046
Super-classes obo:GENEPIO_0001041c

bottled waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001047
Super-classes obo:GENEPIO_0001154c

infectious disease exposure eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001048
Super-classes obo:BFO_0000011c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001049c
obo:GENEPIO_0001037c
obo:GENEPIO_0001050c
obo:GENEPIO_0001044c

human related exposure eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001049
Super-classes obo:GENEPIO_0001048c

animal related exposure eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001050
Super-classes obo:GENEPIO_0001048c

NCBI BioSample isolate (human name or description)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001051
Super-classes obo:IAO_0000300c

obsolete: petting zooc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001052

agricultural fairc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001053
Super-classes obo:PCO_0000033c

isolate passage history datumc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001681c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002079c
obo:GENEPIO_0002078c

NCBI pathotypec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001055
Super-classes obo:IAO_0000300c

pet treatc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001056
Super-classes obo:GENEPIO_0001271c

pet food (raw)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001057
Super-classes obo:GENEPIO_0001271c

human exposure event - travel datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001058
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001064c
obo:GENEPIO_0000127c
obo:GENEPIO_0000123c
obo:GENEPIO_0001783c
obo:GENEPIO_0001065c

boat / cruise travelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001059
Super-classes obo:GENEPIO_0001064c

train travelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001060
Super-classes obo:GENEPIO_0001064c

bus travelc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001064c

car travelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001062
Super-classes obo:GENEPIO_0001064c

airline travelc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001064c

travel modec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001058c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001061c
obo:GENEPIO_0001062c
obo:GENEPIO_0001060c
obo:GENEPIO_0001059c
obo:GENEPIO_0001063c

travel reasonc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001065
Super-classes obo:GENEPIO_0001058c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001066c
obo:GENEPIO_0001067c
obo:GENEPIO_0001072c
obo:GENEPIO_0001068c

travel for pleasurec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001066
Super-classes obo:GENEPIO_0001065c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001071c
obo:GENEPIO_0001070c
obo:GENEPIO_0001069c

business activityc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001065c

religious missionairy activityc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001065c

rural backpacking activityc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001066c

visiting relative/friendsc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001070
Super-classes obo:GENEPIO_0001066c

travel tourc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001071
Super-classes obo:GENEPIO_0001066c

unsure of travel reasonc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001072
Super-classes obo:GENEPIO_0001065c

draft tuberculosis - specimen contextual data standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001073
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

behavioural risk factorc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001074
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001085c
obo:GENEPIO_0001087c
obo:GENEPIO_0001093c
obo:GENEPIO_0001091c
obo:GENEPIO_0001092c
obo:GENEPIO_0001089c
obo:GENEPIO_0001084c
obo:GENEPIO_0001078c
obo:GENEPIO_0001083c
obo:GENEPIO_0001088c
obo:GENEPIO_0001090c
obo:GENEPIO_0001086c

obsolete: E. coli serotype partc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001075

O antigenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001076
Super-classes obo:OBI_1110034c

H antigenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001077
Super-classes obo:OBI_1110034c

homeless statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001078
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

serovar/serotype common namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001079
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001081c

Salmonella serovarc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001080
Super-classes obo:OMP_0000207c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCBITaxon_590c

Salmonella serovar namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001081
Super-classes obo:GENEPIO_0001079c

Salmonella antigenic formulac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001082
Super-classes obo:GENEPIO_0001639c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCBITaxon_590c

drug use statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001083
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

incarceration statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001084
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

HIV statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001085
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

HIV risk statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001086
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

A.I.D.S statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001087
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

drug abuse statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001088
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

injection drug use statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001089
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

recreational drug use statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001090
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

methadone use statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001091
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

substantial alcohol use/abuse statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001092
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

smoking statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001093
Super-classes obo:GENEPIO_0001074c

country of birthc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001094
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Restrictions obo:BFO_0000067op some obo:NCIT_C25155c
obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C25464c

sequence numberc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001095
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

date last seen alivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001096
Super-classes obo:GENEPIO_0001126c

second line or reserve tuberculosis drugc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001097
Super-classes obo:GENEPIO_0001039c
Sub-classes obo:CHEBI_3371c
obo:CHEBI_471744c
obo:CHEBI_63598c
obo:CHEBI_7731c
obo:CHEBI_63611c
obo:CHEBI_2637c
obo:CHEBI_134742c
obo:CHEBI_135278c
obo:CHEBI_40009c
obo:CHEBI_27565c
obo:CHEBI_72292c
obo:CHEBI_4885c
obo:CHEBI_6104c
obo:CHEBI_5280c
obo:CHEBI_45367c
obo:CHEBI_487869c
obo:CHEBI_63607c
obo:CHEBI_2676c
obo:CHEBI_134958c
obo:CHEBI_17076c
obo:CHEBI_3749c
obo:CHEBI_3732c
obo:CHEBI_32066c

tuberculosis infection anatomical sitec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001098
Super-classes obo:BFO_0000029c

obsolete: NCBI Antibiogram modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001099

draft antibiogram drug test modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001100
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

predicted exposure startc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001101
Super-classes obo:GENEPIO_0001473c

predicted exposure endc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001102
Super-classes obo:GENEPIO_0001473c

map projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001103
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

metagenome projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001104
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

metagenome assembly projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001105
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

other project data typec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001106
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

phenotype or genotype projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001107
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

proteome projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001108
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

random survey projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001109
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

targeted locus (loci) projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001110
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

transcriptome or gene expressionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001111
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

variation projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001112
Super-classes obo:GENEPIO_0000156c

INSDC country qualifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001113
Super-classes obo:GENEPIO_0001666c
obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:NCIT_C25464c
obo:OBI_0002135 only ()

phenotype project objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001114
Super-classes obo:OBI_0001892c

genome material from specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001115
Super-classes obo:OBI_0001882c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0001026c

TB lineage 7 - Ethiopiac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001116
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

organs or organ partsc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001117
Super-classes obo:BFO_0000027c
(ub130bL4477C29c and ub130bL4486C13c)

draft CanCOGeN DataHarmonizer specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001120
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft CanCOGeN DataHarmonizer fieldc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001121
Super-classes linkml:SlotDefinitionc
Sub-classes obo:GENEPIO_0001122c

draft CanCOGeN DataHarmonizer field - database identifiersc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001122
Super-classes obo:GENEPIO_0001121c
Members obo:GENEPIO_0001128
obo:GENEPIO_0001147
obo:GENEPIO_0001145
obo:GENEPIO_0001142
obo:GENEPIO_0001131
obo:GENEPIO_0001136
obo:GENEPIO_0001123
obo:GENEPIO_0001133
obo:GENEPIO_0001149
obo:GENEPIO_0001125
obo:GENEPIO_0001139

lifespan history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001126
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001096c
obo:NCIT_C70810c
obo:NCIT_C68615c

untreated waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001151
Super-classes obo:GENEPIO_0001276c
Sub-classes obo:ENVO_00000015c
obo:GENEPIO_0001169c
obo:ENVO_00000027c
obo:ENVO_00000020c
obo:ENVO_00000023c

treated water - ambient temperaturec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001154
Super-classes obo:GENEPIO_0001276c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001168c
obo:GENEPIO_0001014c
obo:ENVO_00003096c
obo:GENEPIO_0001045c
obo:GENEPIO_0001047c
obo:GENEPIO_0001013c

epidemiology investigation data itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001162
Super-classes obo:GENEPIO_0001432c

obsolete distribution eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001163

obsolete supply point / eventc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001164

well water - treatedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001168
Super-classes obo:GENEPIO_0001154c
obo:ENVO_01000002c

Well water - untreatedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001169
Super-classes obo:GENEPIO_0001151c
obo:ENVO_01000002c

organism datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001170
Super-classes obo:IAO_0000027c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0100026c
Sub-classes sio:SIO_010057c
obo:GENEPIO_0001094c
obo:hancestro_0004c
obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002103c
obo:NCIT_C106561c
obo:GENEPIO_0001196c
obo:GENEPIO_0002019c
efo:EFO_0004324c
obo:GENEPIO_0000110c
obo:GENEPIO_0002230c
obo:GENEPIO_0000114c
obo:GENEPIO_0002025c
obo:NCIT_C124295c
obo:GENEPIO_0002008c
obo:GENEPIO_0001812c
obo:NCIT_C25717c
obo:GENEPIO_0002024c
obo:GENEPIO_0001058c
obo:GENEPIO_0001843c

organism rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001171
Super-classes obo:BFO_0000023c
Restrictions obo:RO_0000052op some obo:OBI_0100026c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001182c
obo:GENEPIO_0001175c
obo:GENEPIO_0001172c

isolate organism rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001172
Super-classes obo:GENEPIO_0001171c
Sub-classes obo:OBI_0000718c
obo:GENEPIO_0001238c
obo:GENEPIO_0001608c

animal rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001175
Super-classes obo:GENEPIO_0001171c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001537c

plant rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001182
Super-classes obo:GENEPIO_0001171c

taxonomic datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001183
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001788c
obo:GENEPIO_0001787c

infectious disease treatmentc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001186
Super-classes obo:GENEPIO_0001222c
Sub-classes obo:NCRO_0000230c
obo:NCIT_C15346c

antimicrobial resistance test drugc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001187
Super-classes obo:CHEBI_36357c
Sub-classes obo:CHEBI_5195c
obo:CHEBI_35991c
obo:CHEBI_29007c
obo:CHEBI_3907c
obo:CHEBI_86324c
obo:CHEBI_17334c
obo:CHEBI_60584c
obo:CHEBI_7731c
obo:CHEBI_9321c
obo:CHEBI_87230c
obo:CHEBI_71415c
obo:CHEBI_63611c
obo:CHEBI_36420c
obo:CHEBI_29673c
obo:CHEBI_26513c
obo:CHEBI_9587c
obo:CHEBI_86478c
obo:CHEBI_2790c
obo:CHEBI_28368c
obo:CHEBI_209807c
obo:GENEPIO_0002072c
obo:CHEBI_9421c
obo:CHEBI_87211c
obo:CHEBI_63845c
obo:CHEBI_7025c
obo:CHEBI_68452c
obo:CHEBI_27933c
obo:CHEBI_3716c
obo:CHEBI_9997c
obo:CHEBI_46633c
obo:CHEBI_24531c
obo:CHEBI_4885c
obo:CHEBI_17154c
obo:CHEBI_17939c
obo:CHEBI_281056c
obo:CHEBI_75246c
obo:CHEBI_26144c
obo:CHEBI_39447c
obo:CHEBI_63607c
obo:CHEBI_124991c
obo:CHEBI_23066c
obo:CHEBI_46770c
obo:CHEBI_87228c
obo:CHEBI_9215c
obo:CHEBI_599928c

analytic datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001192
Description

Judgements here are marked down after an agent's (doctor/veterenary) analysis of symptoms.
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001543c
obo:OGMS_0000073c

obsolete: type of illnessc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001193

specimen with confirmed presence of disease agentc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001196
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c

dietary restrictionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001205
Super-classes obo:BFO_0000016c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001042c
obo:GENEPIO_0001043c
obo:GENEPIO_0001040c
obo:DOID_3044c

patient typec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001206
Super-classes obo:NCIT_C25190c
Sub-classes obo:NCIT_C16731c
obo:ICO_0000288c
obo:NCIT_C25189c

obsolete: motherc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001208

subject disease outcomec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001212
Description

Note that this is closely related to OGMS_0000063 "disease course" that lists chronic, progressive, transient and accute processes.
Super-classes obo:GENEPIO_0002018c
Sub-classes obo:OMIT_0004227c
obo:NCIT_C115935c
obo:NCIT_C28554c

treated water - warm/hotc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001217
Super-classes obo:GENEPIO_0001276c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001221c
obo:GENEPIO_0001220c
obo:GENEPIO_0001219c

jacuzzi waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001219
Super-classes obo:GENEPIO_0001217c

spa waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001220
Super-classes obo:GENEPIO_0001217c

whirlpool waterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001221
Super-classes obo:GENEPIO_0001217c

patient as host datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001222
Super-classes obo:GENEPIO_0002018c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000531c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000026c
obo:GENEPIO_0001664c
obo:GENEPIO_0001186c

pregnancy history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001224
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001673c
obo:NCIT_C68615c
obo:GENEPIO_0001225c

date of conceptionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001225
Super-classes obo:GENEPIO_0001224c

lifespan history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001226
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

obsolete: food cooking methodc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001227

obsolete: food preservation methodc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001228

infectious disease case datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001229
Super-classes obo:IAO_0000027c

laboratory datac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001231
Super-classes obo:IAO_0000027c

specimen recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001236
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

specimen source material categoryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001237
Super-classes obo:CHMO_0000993c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001731c
obo:GENEPIO_0001246c
obo:GENEPIO_0001247c

symbiotic rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001238
Super-classes obo:GENEPIO_0001172c

obsolete: NCBI BioSample attribute packagec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001239

obsolete: host sample materialc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001240

food specimen detailc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001244
Super-classes obo:GENEPIO_0001532c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001038c

patient specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001245
Super-classes obo:GENEPIO_0001731c

environmental specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001246
Super-classes obo:GENEPIO_0001237c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001250c
obo:GENEPIO_0001248c
obo:GENEPIO_0001249c

animal specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001247
Super-classes obo:GENEPIO_0001237c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001734c
obo:NCIT_C71164c
http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D057805c
http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D058751c
http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D000835c
http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D000830c
obo:GENEPIO_0001733c

built environment specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001248
Super-classes obo:GENEPIO_0001246c

food specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001249
Super-classes obo:GENEPIO_0001246c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001708c
obo:GENEPIO_0001649c

natural environment specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001250
Super-classes obo:GENEPIO_0001246c

exposure event personc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001251
Super-classes obo:BFO_0000040c
Sub-classes vcard:Acquaintancec
obo:NCIT_C25741c
obo:NCIT_C42709c
obo:NCIT_C62649c

exposure group statistics recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001257
Description

An exposure group statistics record is a sumary of disease outbreak statistics on a certain date of a group of humans or animals potentially exposed to a pathogen.
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

symptom history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001258
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001784c
obo:FLU_0000976c
obo:GENEPIO_0001789c

health state recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001259
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

obsolete: swabc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001260

obsolete: fluid - aspiratec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001262

plant rinsec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001267
Super-classes obo:GENEPIO_0002749c

outbreak animal exposure event locationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001269
Super-classes obo:GENEPIO_0001432c
Sub-classes obo:ENVO_00000078c
obo:ENVO_01000986c
obo:ENVO_01000923c

animal exposure processc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001270
Super-classes obo:BFO_0000015c

animal exposure event by materialc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001271
Super-classes obo:NCIT_C79916c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001056c
obo:GENEPIO_0001057c

exposure by human contactc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001272
Super-classes obo:GENEPIO_0001275c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001551c
obo:GENEPIO_0001555c
obo:APOLLO_SV_00000511c

obsolete: human exposure activity typec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001273

outbreak human exposure event locationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001274
Super-classes obo:GENEPIO_0001297c
Sub-classes obo:ENVO_01000987c
obo:ENVO_01000932c
obo:ENVO_00002222c
obo:ENVO_01000934c
obo:ENVO_00003864c
obo:ENVO_01000974c
obo:ENVO_00002173c
obo:ENVO_01000923c

human to human exposure processc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001275
Super-classes obo:BFO_0000015c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001554c
obo:GENEPIO_0001272c
obo:GENEPIO_0001553c
obo:GENEPIO_0001552c
obo:GENEPIO_0001556c

water exposure by sourcec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001276
Super-classes obo:NCIT_C79916c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001151c
obo:GENEPIO_0001154c
obo:GENEPIO_0001217c

human water activityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001277
Super-classes obo:GENEPIO_0001444c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001663c
obo:GENEPIO_0001026c

health authorityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001286
Description

This list would be customized to include organizations local to an application's software installation. It is an example of a set of ontology terms that would best be organized by a central authority if federated installations need to share investigator contact info for example.
Super-classes obo:OBI_0000245c
Members obo:GENEPIO_0001367

symptom recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001287
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

PFGE patternc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001289
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C53471c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002231c
obo:GENEPIO_0001779c
obo:GENEPIO_0001780c

phage type salmonella (DT)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001291
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

phage type e-coli 0157 (PT)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001292
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

sequence recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001293
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

outbreak exposure event locationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001297
Super-classes obo:NCIT_C79916c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001274c

lab test history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001302
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

obsolete: earth surfacec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001338

data specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001342
Super-classes obo:OBI_0000658c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002081c
obo:GENEPIO_0002003c
obo:GENEPIO_0000146c
obo:GENEPIO_0002112c
obo:GENEPIO_0001533c
obo:GENEPIO_0002174c
obo:GENEPIO_0002088c
obo:GENEPIO_0002139c
obo:GENEPIO_0000145c
obo:GENEPIO_0000140c
obo:GENEPIO_0002168c
obo:GENEPIO_0001609c
obo:GENEPIO_0001999c
obo:GENEPIO_0002084c
obo:GENEPIO_0002004c
obo:GENEPIO_0002007c
obo:GENEPIO_0000125c
obo:GENEPIO_0000137c
obo:GENEPIO_0002089c
obo:GENEPIO_0002091c
obo:GENEPIO_0001120c
obo:GENEPIO_0002086c
obo:GENEPIO_0002175c
obo:GENEPIO_0002001c
obo:GENEPIO_0002092c
obo:GENEPIO_0002140c
obo:GENEPIO_0002087c
obo:GENEPIO_0002002c
obo:GENEPIO_0000133c
obo:GENEPIO_0002000c
obo:GENEPIO_0002106c
obo:GENEPIO_0000154c
obo:GENEPIO_0002005c
obo:GENEPIO_0002108c
obo:GENEPIO_0001755c
obo:GENEPIO_0000126c
obo:GENEPIO_0000155c
obo:GENEPIO_0000132c
obo:GENEPIO_0002085c
obo:GENEPIO_0002090c
obo:GENEPIO_0002076c
obo:GENEPIO_0001621c

specimen history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001356
Super-classes obo:IAO_0000416c
obo:GENEPIO_0001790c
Sub-classes obo:OBI_0001619c

diagnostic testc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001420
Super-classes obo:OBI_0000070c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000064c
obo:GENEPIO_0000063c
obo:GENEPIO_0002234c
obo:GENEPIO_0000050c

obsolete: sample datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001421

obsolete: laboratory sequencing datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001422

genomic sequencing annotation datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001423
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000095c
obo:GENEPIO_0000096c

lab test recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001424
Description

ISSUE: lab test results are appropriate to lab test types. Logic around that?
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

sequencing assembly datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001425
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C53471c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001562c
obo:GENEPIO_0001568c
obo:SO_0000149c
obo:SO_0000353c
obo:GENEPIO_0001560c
obo:GENEPIO_0000090c
obo:GENEPIO_0000094c
obo:SO_0001462c
obo:GENEPIO_0001738c

container recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001426
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

health care personal identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001427
Super-classes obo:IAO_0000577c

strain identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001429
Super-classes obo:IAO_0000577c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C14419c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000101c

line list objectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001430
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

awaiting ontology reviewc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001432
Super-classes owl:Thingc
Sub-classes obo:BTO_0000155c
obo:BTO_0001762c
obo:GENEPIO_0001162c
obo:GENEPIO_0001667c
obo:GENEPIO_0001269c
obo:ARO_3004430c
obo:GENEPIO_0001682c
obo:NCIT_C49641c

GENEPIO_0001433c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001433
Super-classes obo:GENEPIO_0001799c

exposure group healthy countc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001442
Super-classes obo:STATO_0000047c

exposure group ill countc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001443
Super-classes obo:STATO_0000047c

human general activityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001444
Super-classes obo:BFO_0000015c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001028c
obo:GENEPIO_0001027c
obo:GENEPIO_0001277c
obo:PCO_0000033c

exposure history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001464
Description

An exposure can be narrowed down to a single date, or can be reasoned to exist with a lower and/or upper bound date. A single date exposure has lower and upper bound dates set as the same value.
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

isolate history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001465
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

outbreak history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001466
Description

An outbreak date may have an official start, but because it might be ongoing, it may not have an end (yet).
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

pregnancy history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001467
Description

Needs to cover the various pregnancy events
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

diagnosis recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001468
Description

Issue: a diagnosis is a set of diseases, each of which can be marked primary or secondary "Illness causality" with respect to a particular case? Requires a relation annotation.
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

exposure event recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001470
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

hospitalization event recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001471
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

exposure history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001473
Description

An exposure can be narrowed down to a single date, or can be reasoned to exist with a lower and/or upper bound date. A single date exposure has lower and upper bound dates set as the same value.
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001101c
obo:GENEPIO_0001488c
obo:GENEPIO_0001487c
obo:GENEPIO_0001102c

hospital admission datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001486
Super-classes obo:GENEPIO_0001490c

exposure event endc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001487
Super-classes obo:GENEPIO_0001473c

exposure event startc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001488
Super-classes obo:GENEPIO_0001473c

hospitalization history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001490
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001493c
obo:GENEPIO_0001486c

isolate history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001491
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000069c
obo:GENEPIO_0000024c
obo:GENEPIO_0000021c
obo:GENEPIO_0000023c
obo:GENEPIO_0000022c
obo:GENEPIO_0001782c

outbreak history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001492
Description

An outbreak date may have an official start, but because it might be ongoing, it may not have an end (yet).
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001494c
obo:GENEPIO_0001495c
obo:GENEPIO_0001496c

hospital discharge datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001493
Super-classes obo:GENEPIO_0001490c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001486c

notification datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001494
Super-classes obo:GENEPIO_0001492c

outbreak datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001495
Super-classes obo:GENEPIO_0001492c

outbreak overc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001496
Super-classes obo:GENEPIO_0001492c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001495c

test history itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001497
Super-classes obo:IAO_0000416c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001499c

lab test result datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001499
Super-classes obo:GENEPIO_0001497c

food specimen datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001532
Description

The underlying facets will be supplied from the FoodOn food ontology.
Super-classes obo:GENEPIO_0001790c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000139c
obo:GENEPIO_0001244c

food specimen specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001533
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

disease cluster notification agencyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001534
Super-classes obo:OBI_0000245c

obsolete: NCBI BioProject IDc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001535

exposure group unknown health status countc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001536
Super-classes obo:STATO_0000047c

person rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001537
Super-classes obo:GENEPIO_0001175c
Sub-classes obo:ERO_0001965c
obo:OMRSE_00000013c
obo:GENEPIO_0001538c
obo:GENEPIO_0001541c

exposed person rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001538
Super-classes obo:GENEPIO_0001537c

parent-guardian rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001541
Super-classes obo:GENEPIO_0001537c

illness causalityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001543
Super-classes obo:GENEPIO_0001192c
Sub-classes obo:NCIT_C25251c
obo:NCIT_C25667c
obo:GENEPIO_0001548c

pre-existing conditionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001548
Super-classes obo:GENEPIO_0001543c

resolving health trendc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001550
Super-classes obo:GENEPIO_0001812c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0002026c

close interpersonal relationship exposurec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001551
Super-classes obo:GENEPIO_0001272c

household exposurec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001552
Super-classes obo:GENEPIO_0001275c

exposure to individual with diarrheac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001553
Super-classes obo:GENEPIO_0001275c

other human exposurec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001554
Super-classes obo:GENEPIO_0001275c

sexual contact exposurec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001555
Super-classes obo:GENEPIO_0001272c

exposure via diaper changing (human fecal)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001556
Super-classes obo:GENEPIO_0001275c

container identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001558
Super-classes obo:IAO_0000577c

outbreak identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001559
Super-classes obo:IAO_0000577c

reference genome sizec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001560
Super-classes obo:STATO_0000047c
obo:GENEPIO_0001425c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0001505c
obo:IAO_0000039op some obo:UO_0000244c

assembly genome sizec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001561
Description

As noted in Quast documentation: " The total assembly size may increase (and in some cases exceeds the genome size) due to contaminants (see Chitsaz et al. (2011)), misassembled contigs, repeats, and hubs that contribute to multiple contigs. "
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

reference genome identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001562
Super-classes obo:GENEPIO_0001425c
obo:GENEPIO_0001800c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0001505c

genome size delta ratioc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001563
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

genome size delta ratio QC thresholdc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001564
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

contig N50 length QC thresholdc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001565
Super-classes obo:GENEPIO_0001632c

contig N99 length QC thresholdc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001566
Super-classes obo:GENEPIO_0001632c

subject organism (host) taxonomic speciesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001567
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:OBI_0001927 some (obo:NCBITaxon_33090c or obo:NCBITaxon_33213c or obo:NCBITaxon_9606c)

assembly quality control datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001568
Super-classes obo:GENEPIO_0001425c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0000353c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001632c
obo:GENEPIO_0000092c
obo:GENEPIO_0002138c
obo:GENEPIO_0000091c
obo:GENEPIO_0002137c
obo:GENEPIO_0000087c
http://purl.bioontology.org/ontology/MESH/D001482c
obo:GENEPIO_0000089c
obo:GENEPIO_0001564c
obo:GENEPIO_0001561c
obo:GENEPIO_0001563c
obo:GENEPIO_0000093c
obo:GENEPIO_0000086c

clinical or host-associated pathogenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001569
Super-classes obo:GENEPIO_0000113c
Restrictions obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0001835c
obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0000002c

contig N99c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001570
Super-classes obo:GENEPIO_0001632c

contig count QC thresholdc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001571
Super-classes obo:GENEPIO_0000093c

project relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001572
Super-classes obo:IAO_0000005c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001574c
obo:GENEPIO_0001575c
obo:GENEPIO_0001577c
obo:GENEPIO_0001573c
obo:GENEPIO_0001578c
obo:GENEPIO_0000010c
obo:GENEPIO_0001576c

agricultural project relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001573
Super-classes obo:GENEPIO_0001572c

medical knowledge relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001574
Super-classes obo:GENEPIO_0001572c

industrial processing relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001575
Super-classes obo:GENEPIO_0001572c

evolution modelling relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001576
Super-classes obo:GENEPIO_0001572c

environmental project relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001577
Super-classes obo:GENEPIO_0001572c

model organism relevancec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001578
Super-classes obo:GENEPIO_0001572c

obsolete: NCBI BioProject modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001579

obsolete: NCBI SRA modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001580

draft NCBI BioSample model - mixed clinical and environmental/food/otherc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001581
Description

Damion's note: There are a few different kinds of biosample, and required fields depend on the type selected.
Super-classes obo:GENEPIO_0001611c

monoisolate sample scopec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001582
Super-classes obo:OBI_0001884c

multiisolate sample scopec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001583
Super-classes obo:OBI_0001884c

multispecies sample scopec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001584
Super-classes obo:OBI_0001884c

environment sample scopec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001585
Super-classes obo:OBI_0001884c

synthetic sample scopec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001586
Super-classes obo:OBI_0001884c

single cellc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001587
Super-classes obo:OBI_0001884c

other project objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001588
Super-classes obo:OBI_0001892c

environmental, food or other pathogenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001590
Super-classes obo:GENEPIO_0000113c
Restrictions obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0000002c
obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0001835c

whole genomic data capturec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001591
Super-classes obo:OBI_0001899c

raw sequence read objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001592
Super-classes obo:OBI_0001892c

sequence project objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001593
Super-classes obo:OBI_0001892c

analysis objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001594
Super-classes obo:OBI_0001892c

assembly objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001595
Super-classes obo:OBI_0001892c

sequence annotation objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001596
Super-classes obo:OBI_0001892c

sequence variation project objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001597
Super-classes obo:OBI_0001892c

epigenetic markers objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001598
Super-classes obo:OBI_0001892c

transcript or protein expression objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001599
Super-classes obo:OBI_0001892c

mapping objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001600
Super-classes obo:OBI_0001892c

phenotypic observation data from specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001601
Super-classes obo:OBI_0001882c

sequencing project methodc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001602
Super-classes obo:OBI_0001896c

array project methodc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001603
Super-classes obo:OBI_0001896c

mass spectrometry project methodc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001604
Super-classes obo:OBI_0001896c

contact specification - personc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001606
Super-classes obo:GENEPIO_0001755c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000138c
obo:GENEPIO_0001677c
obo:GENEPIO_0000142c
obo:GENEPIO_0001676c
obo:GENEPIO_0001674c

investigation datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001607
Super-classes obo:IAO_0000109c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001645c
obo:GENEPIO_0001642c

commensal rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001608
Super-classes obo:GENEPIO_0001172c

draft isolate details modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001609
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

subject agec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001610
Super-classes obo:OBI_0001169c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001775c

draft NCBI component modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001611
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001707c
obo:GENEPIO_0001581c
obo:GENEPIO_0001650c
obo:GENEPIO_0001623c
obo:GENEPIO_0001657c
obo:GENEPIO_0001656c

draft IRIDA BioSample modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001612
Super-classes obo:GENEPIO_0001829c

draft GenEpiO epidemiology case recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001613
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000531c

subject descriptionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001614
Super-classes sio:SIO_000136c
Restrictions obo:RO_0002350op some obo:GENEPIO_0001835c

host profile or identifersc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001615
Super-classes sio:SIO_000136c

subject identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001616
Description

This varies in its type (numeric or string) and its central repository depending on its context (use in a particular application/instance).

Note: GSCID-BRC specification states " 'Host' is not the preferred term since some specimens may lack any detectable pathogen". In other words, a person would technically (logically) only have a host identifier AFTER they have been diagnosed as having a pathogen. A health care personal identifier, or a case identifier would be better than a more ephemeral "host id"
Super-classes obo:OBI_0001141c

subject diseasec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001617
Description

Controlled vocabulary. Human specimen source: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/DOID or https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/1000067
Super-classes obo:DOID_4c
Restrictions obo:RO_0000052op some obo:GENEPIO_0002077c

missingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001618
Super-classes obo:GENEPIO_0001850c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001810c
obo:GENEPIO_0001668c
obo:GENEPIO_0001662c
obo:GENEPIO_0001620c

not applicablec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001619
Super-classes obo:GENEPIO_0001850c

not collectedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001620
Super-classes obo:GENEPIO_0001618c

draft isolate identifier modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001621
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft GenEpiO isolate testing modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001622
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

draft NCBI isolate source location modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001623
Super-classes obo:GENEPIO_0001611c

draft GenEpiO isolate environment modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001624
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

subject disease stagec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001625
Super-classes obo:GENEPIO_0002018c

environmental datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001626
Super-classes obo:IAO_0000109c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000043c
obo:GENEPIO_0000041c
obo:GENEPIO_0000042c
obo:GENEPIO_0000029c
obo:NCIT_C74723c
obo:GENEPIO_0000040c
obo:GENEPIO_0000032c
obo:GENEPIO_0000038c
obo:GENEPIO_0001627c
obo:GENEPIO_0000035c
obo:FIX_0000278c
obo:GENEPIO_0000034c
obo:GENEPIO_0001736c
obo:EO_0007027c
obo:GENEPIO_0001737c
obo:GENEPIO_0000039c
obo:GENEPIO_0001725c

temperature of samplec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001627
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:PATO_0000146c

de-novo assemblyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001628
Super-classes obo:GENEPIO_0000090c

obsolete: sample body sourcec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001629

contig length QC thresholdc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001630
Description

QUAST specifies which of its report stats are affected by the "--min-contig" minimum contig length parameter.
Super-classes obo:GENEPIO_0001632c

contig NG50c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001631
Description

"Note that N50 is calculated in the context of the assembly size rather than the genome size. Therefore, comparisons of N50 values derived from assemblies of significantly different lengths are usually not informative, even if for the same genome. To address this, the authors of the Assemblathon competition derived a new measure called NG50. The NG50 statistic is the same as N50 except that it is 50% of the known or estimated genome size that must be of the NG50 length or longer. This allows for meaningful comparisons between different assemblies. In the typical case that the assembly size is not more than the genome size, the NG50 statistic will not be more than the N50 statistic." - wikipedia
Super-classes obo:GENEPIO_0001632c

contig lengthc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001632
Super-classes obo:GENEPIO_0001568c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:SO_0000149c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001630c
obo:GENEPIO_0001570c
obo:OBI_0001941c
obo:GENEPIO_0001631c
obo:GENEPIO_0001566c
obo:GENEPIO_0001565c
obo:GENEPIO_0001771c

contig L50c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001633
Super-classes obo:GENEPIO_0000093c

contig LG99c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001634
Super-classes obo:GENEPIO_0000093c

obsolete: specimen from subject datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001635

animal body productc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001636
Super-classes obo:GENEPIO_0000028c
Restrictions obo:RO_0003001 some obo:OBI_0100026c
Sub-classes obo:UBERON_0000174c
obo:UBERON_0007378c
obo:UBERON_0008291c
obo:UBERON_0006314c

obsolete: specimen source material categoryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001637

draft GenEpiO general information recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001638
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

antigenic formulac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001639
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:CHEBI_59132c
obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C53471c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001082c

specimen organism taxonomy (species)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001640
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:OBI_0001927 some (obo:NCBITaxon_10239c or obo:NCBITaxon_2c or obo:NCBITaxon_2157c or obo:NCBITaxon_2759c)

identifier modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001641
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

curator organization namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001642
Super-classes obo:GENEPIO_0001607c

Agriculture and Agri-Food Canadac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001643
Super-classes obo:OBI_0001893c

isolate identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001644
Super-classes obo:IAO_0000577c

identifier statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001645
Super-classes obo:GENEPIO_0001607c
Sub-classes obo:NCIT_C25667c
obo:NCIT_C25251c
obo:GENEPIO_0001647c
obo:GENEPIO_0001653c

data protection rolec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001646
Super-classes obo:GENEPIO_0002029c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001795c
obo:GENEPIO_0001793c
obo:GENEPIO_0001796c
obo:GENEPIO_0001794c
obo:GENEPIO_0001792c

original submissionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001647
Super-classes obo:GENEPIO_0001645c

NCBI Contributing organization / projectc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001648
Super-classes obo:GENEPIO_0001803c

food - liquidc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001649
Super-classes obo:GENEPIO_0001249c

draft NCBI BioSample identifier modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001650
Super-classes obo:GENEPIO_0001611c

INSDC institution codec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001651
Super-classes obo:GENEPIO_0001803c

draft IRIDA epidemiological case modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001652
Super-classes obo:GENEPIO_0001829c

previous (archaic) identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001653
Super-classes obo:GENEPIO_0001645c

geographic location datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001654
Super-classes obo:IAO_0000109c
Sub-classes obo:OBI_0001620c
obo:OBI_0001621c

obsolete: categorical tree specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001655
Description

A categorical tree specification datum may have its own URI identifier as its value. This could be interpreted to mean that the datum was recorded but that no particular categorical subclass distinction was observed. This in effect makes the datum act as a boolean variable.

latitude and longitude coordinate (ISO 6709)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001656
Description

A geographic coordinate entity composed of both latitude and longitude components.
Super-classes obo:GENEPIO_0001611c

draft NCBI BioSample geo_loc_name modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001657
Super-classes obo:GENEPIO_0001611c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0100051c

draft GenEpiO isolate sequencing modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001658
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

case identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001659
Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000102c

neuterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001660
Description

Not a PATO phenotypic sex catigorical value.
Super-classes obo:PATO_0001894c

pooled male and femalec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001661
Super-classes obo:PATO_0001894c

in processc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001662
Super-classes obo:GENEPIO_0001618c

swimming / wadingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001663
Super-classes obo:GENEPIO_0001277c

infection detail datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001664
Description

NECESSARY? : What details are categorical and what are freehand? This item was originally too broad; moved sub-items to Treatment.
Super-classes obo:GENEPIO_0001222c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001665c

antibiotics requiredc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001665
Super-classes obo:GENEPIO_0001664c

INSDC standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001666
Super-classes obo:NCIT_C103180c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001113c

outcome of pregnancy associated with illnessc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001667
Super-classes obo:GENEPIO_0001432c
Sub-classes obo:OAE_0002678c
obo:GENEPIO_0001670c
obo:XCO_0000412c
obo:GENEPIO_0001671c

not providedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001668
Super-classes obo:GENEPIO_0001618c

stable health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001669
Super-classes obo:GENEPIO_0002024c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001842c
obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001841c

induced abortionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001670
Super-classes obo:GENEPIO_0001667c

live birthc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001671
Super-classes obo:GENEPIO_0001667c

obsolete: gestation duration (weeks)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001672

date of pregnancy outcomec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001673
Super-classes obo:GENEPIO_0001224c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001225c

contact specification - physicianc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001674
Super-classes obo:GENEPIO_0001606c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C25741c
obo:RO_0002180op some obo:GENEPIO_0001679c

obsolete: matrix - solidc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001675

contact specification - parent/guardianc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001676
Super-classes obo:GENEPIO_0001606c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001541c

contact specification - patientc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001677
Super-classes obo:GENEPIO_0001606c
Restrictions obo:RO_0002180op some obo:GENEPIO_0001679c
obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0000093c

draft GenEpiO case epidemiology recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001678
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

contact specification - addressc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001679
Super-classes obo:GENEPIO_0001755c

obsolete: draft IRIDA modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001680

laboratory sequencing datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001681
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000082c
obo:GENEPIO_0000075c
obo:GENEPIO_0001095c
obo:GENEPIO_0002093c
obo:GENEPIO_0002095c
obo:GENEPIO_0000072c
obo:GENEPIO_0000152c
obo:OBI_0001894c
obo:GENEPIO_0001940c
obo:GENEPIO_0001994c
obo:GENEPIO_0000080c
obo:GENEPIO_0000070c
obo:GENEPIO_0000085c
obo:GENEPIO_0000078c
obo:GENEPIO_0001425c
obo:GENEPIO_0002096c
obo:GENEPIO_0000073c
obo:GENEPIO_0000088c
obo:GENEPIO_0000083c
obo:GENEPIO_0000084c
obo:GENEPIO_0000150c
obo:GENEPIO_0001054c
obo:GENEPIO_0000148c
obo:GENEPIO_0000076c
obo:GENEPIO_0000149c
obo:GENEPIO_0000069c
obo:GENEPIO_0000135c
obo:GENEPIO_0001965c
obo:GENEPIO_0000153c
obo:GENEPIO_0001995c
obo:GENEPIO_0000151c
obo:GENEPIO_0001973c

host illness associated withc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001682
Super-classes obo:GENEPIO_0001432c
Sub-classes obo:DOID_9471c
obo:XCO_0000412c

draft subject demographic specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001683
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

E. coli K antigen specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001684
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:CHEBI_73772c
obo:OBI_0002135 some ()

other antigen specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001685
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:CHEBI_59132c
obo:OBI_0002135 exactly 1

E. coli serotype specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001686
Super-classes obo:GENEPIO_0001718c

Salmonella serovar specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001687
Description

Damion's note: This will be converted to a categorical tree specification list of serovars by name or id asap.
Super-classes obo:GENEPIO_0001718c

test specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001688
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001011c
obo:OMIT_0027406c
obo:GENEPIO_0000045c
obo:GENEPIO_0001012c
http://purl.phyloviz.net/ontology/typon#MLVAc
obo:OMP_0000207c
obo:GENEPIO_0000049c
obo:GENEPIO_0001716c
obo:GENEPIO_0001639c
obo:GENEPIO_0001719c
obo:SO_0001027c
obo:GENEPIO_0001079c
obo:GENEPIO_0000052c
obo:GENEPIO_0000037c
obo:GENEPIO_0001718c
obo:GENEPIO_0001289c
obo:GENEPIO_0000136c
obo:GENEPIO_0001717c
obo:GENEPIO_0001291c
obo:GENEPIO_0001292c

listeria antigenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001689
Super-classes obo:OBI_0001933c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:CHEBI_59132c
obo:OBI_0002135 some ()
Sub-classes obo:GENEPIO_0001693c
obo:GENEPIO_0001694c
obo:GENEPIO_0001695c
obo:GENEPIO_0001696c
obo:GENEPIO_0001703c
obo:GENEPIO_0001691c
obo:GENEPIO_0001697c
obo:GENEPIO_0001702c
obo:GENEPIO_0001698c
obo:GENEPIO_0001699c
obo:GENEPIO_0001700c
obo:GENEPIO_0001701c
obo:GENEPIO_0001692c

obsolete: matrix - fluidc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001690

listeria serotype 1/2ac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001691
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 1/2bc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001692
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 1/2cc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001693
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 1/2c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001694
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 3ac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001695
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 3bc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001696
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 4ac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001697
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 4bc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001698
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 4cc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001699
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 4dc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001700
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 4ec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001701
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

non-monocytogenes listeria antigenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001702
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

listeria serotype 3cc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001703
Super-classes obo:GENEPIO_0001689c

textual test resultc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001704
Super-classes obo:IAO_0000300c

obsolete: draft GenEpiO BioProject standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001705

NCBI BioSample collection codec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001706
Super-classes obo:GENEPIO_0001804c

draft NCBI BioSample host modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001707
Super-classes obo:GENEPIO_0001611c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000531c

food - solidc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001708
Super-classes obo:GENEPIO_0001249c

lab test datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001709
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000047c
obo:GENEPIO_0000044c

Xbalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001710
Super-classes obo:GENEPIO_0000044c

Asclc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001711
Super-classes obo:GENEPIO_0000044c

Smalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001712
Super-classes obo:GENEPIO_0000044c

Blnlc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001713
Super-classes obo:GENEPIO_0000047c

Apalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001714
Super-classes obo:GENEPIO_0000047c

Kpnlc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001715
Super-classes obo:GENEPIO_0000047c

subgroupc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001716
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

viral subtypec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001717
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

serotype specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001718
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c
Restrictions obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0001687c
obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0001686c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001686c
obo:GENEPIO_0001687c

phage type specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001719
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

obsolete: swab - food contact surfacec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001720

NCBI culture collectionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001721
Super-classes obo:GENEPIO_0001723c

NCBI specimen voucherc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001722
Super-classes obo:OBI_0001616c

culture identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001723
Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001721c
obo:GENEPIO_0001798c

subject organism common namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001724
Super-classes obo:NCIT_C42614c
Restrictions obo:IAO_0000219 some obo:OBI_0100026c

temperature of air - average dailyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001725
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:ENVO_00002005c
obo:IAO_0000136op some obo:PATO_0000146c

obsolete: swab - inanimate object surfacec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001726

obsolete: swab - meatc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001727

obsolete: swab - rectal swabc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001728

obsolete: swab - tissuec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001729

unknown sourcec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001730
Super-classes obo:CHMO_0002743c

human clinical specimenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001731
Super-classes obo:GENEPIO_0001237c
obo:CHMO_0002743c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001245c
obo:GENEPIO_0001735c

obsolete: environmental (swab or sampling)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001732

avian - wildc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001733
Super-classes obo:GENEPIO_0001247c

avian - domesticatedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001734
Super-classes obo:GENEPIO_0001247c

human clinical specimen - invasivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001735
Super-classes obo:GENEPIO_0001731c

pH measurementc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001736
Description

Normally falls within the bounds of 0 - 14
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

precipitationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001737
Super-classes obo:GENEPIO_0001626c

assembly and annotation project objectivec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001738
Super-classes obo:GENEPIO_0001425c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001801c
obo:GENEPIO_0001806c
obo:GENEPIO_0001805c

line list row recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001740
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

draft GenEpiO component recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001741
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001893c
obo:GENEPIO_0001809c
obo:GENEPIO_0001430c
obo:GENEPIO_0001624c
obo:GENEPIO_0001892c
obo:GENEPIO_0001638c
obo:GENEPIO_0001293c
obo:GENEPIO_0001302c
obo:GENEPIO_0001468c
obo:GENEPIO_0001688c
obo:GENEPIO_0001471c
obo:GENEPIO_0001678c
obo:GENEPIO_0001259c
obo:GENEPIO_0001658c
obo:GENEPIO_0001466c
obo:GENEPIO_0001426c
obo:GENEPIO_0001683c
obo:GENEPIO_0001226c
obo:GENEPIO_0001424c
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obo:GENEPIO_0001641c
obo:GENEPIO_0001740c
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sio:SIO_001027c
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subnational regionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001742
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public health data standardc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C103180c
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reagent derived material from specimenc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001882c

transcriptome data from specimenc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001882c

proteome data derived from specimenc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001882c

purified chromosome from specimenc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001882c

Targeted Locus Loci data capturec # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001899c

clone end data capturec # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001899c

exome specific data capturec # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001899c

random survey data capturec # Classes

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contact specificationc # Classes

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contact specification - phonec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001755c

millimetres per dayc # Classes

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Super-classes obo:UO_0000060c

obsolete: millisiemensc # Classes

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millisiemens per centimetrec # Classes

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cubic metre per secondc # Classes

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Super-classes obo:UO_0000000c

micromole per kilogramc # Classes

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Super-classes obo:UO_0000051c

micromole per litrec # Classes

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Super-classes obo:UO_0000051c

quality control recordc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

1 - standard draftc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0000091c

2 - high quality draftc # Classes

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3 - improved high quality draftc # Classes

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4 - annotation-directed improvementc # Classes

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5 - non-contiguous finishedc # Classes

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6 - finishedc # Classes

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contig NG99c # Classes

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contig LG50c # Classes

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contig L99c # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0000093c

subject age at time of specimen collectionc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001610c

pathogen specific data standardc # Classes

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draft tuberculosis contextual data standardc # Classes

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draft PulseNet Canada Salmonella submission standardc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0000106c
Restrictions obo:RO_0002180op exactly 1 ()

PFGE Xbal patternc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001289c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001710c

PFGE Blnl patternc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001289c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001713c

National Laboratory for Enteric Pathogens Identifierc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001616c

upload modified datec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001491c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0000024c

travel destinationc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001058c

symptom durationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001784
Description

This may be a calculated field if symptoms are reported to cease on a particular date. Often however symptom duration is reported more generally as a date or time range since cesation date is less certain.
Super-classes obo:GENEPIO_0001258c
efo:EFO_0000433c

specimen collection location - cityc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002162c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:NCIT_C80234c

obsolete: sample cityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001786

genus of pathogenc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001183c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCBITaxon_genusc

species of pathogenc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001788
Super-classes obo:GENEPIO_0001183c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCBITaxon_speciesc

symptom cessation datec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001789
Super-classes obo:GENEPIO_0001258c

specimen datumc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000027c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0100051c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000113c
obo:GENEPIO_0001532c
obo:GENEPIO_0001808c
obo:sep_00196c
obo:GENEPIO_0001797c
obo:GENEPIO_0001356c
obo:GENEPIO_0002135c
obo:OBI_0001903c
obo:GENEPIO_0000027c

isolate identifier specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001791
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001644c

data obfuscatedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001792
Super-classes obo:GENEPIO_0001646c

data aggregatedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001793
Super-classes obo:GENEPIO_0001646c

limited data setc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001794
Super-classes obo:GENEPIO_0001646c

de-identified datac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001795
Super-classes obo:GENEPIO_0001646c

data protectedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001796
Super-classes obo:GENEPIO_0001646c

specimen collectorc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001797
Super-classes obo:GENEPIO_0001790c
Restrictions obo:RO_0002180op max 1 ()
obo:RO_0002180op max 1 ()

NCBI BioSample culture identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001798
Super-classes obo:GENEPIO_0001723c

user identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001799
Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001433c

sequence identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001800
Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes edam:data_1093c
obo:GENEPIO_0001562c

metagenomic species identificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001801
Super-classes obo:GENEPIO_0001738c

document citation identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001802
Super-classes obo:IAO_0000577c

organization identifierc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001648c
obo:GENEPIO_0001651c

collection identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001804
Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001706c

variant calling / pathogen identification and clusteringc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001805
Super-classes obo:GENEPIO_0001738c

isolate (pathogen) identificationc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001738c

obsolete: NCBI BioSample ID -c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001807

specimen titlec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001808
Super-classes obo:GENEPIO_0001790c

draft GenEpiO isolate source contextc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001809
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

restricted accessc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001810
Super-classes obo:GENEPIO_0001618c

State (United States of America)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001811
Super-classes obo:NCIT_C87194c

health status trend datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001812
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Restrictions obo:IAO_0000136op some (obo:OBI_0100026c and ub130bL7969C17c)
Sub-classes obo:GENEPIO_0001853c
obo:GENEPIO_0002026c
obo:GENEPIO_0001550c

ITISc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001813
Super-classes obo:MI_0489c

MESHc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001818
Super-classes obo:MI_0489c

NCITc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001819
Super-classes obo:MI_0489c

NIFSTDc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001820
Super-classes obo:MI_0489c

SNOMEDCTc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001821
Super-classes obo:MI_0489c

ASFISc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001822
Super-classes obo:MI_0489c

FTTc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001823
Super-classes obo:MI_0489c

TGNc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001824
Super-classes obo:MI_0489c

Wikipediac # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001825
Super-classes obo:MI_0489c

SWEETRealmc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001826
Super-classes obo:MI_0489c

Geonamesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001827
Super-classes obo:MI_0489c

EcoLexiconc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001828
Super-classes obo:MI_0489c

draft IRIDA standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001829
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001612c
obo:GENEPIO_0001652c

ISO3166-1c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001830
Super-classes obo:NCIT_C103180c

ISO3166-2c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001831
Super-classes obo:NCIT_C103180c

ANSI INCITS 38c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001832
Super-classes obo:NCIT_C103180c

GNISIDc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001833
Super-classes obo:MI_0489c

LTERc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001834
Super-classes obo:MI_0489c

NCBI BioSample Pathogen.cl standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001835
Super-classes obo:GENEPIO_0000115c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0100051c

NCBI BioProject standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001836
Description

NCBI lists project data type and other controlled vocabulary fields at : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK54364/
Super-classes obo:GENEPIO_0000115c
Restrictions obo:RO_0002180op max 1 ()
obo:RO_0002180op exactly 1 ()
obo:RO_0002180op max 1 ()
obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0002147c
obo:RO_0002180op max 1 obo:GENEPIO_0002128c

AHA HIPPA standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001837
Super-classes obo:GENEPIO_0001743c

PubMedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001838
Super-classes obo:MI_0489c

PulseNet submission standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001839
Super-classes obo:GENEPIO_0001743c

good health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001840
Super-classes obo:GENEPIO_0002025c
obo:ExO_0000038c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:NCIT_C115935c
obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001848c

fair health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001841
Super-classes obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002025c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001669c
obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0002023c

serious health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001842
Super-classes obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002025c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001846c
obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001669c

health status history datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001843
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Restrictions obo:IAO_0000136op some (obo:OBI_0100026c and ub130bL8357C17c)
Sub-classes obo:OMIT_0001642c
obo:OMIT_0012935c
obo:OMIT_0004227c
obo:OMIT_0013001c
obo:CVDO_0000597c

NHS standardc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001845
Super-classes obo:NCIT_C103180c

critical but stable health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001846
Description

Damion Dooley's note: This is a contentious term. AHA calls for it never to be used, since the common phrase "critical but stable" is misleading by the very nature of "critical". The NHS however has it as one of its central terms. The use of "stable" also points to a health trend, rather than a state. A separate "health status trend datum" has been set up to capture this.
Super-classes obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002024c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001842c
obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0002228c

comfortable health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001847
Super-classes obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002024c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001848c
obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0002023c

progressing well health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001848
Super-classes obo:GENEPIO_0002024c
obo:ExO_0000038c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001840c
obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001847c

discharged from hospitalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001849
Description

Damion Dooley note: This term (weakly) implies that the patient is recovered enough to be released from hospital. Technically this isn't a health status though, it is a patient medical service state.
Super-classes obo:GENEPIO_0002024c
obo:GENEPIO_0002019c

datum statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001850
Description

A given datum's status value is metadata, i.e. a statement about a particular datum, usually in the case where no actual data entry or categorical choice for that datum has been made.

A datum's information privacy constraints can be defined mainly by way of the "data protection item".

A datum status's given states (missing, recorded, etc.) may be accompanied by values that they are represented as in 3rd party databases by using the "has database crossreference" hasDbXref relation, e.g. "hasDbXref 'NCBI Biosample: 'not collected'"
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001851c
obo:GENEPIO_0001619c
obo:GENEPIO_0001618c

recordedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001851
Super-classes obo:GENEPIO_0001850c

undetermined health status - awaiting assessmentc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001852
Super-classes obo:GENEPIO_0002025c
obo:ExO_0000038c

worsening health trendc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001853
Super-classes obo:GENEPIO_0001812c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0002026c

obsolete: US postal codec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001890

entity history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001892
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

generic range history recordc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001893
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

sequencing instrument modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001921
Super-classes obo:OBI_0000832c
Sub-classes obo:OBI_0000717c
obo:GENEPIO_0001937c
obo:OBI_0002003c
obo:OBI_0002012c
obo:GENEPIO_0001935c
obo:OBI_0000696c
obo:OBI_0002021c
obo:GENEPIO_0001939c
obo:OBI_0000703c

circlec # Classes

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Restrictions obo:RO_0002180op exactly 1 obo:PATO_0002390c
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Illumina platformc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0000071c

Complete Genomics platformc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001924
Description

Damion Dooley's note: This platform is in-house and not a product per se. Complete Genomics states: "Complete Genomics’ sequencing platform employs high-density DNA nanoarrays that are populated with DNA nanoballs (DNBs™). Base identification is performed using an unchained ligation-based read technology known as combinatorial probe-anchor ligation (cPAL™). The sequencing instrumentation is custom-developed to support this process. Details are described in our Science publication (Drmanac et al., 2010)."
Super-classes obo:GENEPIO_0000071c

earth area boundary censusc # Classes

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Restrictions obo:RO_0002180op min 0 obo:GENEPIO_0002017c
obo:RO_0002180op exactly 1 obo:GENEPIO_0001996c

Roche LS454 platformc # Classes

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PacBio platformc # Classes

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SOLiD 4hq Systemc # Classes

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SOLiD 5500c # Classes

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SOLiD 5500xlc # Classes

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SOLiD PI Systemc # Classes

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SOLiD System 2.0c # Classes

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Super-classes obo:OBI_0000696c

SOLiD System 3.0c # Classes

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2D entityc # Classes

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Ion Torrent PGMc # Classes

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454 Genome Sequencer FLX Titaniumc # Classes

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454 Genome Sequencerc # Classes

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454 Genome Sequencer Juniorc # Classes

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Illumina HiSeq Sequencerc # Classes

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library selectionc # Classes

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5-methylcytidine antibody methodc # Classes

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CAGE methodc # Classes

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CF-H methodc # Classes

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CF-M methodc # Classes

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CF-S methodc # Classes

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CF-T methodc # Classes

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ChIP methodc # Classes

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DNAse methodc # Classes

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HMPR methodc # Classes

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Hybrid Selection methodc # Classes

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MBD2 protein methyl-CpG binding domain methodc # Classes

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MF methodc # Classes

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MNase methodc # Classes

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MSLL methodc # Classes

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PCR methodc # Classes

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RACE methodc # Classes

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RANDOM PCR methodc # Classes

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RANDOM methodc # Classes

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RT-PCR methodc # Classes

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Reduced Representation methodc # Classes

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Restriction Digest methodc # Classes

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cDNA methodc # Classes

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size fractionation methodc # Classes

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other library methodc # Classes

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library sourcec # Classes

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genomic sourcec # Classes

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metagenomic sourcec # Classes

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metatranscriptomic sourcec # Classes

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other library sourcec # Classes

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synthetic sourcec # Classes

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transcriptomic sourcec # Classes

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viral RNA sourcec # Classes

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library strategyc # Classes

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amplicon strategyc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

Bisulfite-Seq strategyc # Classes

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clone end strategyc # Classes

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clone strategyc # Classes

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CTS strategyc # Classes

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ChIP-Seq strategyc # Classes

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DNase-Hypersensitivity strategyc # Classes

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EST strategyc # Classes

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other library strategyc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

pool clone strategyc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

RNA-Seq strategyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001990
Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

WCS strategyc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

WGS strategyc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

WXS strategyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001993
Super-classes obo:GENEPIO_0001973c

library construction protocolc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001994
Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

library namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001995
Super-classes obo:IAO_0000300c
obo:GENEPIO_0001681c

2D boundaryc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001996
Super-classes obo:GENEPIO_0001884c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001922c
sio:SIO_000505c

colony forming unit per 100 milliliterc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001997
Super-classes obo:UO_0000212c

decimal quantity unitc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001998
Super-classes obo:GENEPIO_0001909c

draft tuberculosis - dataset features and provenancec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft tuberculosis - case specimen characteristicsc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft tuberculosis - case subject characteristicsc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft tuberculosis - case risk factorsc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft tuberculosis - case clinical presentationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002003
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft tuberculosis - case laboratory testingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002004
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft tuberculosis - case medicationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002005
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft isolate whole genome sequencing modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002006
Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

draft tuberculosis - case modelc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002007
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

Mycobacterium tuberculosis lineagec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002008
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002014c
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obo:GENEPIO_0002010c

TB lineage 2 - East-Asian, includes Bejingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002009
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

TB lineage 3 - East-African Indian, includes CAS/Delhic # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002010
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

TB lineage 4 - Euro-American, includes Haarlem, LAM3, X, T, F11, H37Rvc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002011
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

TB lineage 1 - Indo-Oceanicc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002012
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

TB lineage 5 - West African 1c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002013
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

TB lineage 6 - West African 2c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002014
Super-classes obo:GENEPIO_0002008c

isolate preparation facilityc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002015
Description

An isolate preparation facility is a type of organization that provides the service of isolating organisms of interest from provided specimens.
Super-classes obo:OBI_0000245c

plant productc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002016
Super-classes obo:GENEPIO_0000028c
Sub-classes obo:FOODON_03411347c
obo:ENVO_00002170c

geospatial namec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002017
Super-classes obo:NCIT_C42614c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001886c
Sub-classes obo:OBI_0001627c

personal health datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002018
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001222c
obo:GENEPIO_0001625c
obo:GENEPIO_0001212c

host hospital service statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002019
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002022c
obo:GENEPIO_0002020c
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admitted to hospitalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002020
Super-classes obo:GENEPIO_0002019c

treated and released (not admitted to hospital)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002021
Super-classes obo:GENEPIO_0002019c

treated and transferredc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002022
Super-classes obo:GENEPIO_0002019c

satisfactory health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002023
Super-classes obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002024c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001847c
obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001841c

subject health status (UK NHS)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002024
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001848c
obo:GENEPIO_0001847c
obo:GENEPIO_0002023c
obo:GENEPIO_0001846c
obo:GENEPIO_0001849c
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obo:NCIT_C28554c
obo:GENEPIO_0002228c

subject health status (AHA)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002025
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001852c
obo:NCIT_C28554c
obo:GENEPIO_0002228c
obo:GENEPIO_0001840c
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obo:GENEPIO_0001841c

stable health trendc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002026
Super-classes obo:GENEPIO_0001812c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001550c
obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001853c

obsolete: ordinal variablec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002027

mapping (reference based)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002028
Super-classes obo:GENEPIO_0000090c

data protection itemc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002029
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002032c
obo:GENEPIO_0001646c

subject provided consentc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002030
Super-classes obo:GENEPIO_0002032c

ordinal value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002031
Description

An ordinal tree specification is a value specification entity whose subclasses each represent a possible value selection, and which have a linear order with respect to their siblings.
Super-classes obo:OBI_0001930c

consent datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002032
Super-classes obo:GENEPIO_0002029c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002033c
obo:GENEPIO_0002030c

agency provided consentc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002032c

draft ISO sequence repository fieldc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002034
Super-classes linkml:SlotDefinitionc
Members obo:GENEPIO_0002227

centre pointc # Classes

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Super-classes sio:SIO_000507c

phenotypic antimicrobial drug susceptibility test datumc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002036
Super-classes obo:IAO_0000027c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001001c
obo:GENEPIO_0002048c

obsolete: antimicrobial resistance phenotypec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002037

obsolete: antibiotic intermediate resistance (I)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002038

obsolete: antibiotic nonsensitive (high resistance)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002039

antibiotic resistance not definedc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002040
Super-classes obo:ARO_3004299c

obsolete: antibiotic resistant (R)c # Classes

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obsolete: antibiotic sensitive (S)c # Classes

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obsolete: sensitive - dose dependentc # Classes

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MIC dilution measurement datumc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000032c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C128985c

obsolete: antimicrobial resistance testing methodc # Classes

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obsolete: agar dilution evidencec # Classes

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antimicrobial resistance testing method device or reagentc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0000968c
Sub-classes http://www.bioassayontology.org/bao#BAO_0000513c
obo:GENEPIO_0002061c
obo:GENEPIO_0002060c

antimicrobial resistant plasmid typec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002036c

obsolete: antimicrobial resistance testing platformc # Classes

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obsolete: Microscanc # Classes

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obsolete: Phoenixc # Classes

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obsolete: Sensititrec # Classes

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obsolete: Vitekc # Classes

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obsolete: Trekc # Classes

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obsolete: manual - noncommercialc # Classes

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obsolete: antimicrobial resistance testing platform vendorc # Classes

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obsolete: Siemensc # Classes

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obsolete: Biomérieuxc # Classes

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obsolete: Becton Dickinsonc # Classes

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Etest (device)c # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002047c

GM-NEGc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002047c

obsolete: antimicrobial resistance testing reference standardc # Classes

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obsolete: British Society for Antimicrobial Chemotherapy (BSAC)c # Classes

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obsolete: Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)c # Classes

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Description

On January 1, 2005 the National Committee on Clinical Laboratory Standards (NCCLS) changed its name to CLSI

obsolete: German Institute for Standardization (DIN)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002065

obsolete: European Committe on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST)c # Classes

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National Committee on Clinical Laboratory Standards (NCCLS)c # Classes

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Super-classes obo:ARO_3004360c

obsolete: Société Française de Microbiologie (SFM)c # Classes

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SIRc # Classes

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Super-classes obo:ARO_3004360c

WRGc # Classes

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Super-classes obo:ARO_3004360c

first line tuberculosis drugc # Classes

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last resort antibioticc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001187c

National Institute of Allergy and Infectious Disease standardc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C103180c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000002c

RefSeq accession identifierc # Classes

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Super-classes edam:data_1093c

Genomic Standards Consortium (GSC) standardc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C103180c
Sub-classes obo:GENEPIO_0000008c
obo:GENEPIO_0000003c

specimen collection site - geographic featurec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

subject organismc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C79916c
Restrictions obo:RO_0000086op some obo:OBI_0001169c

number of passagesc # Classes

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Super-classes obo:STATO_0000047c
obo:GENEPIO_0001054c

passage protocolc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001054c
sio:SIO_000136c

obsolete: drug minimum inhibitory concentration unitc # Classes

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draft sequence repository data - specimen collectionc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

contact specification - specimen related organizationc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001755c

draft sequence repository contextual data standardc # Classes

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draft sequence repository data - isolatec # Classes

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draft sequence repository data - sequencingc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft sequence repository data - geographic locationc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft sequence repository data - isolate passage historyc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft sequence repository data - antibiogramc # Classes

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draft sequence repository data - virulencec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft sequence repository data - sequencing quality controlc # Classes

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draft sequence repository data - submission to NCBI/DDBJc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft sequence repository data - submission to EBIc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

sequencing dna extraction method datumc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

specimen collection devicec # Classes

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read paired-end merging softwarec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

read adapter trimming softwarec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001681c

specimen collection location - state/province/territory/regionc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002162c
Restrictions obo:OBI_0001927 some (obo:GENEPIO_0001742c or obo:NCIT_C25632c or obo:NCIT_C87194c or obo:NCIT_C89811c)

obsolete: wild type (WT)c # Classes

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obsolete: non-wild type (NWT)c # Classes

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test drug maximum concentrationc # Classes

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test drug minimum concentrationc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000027c

obsolete: antimicrobial resistance tissue specificityc # Classes

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subject health status (NCIT)c # Classes

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obo:NCIT_C115935c

contact specification - professional rolec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001755c

specimen processing organization typec # Classes

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Super-classes obo:OBI_0000245c

draft sequence repository data - food specimenc # Classes

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isolation mediumc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0000079c

draft travel log specificationc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

draft EBI antimicrobial susceptibility test V. 2017-08-30c # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

MIC diffusion measurement datumc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000032c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:NCIT_C128985c

antimicrobial resistance testing reference standard versionc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000300c

draft sequence repository data - antibiogram MIC measurementc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

time value specificationc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001931c
Restrictions obo:IAO_0000039op max 1 obo:UO_0000003c
obo:OBI_0002135 some xsd:dateTimec

feces collectionc # Classes

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sputum collectionc # Classes

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rinsing for specimen collectionc # Classes

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swabbing for specimen collectionc # Classes

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exudate collectionc # Classes

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vacuuming for specimen collectionc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0600005c

tube containing media or preservativec # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C41277c

tube containing antimicrobialc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C41277c

Whirlpak sampling bagc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C43167c

spoonc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C43167c

forkc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C43167c

hand scoopc # Classes

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trierc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C43167c

vaccum devicec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002094c
Sub-classes obo:NCIT_C63362c

investigation identifier specificationc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:OBI_0001628c

draft Enterobase contextual data standardc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0000106c

virulence factor namec # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000300c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000547c

virulence testing protocol namec # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000300c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000547c

detection limitc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000300c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:IDO_0000547c

disease clusterc # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000100c
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infectious disease clusterc # Classes

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EBI ENA Webin environmental featurec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001790c

EBI European Nucleotide Archive Webinc # Classes

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Super-classes obo:NCIT_C103180c

breadth of coveragec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001568c

mean contig lengthc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001568c
obo:IAO_0000032c

raw sequence data processing datumc # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

specimen strain or isolate identifierc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002140
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c

latitude and longitude coordinate (NCBI BioSample format)c # Classes

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Super-classes obo:IAO_0000300c
Restrictions obo:OBI_0002135 some ()

decimal value specificationc # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001933c
Restrictions obo:OBI_0002135 some xsd:decimalc
Sub-classes obo:GENEPIO_0002170c
obo:GENEPIO_0002152c
obo:GENEPIO_0002169c
obo:GENEPIO_0002146c
obo:GENEPIO_0002176c
obo:GENEPIO_0002166c

floating point value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002143
Super-classes obo:OBI_0001933c
Restrictions obo:OBI_0002135 some xsd:floatc

unsigned integer value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002144
Super-classes obo:GENEPIO_0002166c
Restrictions obo:OBI_0002135 some xsd:unsignedIntc
Sub-classes obo:GENEPIO_0002151c

date value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002145
Super-classes obo:OBI_0001933c
Restrictions obo:IAO_0000039op max 1 obo:UO_0000003c
obo:IAO_0000039op exactly 1 ()
obo:OBI_0002135 only xsd:dateTimec
Sub-classes obo:GENEPIO_0002148c

assembly genome size specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002146
Super-classes obo:GENEPIO_0002142c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001561c
obo:IAO_0000039op exactly 1 ()

sequencing facility name specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002147
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:OBI_0001891c

date value specification (ISO 8601)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002148
Super-classes obo:GENEPIO_0002145c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002154c
obo:GENEPIO_0002155c
Members obo:GENEPIO_0002195

strain identifier specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002149
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001429c

MIC diffusion measurement specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002150
Super-classes obo:OBI_0001931c
Restrictions obo:OBI_0002135 some ()
obo:IAO_0000039op exactly 1 obo:UO_0000016c
obo:OBI_0001927 some obo:ARO_3004371c
obo:IAO_0000136op some obo:ARO_3004391c

unsigned short integer value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002151
Super-classes obo:GENEPIO_0002144c
Restrictions obo:OBI_0002135 some xsd:unsignedShortc

genomic sequence length specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002152
Super-classes obo:GENEPIO_0002142c
Restrictions obo:IAO_0000039op exactly 1 ()

MIC dilution measurement specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002153
Super-classes obo:OBI_0001931c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:ARO_3004371c
obo:OBI_0002135 only ()
obo:IAO_0000136op some obo:ARO_3004397c
obo:IAO_0000039op exactly 1 ()

specimen collection date (ISO 8601)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002154
Description

The date on which a specimen was collected, in ISO 8601 format.
Super-classes obo:GENEPIO_0002148c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:OBI_0001619c

date of diagnosis (ISO 8601)c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002155
Super-classes obo:GENEPIO_0002148c
Restrictions obo:OBI_0001927 some efo:EFO_0004953c

subject age specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002156
Super-classes obo:GENEPIO_0002176c
Restrictions obo:OBI_0002135 some ()
obo:OBI_0001927 some obo:OBI_0001169c
obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0002077c
obo:IAO_0000039op max 1 ()
Sub-classes obo:GENEPIO_0002157c

subject age at time of specimen collection specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002157
Super-classes obo:GENEPIO_0002156c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001775c

boolean value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002158
Super-classes obo:OBI_0001933c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:STATO_0000090c
obo:OBI_0002135 exactly 1

specimen identifier specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002159
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:OBI_0001616c

email address specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002160
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:NCIT_C42775c
obo:OBI_0002135 only ()

region, province, state or territory specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002161
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:OBI_0001927 some (obo:GENEPIO_0001742c or obo:NCIT_C25632c or obo:NCIT_C87194c or obo:NCIT_C89811c)

specimen collection site specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002162
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:OBI_0001927 some sio:SIO_000415c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002097c
obo:GENEPIO_0001785c
obo:GENEPIO_0000118c
obo:GENEPIO_0000117c

subject organism common name specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002163
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001724c

subject identifier specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002164
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001616c

subject disease specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002165
Description

Controlled vocabulary. Human specimen source: https://bioportal.bioontology.org/ontologies/DOID or https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/1000067
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001617c
obo:OBI_0001927 some obo:DOID_4c

unsigned long integer value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002166
Super-classes obo:GENEPIO_0002142c
Restrictions obo:OBI_0002135 some xsd:unsignedLongc
Sub-classes obo:GENEPIO_0002144c

specimen collection sitec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002167
Super-classes obo:GENEPIO_0001886c
(obo:ENVO_00000005c or obo:NCIT_C25464c or obo:NCIT_C80234c)
Sub-classes obo:NCIT_C87913c

drug MIC unit specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002168
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:ARO_3004372c

test drug maximum concentration specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002169
Super-classes obo:GENEPIO_0002142c
Restrictions obo:IAO_0000039op some (obo:UO_0000016c or obo:UO_0000274c)
obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0002100c

test drug minimum concentration specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002170
Super-classes obo:GENEPIO_0002142c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0002101c
obo:IAO_0000039op some (obo:UO_0000016c or obo:UO_0000274c)

listeria antigen specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002171
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001689c
obo:OBI_0002135 some ()

URL specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002172
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some sio:SIO_000811c
obo:OBI_0002135 exactly 1

travel destination specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002173
Super-classes obo:OBI_0001930c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0001783c
obo:OBI_0001927 some (obo:NCIT_C25464c or obo:NCIT_C80234c)

specimen source substance specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002174
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:GENEPIO_0000134c

specimen from organism specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002175
Super-classes obo:GENEPIO_0001342c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0001479c

duration specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002176
Super-classes obo:GENEPIO_0002142c
Restrictions obo:OBI_0002135 some ()
obo:IAO_0000039op exactly 1 obo:UO_0000003c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002156c

obsolete: field specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002178
Super-classes obo:OBI_0000658c

obsolete: antimicrobial resistance phenotype - epidemiological cut-off valuesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002181

PulseNet Canada fieldc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002185
Super-classes linkml:SlotDefinitionc
Sub-classes obo:GENEPIO_0002186c
Members obo:GENEPIO_0002193
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obo:GENEPIO_0002207

PulseNet Canada Salmonella fieldc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002186
Super-classes obo:GENEPIO_0002185c
Members obo:GENEPIO_0002220
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obo:GENEPIO_0002217

specimen collection servicec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002222
Super-classes obo:GENEPIO_0002225c

bioinformatics analysis servicec # Classes

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Super-classes obo:GENEPIO_0002225c

isolate preparation servicec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002224
Super-classes obo:GENEPIO_0002225c

specimen related servicec # Classes

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Super-classes obo:OBI_0001173c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002226c
obo:GENEPIO_0002222c
obo:OBI_0001904c
obo:GENEPIO_0002224c
obo:GENEPIO_0002223c

specimen repository/biobank servicec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002226
Super-classes obo:GENEPIO_0002225c

critical health statusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002228
Super-classes obo:GENEPIO_0002025c
obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002024c
Restrictions obo:RO_0002083op some obo:GENEPIO_0001846c

Salmonella subspeciesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002230
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c

PFGE Spel patternc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002231
Super-classes obo:GENEPIO_0001289c

fecal indicatorc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002232
Description

Fecal indicator organism collections include bacterial groups such as thermotolerant coliforms or E. coli. Hence, they only infer that pathogens may be present
Super-classes obo:PCO_0000000c

food isolatec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002233
Super-classes obo:NCIT_C53471c

microbial 16S RNA typingc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002234
Super-classes obo:GENEPIO_0001420c

E. coli H antigen specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002464
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0002135 some ()
obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001077c

E. coli O antigen specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002465
Super-classes obo:GENEPIO_0002468c
Restrictions obo:OBI_0001927 some obo:GENEPIO_0001076c
obo:OBI_0002135 some ()

string value specificationc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002468
Super-classes obo:OBI_0001933c
Restrictions obo:OBI_0002135 exactly 1
Sub-classes obo:GENEPIO_0001684c
obo:GENEPIO_0002147c
obo:GENEPIO_0002163c
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obo:GENEPIO_0002171c
obo:GENEPIO_0002160c
obo:GENEPIO_0002159c
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obo:GENEPIO_0002164c
obo:GENEPIO_0002172c
obo:GENEPIO_0001685c
obo:GENEPIO_0001791c
obo:GENEPIO_0002465c
In range of obo:GENEPIO_0002469op

Helicos platformc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002682
Super-classes obo:GENEPIO_0000071c

Ion Torrent platformc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002683
Super-classes obo:GENEPIO_0000071c

SOLiD sequening platformc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002684
Super-classes obo:GENEPIO_0000071c

drag swabc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002713
Super-classes obo:NCIT_C17627c

rinsec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002749
Super-classes obo:OBI_0100051c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001267c
obo:GENEPIO_0002750c

animal rinsec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002750
Super-classes obo:GENEPIO_0002749c

surface wipec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0003358
Super-classes obo:NCIT_C17627c

GO_0000003c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0000003
Sub-classes obo:NCIT_C25155c

GO_0008150c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0008150
Super-classes obo:BFO_0000015c
Sub-classes obo:TRANS_0000000c

HP_0012830c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0012830
Super-classes obo:BFO_0000019c

HP_0031292c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/HP_0031292
Super-classes obo:ARO_3004430c

pregnant womanc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/ICO_0000288
Super-classes obo:GENEPIO_0001206c

IDO_0000495c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000495

IDO_0000531c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000531
Sub-classes obo:APOLLO_SV_00000236c

IDO_0000547c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000547

IDO_0000569c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000569

IDO_0000581c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000581

IDO_0000629c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000629

IDO_0000659c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IDO_0000659

source databasec # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/MI_0489
Description

Damion Dooley's note: GenEpiO is using members of this class for the first part of the hasDbXref relation. This is where we are keeping the mapping between a code and its source database.

Depending on its context, hasDbXref annotations may point directly to metadata field names in the target database, and may be annotated with additional information that guides any additional specifications that impact on data conversion of these fields.
Super-classes obo:IAO_0000577c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001828c
obo:GENEPIO_0001833c
obo:GENEPIO_0001834c
obo:GENEPIO_0001827c
obo:GENEPIO_0001819c
obo:GENEPIO_0001825c
obo:GENEPIO_0001824c
obo:GENEPIO_0001820c
obo:GENEPIO_0001821c
obo:GENEPIO_0001813c
obo:GENEPIO_0001826c
obo:GENEPIO_0001818c
obo:GENEPIO_0001822c
obo:GENEPIO_0001823c
obo:GENEPIO_0001838c

necropsyc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/MMO_0000344
Super-classes obo:OBI_0600005c

NCBITaxon_genusc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_genus
Super-classes http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon#_taxonomic_rankc

NCBITaxon_speciesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species
Super-classes http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon#_taxonomic_rankc

subspeciesc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subspecies
Super-classes http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon#_taxonomic_rankc

NCIT_C100128c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C100128
Super-classes obo:NCIT_C25190c
Sub-classes obo:NCIT_C62649c

NCIT_C103180c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C103180
Super-classes obo:OBI_0000658c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001830c
obo:GENEPIO_0001666c
obo:GENEPIO_0001831c
obo:GENEPIO_0002073c
obo:GENEPIO_0001832c
obo:GENEPIO_0001845c
obo:GENEPIO_0000036c
obo:GENEPIO_0002136c
obo:GENEPIO_0002075c
obo:GENEPIO_0000115c
obo:GENEPIO_0000109c
obo:GENEPIO_0000119c
obo:GENEPIO_0001743c
obo:NCIT_C20108c

NCIT_C103245c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C103245
Super-classes obo:NCIT_C41275c

NCIT_C105370c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C105370
Super-classes obo:CHEBI_33697c

NCIT_C106561c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C106561
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c

NCIT_C113419c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C113419
Super-classes obo:NCIT_C25190c

NCIT_C114551c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C114551
Super-classes obo:BFO_0000023c

NCIT_C115935c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C115935
Super-classes obo:GENEPIO_0000110c
obo:GENEPIO_0001212c
obo:GENEPIO_0000026c
obo:ExO_0000038c
obo:GENEPIO_0002103c
Restrictions obo:GENEPIO_0001739op some obo:GENEPIO_0001840c

NCIT_C1225c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C1225
Super-classes obo:OMIT_0021725c
Sub-classes obo:OMIT_0020918c
obo:OMIT_0020917c

NCIT_C124295c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C124295
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c
Restrictions obo:IAO_0000136op some obo:ICO_0000288c

NCIT_C12471c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C12471
Super-classes obo:ARO_3004430c

NCIT_C126054c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C126054
Super-classes obo:GENEPIO_0002103c

NCIT_C127784c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C127784
Super-classes obo:NCIT_C25190c

NCIT_C128985c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C128985
Super-classes obo:OBI_0000070c

NCIT_C13235c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C13235
Super-classes obo:NCIT_C49641c

NCIT_C13308c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C13308
Super-classes obo:UBERON_0006925c

NCIT_C13347c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C13347
Super-classes obo:UBERON_0006314c

NCIT_C14419c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C14419
Super-classes obo:BFO_0000027c

NCIT_C15189c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C15189
Super-classes obo:OBI_0600005c

NCIT_C15327c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C15327
Super-classes obo:OBI_0600005c

NCIT_C15346c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C15346
Super-classes obo:GENEPIO_0001186c

NCIT_C15631c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C15631
Super-classes obo:OBI_0600005c

NCIT_C16143c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C16143
Super-classes obo:OBI_0000245c

NCIT_C16731c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C16731
Super-classes obo:GENEPIO_0001206c

NCIT_C16960c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C16960
Super-classes obo:NCIT_C25190c

NCIT_C17445c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C17445
Super-classes obo:NCIT_C25190c

NCIT_C17471c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C17471
Super-classes obo:NCIT_C25190c

NCIT_C17627c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C17627
Super-classes obo:GENEPIO_0002094c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002713c
obo:GENEPIO_0003358c

NCIT_C17734c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C17734
Super-classes obo:PCO_0000001c

NCIT_C20108c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C20108
Super-classes obo:NCIT_C103180c

NCIT_C20587c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C20587
Super-classes obo:PCO_0000001c

NCIT_C25155c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C25155
Super-classes obo:GO_0000003c

NCIT_C25189c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C25189
Super-classes obo:GENEPIO_0001206c

NCIT_C25190c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/NCIT_C25190
Super-classes obo:OBI_0100026c
Sub-classes obo:NCIT_C42709c
obo:OBI_0001889c
obo:NCIT_C113419c
obo:OBI_0001888c
obo:NCIT_C100128c
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obo:NCIT_C17445c
obo:NCIT_C53287c
obo:NCIT_C16960c
obo:NCIT_C127784c
obo:NCIT_C17471c

NCIT_C25191c # Classes

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Shiga toxin 1c # Classes

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Shiga toxin 2c # Classes

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Super-classes obo:PR_000000001c
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Super-classes obo:GENEPIO_0001688c
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Sub-classes obo:GENEPIO_0001080c

physician rolec # Classes

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Sub-classes obo:NCIT_C45910c

PATO_0000146c # Classes

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Description

Damion's Note: Future use might prefer: CMO_0000015 body temperature.

PATO_0000383c # Classes

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Sub-classes obo:NCIT_C54014c

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PATO_0001585c # Classes

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Sub-classes obo:NCIT_C45908c
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obo:GENEPIO_0001660c

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Super-classes obo:GENEPIO_0001444c
Sub-classes obo:GENEPIO_0001053c

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Super-classes obo:GENEPIO_0000025c

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Super-classes obo:GENEPIO_0001425c
Restrictions obo:RO_0002180op exactly 1 obo:SO_0001462c
obo:IAO_0000136op some obo:OBI_0100026c

SO_0001026c # Classes

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Super-classes obo:BFO_0000027c

SO_0001027c # Classes

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URI http://purl.obolibrary.org/obo/STATO_0000221
Super-classes obo:STATO_0000258c

STATO_0000228c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/STATO_0000228
Super-classes obo:STATO_0000252c

STATO_0000232c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/STATO_0000232
Super-classes obo:STATO_0000047c
Sub-classes obo:STATO_0000190c

STATO_0000251c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/STATO_0000251
Super-classes obo:STATO_0000258c

STATO_0000252c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/STATO_0000252
Super-classes obo:STATO_0000258c
Sub-classes obo:STATO_0000228c
obo:STATO_0000087c

STATO_0000258c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/STATO_0000258
Super-classes obo:IAO_0000030c
Sub-classes obo:STATO_0000251c
obo:STATO_0000252c
obo:STATO_0000221c

transmission of infectionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000000
Description

TRANS follows the CDC Epidemiology model of transmission between two hosts, a reservoir and host or other non-host, non-reservoir entities (e.g), a needle and a host.
Super-classes obo:GO_0008150c
Sub-classes obo:TRANS_0000001c
obo:TRANS_0000002c

direct transmissionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000001
Super-classes obo:TRANS_0000000c
Sub-classes obo:TRANS_0000008c
obo:TRANS_0000007c
obo:TRANS_0000006c

indirect transmissionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000002
Super-classes obo:TRANS_0000000c
Sub-classes obo:TRANS_0000012c
obo:EPO_0000016c

congenitalc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000006
Super-classes obo:TRANS_0000001c

contactc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000007
Super-classes obo:TRANS_0000001c

droplet spreadc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000008
Super-classes obo:TRANS_0000001c

vehicle-born ingestionc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/TRANS_0000012
Super-classes obo:TRANS_0000002c

UO_0000006c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000006
Sub-classes obo:NCIT_C48531c
obo:NCIT_C48519c

UO_0000051c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000051
Sub-classes obo:GENEPIO_0001762c
obo:GENEPIO_0001761c

UO_0000060c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000060
Sub-classes obo:GENEPIO_0001757c

UO_0000210c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000210

UO_0000212c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000212
Sub-classes obo:GENEPIO_0001997c

UO_0000328c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/UO_0000328

XCO_0000412c # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/XCO_0000412
Super-classes obo:GENEPIO_0001682c
obo:GENEPIO_0001667c

ancestral groupc # Classes

URI http://purl.obolibrary.org/obo/hancestro_0004
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c

MLVAc # Classes

URI http://purl.phyloviz.net/ontology/typon#MLVA
Super-classes obo:GENEPIO_0001688c

SIO_000507c # Classes

URI http://semanticscience.org/resource/SIO_000507
Super-classes obo:GENEPIO_0001744c
Sub-classes obo:GENEPIO_0002035c
obo:GENEPIO_0001844c

SIO_000666c # Classes

URI http://semanticscience.org/resource/SIO_000666
Super-classes obo:NCIT_C80234c
obo:ENVO_01000658c

SIO_000811c # Classes

URI http://semanticscience.org/resource/SIO_000811
Super-classes obo:IAO_0000577c

SIO_000964c # Classes

URI http://semanticscience.org/resource/SIO_000964
Super-classes sio:SIO_000136c

medical health record (history / timeline)c # Classes

URI http://semanticscience.org/resource/SIO_001027
Super-classes obo:GENEPIO_0001741c

SIO_001322c # Classes

URI http://semanticscience.org/resource/SIO_001322
Super-classes obo:IAO_0000577c

Bacterial bacteriophage typingc # Classes

URI http://snomed.info/sct/22642004
Super-classes obo:OBI_0000070c

obsolete: ancestral groupc # Classes

URI http://www.ebi.ac.uk/ancestro/ancestro_0004

EFO_0000433c # Classes

URI http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000433
Sub-classes obo:APOLLO_SV_00000280c
obo:APOLLO_SV_00000291c
obo:APOLLO_SV_00000267c
obo:VT_0002292c
obo:OBI_0001167c
obo:GENEPIO_0001784c
obo:APOLLO_SV_00000016c
obo:APOLLO_SV_00000258c
obo:APOLLO_SV_00000017c

EFO_0000719c # Classes

URI http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0000719
Super-classes obo:IAO_0000032c

EFO_0001444c # Classes

URI http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0001444
Super-classes obo:IAO_0000027c

EFO_0004324c # Classes

URI http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0004324
Super-classes obo:GENEPIO_0001170c

EFO_0004953c # Classes

URI http://www.ebi.ac.uk/efo/EFO_0004953
Super-classes obo:IAO_0000416c

Acquaintancec # Classes

URI http://www.w3.org/2006/vcard/ns#Acquaintance
Super-classes obo:GENEPIO_0001251c

Addressc # Classes

URI http://www.w3.org/2006/vcard/ns#Address
Super-classes obo:IAO_0000300c
Sub-classes obo:NCIT_C25690c

Definitionc # Classes

URI https://w3id.org/linkml/Definition
Super-classes linkml:Elementc

Elementc # Classes

URI https://w3id.org/linkml/Element
Super-classes obo:OBI_0000658c
Sub-classes linkml:SchemaDefinitionc
linkml:Definitionc

Examplec # Classes

URI https://w3id.org/linkml/Example
In domain of linkml:value_descriptiondp
linkml:valuedp
In range of linkml:examplesop
Members obo:GENEPIO_0001143
obo:GENEPIO_0001146
obo:GENEPIO_0001140
obo:GENEPIO_0001129
obo:GENEPIO_0001148
obo:GENEPIO_0001124
obo:GENEPIO_0002236
obo:GENEPIO_0001134
obo:GENEPIO_0001137
obo:GENEPIO_0001127
obo:GENEPIO_0001132

LocalNamec # Classes

URI https://w3id.org/linkml/LocalName
In domain of linkml:local_name_sourcedp
linkml:local_name_valuedp
Members obo:GENEPIO_0001138
obo:GENEPIO_0001141
obo:GENEPIO_0001130
obo:GENEPIO_0001144
obo:GENEPIO_0001135

PermissibleValuec # Classes

URI https://w3id.org/linkml/PermissibleValue

SchemaDefinitionc # Classes

URI https://w3id.org/linkml/SchemaDefinition
Super-classes linkml:Elementc

SlotDefinitionc # Classes

URI https://w3id.org/linkml/SlotDefinition
Sub-classes obo:GENEPIO_0001121c
obo:GENEPIO_0002185c
obo:GENEPIO_0002034c

Object Properties ↑

part ofop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000050

BFO_0000051op # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000051
Description

Damion comments: In GenEpiO, If an entity has more than one value specification (in a conjunction), then it means the entitiy is a complex entity that can have a value for each specification. Minimum data requirements can be spelled out using some, min 1, max 10 etc. restrictions.

realized inop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000054

BFO_0000067op # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000067

obsolete has string specification ofop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001340

afterop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001739
Description

Damion Dooley's note: Intention is to have it be the inverse of "before". This allows axioms like "B after A" to be placed in class B, rather than having to phrase them as "A before B" in class A.

I believe time dependency relations (conditions) don't imply existence by themselves. If B after A, and B exists, this doesn't necessarily mean that A exists, only that if A does exist, it must be before B. To add that extra existence implication probably requires the "causally downstream of" and "immediately causally downstream of" RO relations, in a closed system where B cannot exist any other way.
Inverse properties obo:RO_0002083op

obsolete: has string value specificationop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002469
Super-properties obo:OBI_0001938
Range(s) obo:GENEPIO_0002468c

obsolete: has categorical specification ofop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002470

obsolete: has categorical value specificationop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002471
Super-properties obo:OBI_0001938
Range(s) obo:OBI_0001930c

IAO_0000039op # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000039
Inverse properties http://purl.obolibrary.org/obo/uo#is_unit_ofop

is aboutop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000136
Domain(s) obo:IAO_0000030c

inheres inop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000052

has participantop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000057

RO_0000086op # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000086

location ofop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0001015

located inop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0001025

aligned withop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002001

RO_0002083op # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002083

has componentop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002180

adjacent toop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002220

has inputop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002233
Super-properties obo:RO_0000057op

has outputop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002234
Super-properties obo:RO_0000057op

member ofop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002350

has memberop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002351

is unit ofop # OPs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/uo#is_unit_of

exactMatchop # OPs

URI http://www.w3.org/2004/02/skos/core#exactMatch

examplesop # OPs

URI https://w3id.org/linkml/examples
Range(s) linkml:Examplec

local_namesop # OPs

URI https://w3id.org/linkml/local_names

Datatype Properties ↑

abstractdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/abstract
Super-properties owl:topDataProperty
Range(s) xsd:booleanc

commentsdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/comments

created_ondp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/created_on

data_collection_statedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/data_collection_state

descriptiondp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/description

exact_mappingsdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/exact_mappings
Super-properties owl:topDataProperty

from_schemadp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/from_schema
Range(s) xsd:anyURIc

identifierdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/identifier

imported_fromdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/imported_from
Super-properties owl:topDataProperty
Range(s) xsd:stringc

local_name_sourcedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/local_name_source
Domain(s) linkml:LocalNamec
Range(s) xsd:NCNamec

local_name_valuedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/local_name_value
Domain(s) linkml:LocalNamec

maximum_valuedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/maximum_value
Range(s) xsd:intc

meaningdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/meaning

minimum_valuedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/minimum_value
Range(s) xsd:intc

multivalueddp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/multivalued
Super-properties owl:topDataProperty
Range(s) xsd:booleanc

namedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/name

patterndp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/pattern
Range(s) xsd:stringc

permissible_valuesdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/permissible_values

requireddp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/required
Super-properties owl:topDataProperty
Range(s) xsd:booleanc

see_alsodp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/see_also
Super-properties owl:topDataProperty

statusdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/status
Range(s) xsd:anyURIc

type_uridp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/type_uri
Description

URI is typically drawn from the set of URI's defined in OWL (https://www.w3.org/TR/2012/REC-owl2-syntax-20121211/#Datatype_Maps)

valuedp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/value
Domain(s) linkml:Examplec
Range(s) xsd:stringc

value_descriptiondp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/value_description
Super-properties owl:topDataProperty
Domain(s) linkml:Examplec

values_fromdp # DPs

URI https://w3id.org/linkml/values_from
Range(s) xsd:anyURIc

Annotation Properties ↑

metadata sectionap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000001

term as in existing standardap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000004

term sourceap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000005

user interface labelap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000006

user interface definitionap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0000162

user interface helpap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001745

user interface hiddenap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001746

user interface featureap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001763

obsolete: user interface value specificationap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001772

dateap # APs

URI http://purl.obolibrary.org/obo/genepio/imports/odes_field.owl#date

creatorap # APs

URI http://purl.org/dc/elements/1.1/creator

dateap # APs

URI http://purl.org/dc/elements/1.1/date

descriptionap # APs

URI http://purl.org/dc/terms/description

licenseap # APs

URI http://purl.org/dc/terms/license

titleap # APs

URI http://purl.org/dc/terms/title

default-namespaceap # APs

URI http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#default-namespace

hasDbXrefap # APs

URI http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasDbXref

commentap # APs

URI http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#comment

labelap # APs

URI http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label

see alsoap # APs

URI http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#seeAlso

qualifiedCardinalityap # APs

URI http://www.w3.org/2002/07/owl#qualifiedCardinality

Named Individuals ↑

C66829ni

URI http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C66829

GAZ_00002561ni

Class(es)
owl:Class
rdfs:Class
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00002561

GAZ_00002562ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GAZ_00002562

CanCOGeN:specimen collector sample IDni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001123

CanCOGeN:NML submitted specimen primary ID exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001124

CanCOGeN:NML submitted specimen primary IDni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001125

CanCOGeN:NML related specimen primary ID exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001127

CanCOGeN:NML related specimen primary IDni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001128

CanCOGeN:IRIDA sample name exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001129

CanCOGeN:IRIDA sample name local nameni

Class(es)
linkml:LocalName
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001130

CanCOGeN:IRIDA sample nameni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001131

CanCOGeN:umbrella bioproject accession exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001132

CanCOGeN:umbrella bioproject accessionni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001133

CanCOGeN:bioproject accession exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001134

CanCOGeN:bioproject accession local nameni

Class(es)
linkml:LocalName
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001135

CanCOGeN:bioproject accessionni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001136

CanCOGeN:biosample accession exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001137

CanCOGeN:biosample accession local nameni

Class(es)
linkml:LocalName
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001138

CanCOGeN:biosample accessionni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001139

CanCOGeN:SRA accession exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001140

CanCOGeN:SRA accession local nameni

Class(es)
linkml:LocalName
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001141

CanCOGeN:SRA accessionni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001142

CanCOGeN:GenBank accession exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001143

CanCOGeN:GenBank accession local nameni

Class(es)
linkml:LocalName
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001144

CanCOGeN:GenBank accessionni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001145

CanCOGeN:GISAID accession exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001146

CanCOGeN:GISAID accessionni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001147

CanCOGeN:Switch Health ID exampleni

Class(es)
linkml:Example
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001148

CanCOGeN:Switch Health IDni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001122
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001149

GENEPIO_0001367ni

Class(es)
obo:GENEPIO_0001286
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001367
Description Damion Dooley's note: Here we are exploring the use of individuals/instances to describe local picklists for GenEpiO driven software.

GENEPIO_0001368ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001368

GENEPIO_0001369ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001369

GENEPIO_0001370ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001370

GENEPIO_0001372ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001372

GENEPIO_0001373ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001373

United Nationsni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001589

MSHni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001815

NCI_Thesaurusni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001816

NIFSTDni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001817

GENEPIO_0001897ni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0001897

_test_individualni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002177

PulseNet:LabIDni

Class(es)
obo:GENEPIO_0002185
URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002179

SourceCountryni

URI http://purl.obolibrary.org/obo/GENEPIO_0002180

PulseNet:SourceCountryni

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