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URI: http://purl.obolibrary.org/obo/ncro.owl
Contributor(s): Alan Ruttenberg
Asiyah Yu Lin
Harrison Strachan
He Zhang
Jingshan Huang
Version URI: http://purl.obolibrary.org/obo/ncro/2015-12-10/ncro-combined.owl
Ontology RDF: RDF (turtle)

Description

This is the release of December 12, 2015. It will always be available at http://purl.obolibrary.org/ncro/2015-12-10/ncro.owl. While current, this ontology is also available at http://purl.obolibrary.org/obo/ncro.owl This file is a merge of NCRO and any imported ontologies or terms. You can access the ontology that existed before the merge, with imports intact, at http://purl.obolibrary.org/obo/ncro/YYYY-MM-DD/ncro.owl or, for the current version, http://purl.obolibrary.org/obo/ncro/prebuild/ncro.owl

Table of Contents

Classes
Object Properties
Annotation Properties
Named Individuals
Namespaces
Legend

Overview

Pictures say 1,000 words

Figure 1: Ontology overview

Classes ↑

entity^c # Classes

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl
Sub-classes	obo:BFO_0000002^c obo:BFO_0000003^c

continuant^c # Classes

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occurrent^c # Classes

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independent continuant^c # Classes

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spatiotemporal region^c # Classes

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process^c # Classes

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disposition^c # Classes

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realizable entity^c # Classes

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zero-dimensional spatial region^c # Classes

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quality^c # Classes

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specifically dependent continuant^c # Classes

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role^c # Classes

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fiat object part^c # Classes

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one-dimensional spatial region^c # Classes

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object aggregate^c # Classes

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three-dimensional spatial region^c # Classes

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site^c # Classes

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object^c # Classes

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generically dependent continuant^c # Classes

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function^c # Classes

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process boundary^c # Classes

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one-dimensional temporal region^c # Classes

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material entity^c # Classes

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Super-classes	obo:BFO_0000004^c
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In domain of	obo:NCRO_0004011^op

continuant fiat boundary^c # Classes

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immaterial entity^c # Classes

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl
Super-classes	obo:BFO_0000004^c
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one-dimensional continuant fiat boundary^c # Classes

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl
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process profile^c # Classes

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relational quality^c # Classes

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two-dimensional continuant fiat boundary^c # Classes

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Super-classes	obo:BFO_0000140^c

zero-dimensional continuant fiat boundary^c # Classes

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl
Super-classes	obo:BFO_0000140^c

zero-dimensional temporal region^c # Classes

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl
Super-classes	obo:BFO_0000008^c

history^c # Classes

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl
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transfer RNA^c # Classes

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ribosomal RNA^c # Classes

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molecular entity^c # Classes

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organic group^c # Classes

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ribonucleic acid^c # Classes

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amino-acid residue^c # Classes

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small nuclear RNA^c # Classes

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RNA(circular)^c # Classes

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cell line^c # Classes

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disease of cellular proliferation^c # Classes

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cancer^c # Classes

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Super-classes	obo:DOID_14566^c

disease^c # Classes

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In range of	obo:NCRO_0004011^op

negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0006357^c obo:GO_0045892^c
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3'-5'-exoribonuclease activity^c # Classes

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molecular_function^c # Classes

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RNA binding^c # Classes

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catalytic activity^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0003674^c
Sub-classes	obo:GO_0004518^c

nuclease activity^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0003824^c
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endonuclease activity^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0004518^c
Sub-classes	obo:GO_0016891^c obo:GO_0004521^c

endoribonuclease activity^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0004521`
Super-classes	obo:GO_0004540^c obo:GO_0004519^c
Sub-classes	obo:GO_0016891^c

exonuclease activity^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0004518^c
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exoribonuclease activity^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0004532`
Super-classes	obo:GO_0004540^c obo:GO_0004527^c
Sub-classes	obo:GO_0016896^c

ribonuclease activity^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0004540`
Super-classes	obo:GO_0004518^c
Sub-classes	obo:GO_0004532^c obo:GO_0004521^c

transporter activity^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005215`
Super-classes	obo:GO_0003674^c
Sub-classes	obo:GO_0090631^c

binding^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005488`
Super-classes	obo:GO_0003674^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000011^c obo:GO_0003723^c obo:NCRO_0000003^c

cellular_component^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005575`
Super-classes	obo:BFO_0000040^c
Sub-classes	obo:GO_0044464^c obo:GO_0044422^c obo:GO_0032991^c obo:GO_0043226^c obo:GO_0043233^c obo:GO_0005623^c

intracellular^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005622`
Super-classes	obo:GO_0044464^c

cell^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005623`
Super-classes	obo:GO_0005575^c

nucleus^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005634`
Super-classes	obo:GO_0043231^c

nucleoplasm^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005654`
Super-classes	obo:GO_0044428^c

cytoplasm^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005737`
Super-classes	obo:GO_0044424^c

nucleobase-containing compound metabolic process^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006139`
Super-classes	obo:GO_1901360^c obo:GO_0034641^c obo:GO_0006725^c obo:GO_0044238^c obo:GO_0046483^c
Sub-classes	obo:GO_0034654^c obo:GO_0090304^c obo:GO_0034655^c

transcription, DNA-templated^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006351`
Super-classes	obo:GO_0034645^c obo:GO_0032774^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000014^c obo:GO_0061614^c

regulation of transcription, DNA-templated^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006355`
Super-classes	obo:GO_0010468^c obo:GO_1903506^c obo:GO_2000112^c
Sub-classes	obo:GO_0045893^c obo:GO_0045892^c obo:GO_0006357^c

regulation of transcription from RNA polymerase II promoter^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006357`
Super-classes	obo:GO_0006355^c
Sub-classes	obo:GO_0045944^c obo:GO_0000122^c obo:GO_1902893^c

mRNA cleavage^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006379`
Super-classes	obo:GO_0090501^c obo:GO_0016070^c
Sub-classes	obo:GO_0035279^c

RNA processing^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006396`
Super-classes	obo:GO_0016070^c
Sub-classes	obo:GO_0006397^c obo:GO_0031050^c obo:GO_0043628^c obo:GO_0034470^c

mRNA processing^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006397`
Super-classes	obo:GO_0006396^c obo:GO_0016070^c

RNA catabolic process^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006401`
Super-classes	obo:GO_0044265^c obo:GO_0034655^c obo:GO_0016070^c
Sub-classes	obo:GO_0034661^c

RNA localization^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006403`
Super-classes	obo:GO_0051179^c

RNA export from nucleus^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006405`
Super-classes	obo:GO_0051168^c obo:GO_0050658^c
Sub-classes	obo:GO_0035281^c

translation^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006412`
Super-classes	obo:GO_0071704^c obo:GO_0044271^c obo:GO_0034641^c obo:GO_0044267^c obo:GO_1901576^c obo:GO_0034645^c obo:GO_0008152^c
In range of	obo:NCRO_0004015^op

translational elongation^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006414`
Super-classes	obo:GO_0034645^c

regulation of translation^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006417`
Super-classes	obo:GO_0032268^c obo:GO_2000112^c obo:GO_0031323^c obo:GO_0051171^c obo:GO_0010608^c
Sub-classes	obo:GO_0017148^c obo:GO_0040033^c

cellular aromatic compound metabolic process^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006725`
Super-classes	obo:GO_0044237^c
Sub-classes	obo:GO_0006139^c obo:GO_0019438^c obo:GO_0019439^c

transport^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0006810`
Super-classes	obo:GO_0051234^c
Sub-classes	obo:GO_0046907^c obo:GO_0050658^c obo:GO_0044765^c

biological_process^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0008150`
Super-classes	obo:BFO_0000015^c
Sub-classes	obo:GO_0051179^c obo:GO_0050896^c obo:GO_0009987^c obo:GO_0071840^c obo:GO_0050789^c obo:GO_0044699^c obo:GO_0008152^c

metabolic process^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0016070^c
Restrictions	obo:BFO_0000063^op some obo:NCRO_0000014^c

transcription_of_miRNA^c # Classes

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Super-classes	obo:GO_0006351^c
In range of	obo:NCRO_0004014^op

animal_study_model^c # Classes

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Super-classes	obo:OBI_0100026^c
Restrictions	obo:NCRO_0004011^op some obo:DOID_4^c

miRNA_target_gene^c # Classes

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Super-classes	obo:SO_0000704^c
Restrictions	obo:NCRO_0004010^op some obo:NCRO_0000002^c
In domain of	obo:NCRO_0004010^op
In range of	obo:NCRO_0004008^op

environmental_variable^c # Classes

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Super-classes	obo:BFO_0000019^c
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gene_sequence^c # Classes

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pressure^c # Classes

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temperature^c # Classes

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high_pressure^c # Classes

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harmful_role^c # Classes

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Description	"A harmful role or activity realizeable by some agent in the human body"
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Sub-classes	obo:NCRO_0000042^c obo:NCRO_0000043^c obo:NCRO_0000041^c

harmful_environmental_effect^c # Classes

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Description	"Harmful physical agents"
Super-classes	obo:NCRO_0000040^c

pathogenicity^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000042`
Description	""Germs" -- foreign microorganisms capable of causing disease"
Super-classes	obo:NCRO_0000040^c

toxic_activity^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000043`
Description	"Harmful chemical agents"
Super-classes	obo:NCRO_0000040^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000044^c

carcinogenicity^c # Classes

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virus^c # Classes

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Super-classes	obo:OBI_0100026^c

adult_tissue^c # Classes

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Super-classes	obo:UBERON_0000479^c
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embryonic_tissue^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000099`
Description	"Tissues existing in the early embryonic stages of development"
Super-classes	obo:UBERON_0000479^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000113^c obo:NCRO_0000111^c obo:NCRO_0000112^c

connective_tissue^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000100`
Description	"Tissues originating from mesoderm and performing a structural or connective function between other tissues"
Super-classes	obo:NCRO_0000098^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000107^c obo:NCRO_0000105^c obo:NCRO_0000106^c obo:NCRO_0000104^c

epithelia_tissue^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000101`
Description	"Tissue lining body structures and forming glands"
Super-classes	obo:NCRO_0000098^c

muscle_tissue^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000102`
Description	"Tissue forming muscles - capable of generating movement of body structures"
Super-classes	obo:NCRO_0000098^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000110^c obo:NCRO_0000109^c obo:NCRO_0000108^c

nerve_tissue^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000103`
Description	"Tissue forming nerves and neural structures like the brain and spinal cord, used for coordinating bodily functions."
Super-classes	obo:NCRO_0000098^c

adipose_tissue^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000104`
Description	"Fat tissue"
Super-classes	obo:NCRO_0000100^c

blood^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000105`
Description	"Blood tissue, including red and white blood cells"
Super-classes	obo:NCRO_0000100^c

bone^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000106`
Description	"Bone tissue - provides structural framework for body with high compressive strength"
Super-classes	obo:NCRO_0000100^c

cartilage^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000107`
Description	"Tough tissue that connects bones and gives form to many of the soft structures of the body"
Super-classes	obo:NCRO_0000100^c

cardiac_muscle^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000108`
Description	"Muscle cells of the heart"
Super-classes	obo:NCRO_0000102^c

skeletal_muscle^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000109`
Description	"Muscle cells of skeletal muscle - those that execute voluntary movement of the skeleton"
Super-classes	obo:NCRO_0000102^c

smooth_muscle^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000110`
Description	"Muscle cells of smooth muscle - found in digestive tract and blood vessels, execute involuntary movement"
Super-classes	obo:NCRO_0000102^c

ectoderm^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000111`
Description	"The outer layer of cells in the early embryo"
Super-classes	obo:NCRO_0000099^c

endoderm^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000112`
Description	"The inner layer of cells in the early embryo"
Super-classes	obo:NCRO_0000099^c

mesoderm^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000113`
Description	"The middle layer of cells in the early embryo"
Super-classes	obo:NCRO_0000099^c

treatment^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000123`
Super-classes	obo:BFO_0000015^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000225^c obo:NCRO_0000227^c obo:NCRO_0000228^c obo:NCRO_0000226^c

pharmaceutical_treatment^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0000225`
Super-classes	obo:NCRO_0000123^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000233^c obo:NCRO_0000232^c obo:NCRO_0000234^c obo:NCRO_0000230^c obo:NCRO_0000231^c obo:NCRO_0000229^c

physical_therapy^c # Classes

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Super-classes	obo:NCRO_0000123^c

psychological_treatment^c # Classes

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surgery^c # Classes

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Super-classes	obo:NCRO_0000123^c

analgesic_treatment^c # Classes

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antihyperlipidemic_treatment^c # Classes

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antihypertensive_treatment^c # Classes

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chemotherapy^c # Classes

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immunosuppressive_therapy^c # Classes

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archaea^c # Classes

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bacteria^c # Classes

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mouse_miRNA^c # Classes

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TE_juxtaposition^c # Classes

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Super-classes	obo:SO_0001411^c

TE_insertion^c # Classes

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positive_strand_insertion^c # Classes

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human_miRNA^c # Classes

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Restrictions	obo:NCRO_0004006^op some obo:NCRO_0002692^c

hsa-miR-125b-5p^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0003282`
Super-classes	obo:NCRO_0000810^c

hsa-miR-125b-1-3p^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0003283`
Super-classes	obo:NCRO_0000810^c

hsa-miR-125b-2-3p^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0003284`
Super-classes	obo:NCRO_0000810^c

non-coding RNA^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0004000`
Super-classes	obo:CHEBI_33697^c
Sub-classes	obo:NCRO_0004002^c obo:CHEBI_74035^c obo:NCRO_0004005^c obo:CHEBI_18111^c obo:NCRO_0004004^c obo:SO_0000276^c obo:CHEBI_17843^c obo:CHEBI_8762^c obo:NCRO_0004003^c

genetic non-coding RNA^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0004002`
Super-classes	obo:NCRO_0004000^c
Restrictions	ub316bL26723C24 some obo:SO_0000655^c

synthesized non-coding RNA^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0004003`
Super-classes	obo:NCRO_0004000^c

long non-coding RNA^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0004004`
Super-classes	obo:NCRO_0004000^c

small interfering RNA^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/NCRO_0004005`
Super-classes	obo:NCRO_0004000^c

processed material^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000047`
Super-classes	obo:BFO_0000040^c

organism^c # Classes

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100026`
Super-classes	obo:BFO_0000040^c
Sub-classes	obo:NCRO_0000091^c obo:NCRO_0000481^c obo:NCRO_0000015^c

cultured cell population^c # Classes

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Definition^c # Classes

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Subset^c # Classes

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Synonym^c # Classes

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SynonymType^c # Classes

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Object Properties ↑

part of^op # OPs

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preceded by^op # OPs

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occurs in^op # OPs

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Range(s)	obo:SO_0000276^c

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is_classified_into_gene_family_group^op # OPs

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Domain(s)	obo:SO_0000276^c
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Super-properties	obo:RO_0002211^op
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Annotation Properties ↑

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/iao.owl

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Is Defined By	http://purl.obolibrary.org/obo/iao.owl

editor note^ap # APs

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term editor^ap # APs

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alternative term^ap # APs

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curator note^ap # APs

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imported from^ap # APs

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antisymmetric property^ap # APs

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term replaced by^ap # APs

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URI	`http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage`

Named Individuals ↑

core
defined class
example to be eventually removed
failed exploratory term
metadata complete
metadata incomplete
named class expression
organizational term
pending final vetting
placeholder removed
ready for release
requires discussion
term imported
term split
terms merged
to be replaced with external ontology term
uncurated
universal

example to be eventually removedⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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failed exploratory termⁿⁱ

Class(es)

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metadata completeⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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organizational termⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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ready for releaseⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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metadata incompleteⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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uncuratedⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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pending final vettingⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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coreⁿⁱ

Class(es)

oboInOwl:Subset

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placeholder removedⁿⁱ

Class(es)

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terms mergedⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000225

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term importedⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000225

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term splitⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000225

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universalⁿⁱ

Class(es)

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defined classⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000409

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named class expressionⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000409

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to be replaced with external ontology termⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

URI	`http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000423`

requires discussionⁿⁱ

Class(es)

obo:IAO_0000078

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Namespaces ↑

default (:): http://purl.obolibrary.org/obo/ncro.owl
dc: http://purl.org/dc/elements/1.1/
dct: http://purl.org/dc/terms/
foaf: http://xmlns.com/foaf/0.1/
meat: http://example.com/
obo: http://purl.obolibrary.org/obo/
oboInOwl: http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#
owl: http://www.w3.org/2002/07/owl#
protege: http://protege.stanford.edu/plugins/owl/protege#
prov: http://www.w3.org/ns/prov#
rdf: http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
rdfs: http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
sdo: https://schema.org/
skos: http://www.w3.org/2004/02/skos/core#
xsd: http://www.w3.org/2001/XMLSchema#

Legend

^c	Classes
^op	Object Properties
^fp	Functional Properties
^dp	Data Properties
^dp	Annotation Properties
^p	Properties
ⁿⁱ	Named Individuals