http://purl.obolibrary.org/obo/pato.owl
An ontology of phenotypic qualities (properties, attributes or characteristics).
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000002 |
---|---|
Restrictions |
obo:BFO_0000050op only obo:BFO_0000002c |
Sub-classes |
obo:BFO_0000004c obo:BFO_0000020c |
In domain of |
obo:RO_0000056op obo:RO_0002566op obo:RO_0002258op obo:RO_0002506op |
In range of |
obo:RO_0000057op obo:RO_0002506op obo:RO_0002566op obo:RO_0002258op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000003 |
---|---|
Restrictions |
obo:BFO_0000050op only obo:BFO_0000003c |
Sub-classes |
obo:BFO_0000015c |
In domain of |
obo:RO_0002501op obo:BFO_0000066op obo:RO_0002222op obo:RO_0000057op obo:BFO_0000063op obo:RO_0002479op obo:BFO_0000062op |
In range of |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000004 |
---|---|
Super-classes |
obo:BFO_0000002c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op only obo:BFO_0000004c |
Sub-classes |
obo:CARO_0030000c obo:BFO_0000040c |
In domain of |
obo:RO_0002202op obo:RO_0002215op |
In range of |
obo:RO_0002479op obo:RO_0002202op obo:BFO_0000066op |
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Super-classes |
obo:BFO_0000003c |
Sub-classes |
obo:GO_0003674c obo:GO_0008150c |
In domain of |
obo:RO_0002233op obo:RO_0002334op obo:RO_0002211op obo:RO_0002018op |
In range of |
obo:RO_0002211op obo:RO_0002018op obo:RO_0002595op obo:RO_0002334op obo:RO_0002215op |
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Super-classes |
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Restrictions |
obo:BFO_0000050op only obo:BFO_0000019c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000051c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000020 |
---|---|
Super-classes |
obo:BFO_0000002c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op only obo:BFO_0000020c |
Sub-classes |
obo:BFO_0000019c obo:PATO_0000001c |
In range of |
obo:RO_0000053op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000040 |
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Super-classes |
obo:BFO_0000004c |
Sub-classes |
obo:CARO_0000006c |
In domain of |
obo:RO_0002449op obo:RO_0002448op obo:RO_0002434op obo:RO_0002595op obo:RO_0011002op obo:RO_0002450op |
In range of |
obo:RO_0002434op obo:RO_0002449op obo:RO_0002448op obo:RO_0002450op obo:RO_0011002op |
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---|---|
Super-classes |
obo:CARO_0030000c |
Sub-classes |
obo:CARO_0000006c |
In domain of |
obo:RO_0002384op obo:RO_0002254op |
In range of |
obo:RO_0002384op obo:RO_0002254op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/CARO_0000003 |
---|---|
Super-classes |
obo:CARO_0000006c |
Sub-classes |
obo:CL_0000000c obo:GO_0044464c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/CARO_0000006 |
---|---|
Super-classes |
obo:CARO_0000000c obo:BFO_0000040c |
Sub-classes |
obo:CARO_0000003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/CARO_0030000 |
---|---|
Super-classes |
obo:BFO_0000004c |
Sub-classes |
obo:CARO_0000000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/CL_0000000 |
---|---|
Super-classes |
obo:CARO_0000003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003674 |
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Super-classes |
obo:BFO_0000015c |
Sub-classes |
obo:GO_0003824c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0003824 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0003674c |
Sub-classes |
obo:GO_0016740c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005575 |
---|---|
Description |
Note that, in addition to forming the root of the cellular component ontology, this term is recommended for use for the annotation of gene products whose cellular component is unknown. When this term is used for annotation, it indicates that no information was available about the cellular component of the gene product annotated as of the date the annotation was made; the evidence code 'no data' (ND), is used to indicate this. |
Sub-classes |
obo:GO_0032991c obo:GO_0110165c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005622 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005634 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0043231c obo:GO_0044464c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005635 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0031967c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0012505c obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005634c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005737 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005622c |
Sub-classes |
obo:GO_0005938c obo:GO_0099568c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005773 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0043231c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005737c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005886 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0016020c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0071944c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005929 |
---|---|
Description |
Note that we deem cilium and microtubule-based flagellum to be equivalent. In most eukaryotic species, intracellular sub-components of the cilium, such as the ciliary base and rootlet, are located near the plasma membrane. In Diplomonads such as Giardia, instead, the same ciliary parts are located further intracellularly. Also, 'cilium' may be used when axonemal structure and/or motility are unknown, or when axonemal structure is unusual. For all other cases, please refer to children of 'cilium'. Finally, note that any role of ciliary proteins in sensory events should be captured by annotating to relevant biological process terms. |
Super-classes |
obo:GO_0043227c obo:GO_0120025c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:GO_0030990c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005938 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0005737c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0071944c |
Sub-classes |
obo:GO_0099738c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0008150 |
---|---|
Description |
Note that, in addition to forming the root of the biological process ontology, this term is recommended for use for the annotation of gene products whose biological process is unknown. When this term is used for annotation, it indicates that no information was available about the biological process of the gene product annotated as of the date the annotation was made; the evidence code 'no data' (ND), is used to indicate this. |
Super-classes |
obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0012505 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:GO_0005886c obo:BFO_0000051op some obo:GO_0005773c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0016020 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
Sub-classes |
obo:GO_0098590c obo:GO_0031090c obo:GO_0005886c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0016301 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0016772c |
Restrictions |
obo:RO_0002481op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0016740 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0003824c |
Sub-classes |
obo:GO_0016772c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0016772 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0016740c |
Sub-classes |
obo:GO_0016301c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0030990 |
---|---|
Description |
Note that we deem cilia and microtubule-based flagella to be equivalent. |
Super-classes |
obo:GO_0032991c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0031090 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0016020c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0043227c |
Sub-classes |
obo:GO_0031965c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0031965 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0031090c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005635c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0031967 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0031975c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0043227c obo:BFO_0000050op some obo:GO_0043229c |
Sub-classes |
obo:GO_0005635c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0031975 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
Sub-classes |
obo:GO_0031967c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032838 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0099568c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0120025c |
Sub-classes |
obo:GO_0097014c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0032991 |
---|---|
Description |
A protein complex in this context is meant as a stable set of interacting proteins which can be co-purified by an acceptable method, and where the complex has been shown to exist as an isolated, functional unit in vivo. Acceptable experimental methods include stringent protein purification followed by detection of protein interaction. The following methods should be considered non-acceptable: simple immunoprecipitation, pull-down experiments from cell extracts without further purification, colocalization and 2-hybrid screening. Interactions that should not be captured as protein complexes include: 1) enzyme/substrate, receptor/ligand or any similar transient interactions, unless these are a critical part of the complex assembly or are required e.g. for the receptor to be functional; 2) proteins associated in a pull-down/co-immunoprecipitation assay with no functional link or any evidence that this is a defined biological entity rather than a loose-affinity complex; 3) any complex where the only evidence is based on genetic interaction data; 4) partial complexes, where some subunits (e.g. transmembrane ones) cannot be expressed as recombinant proteins and are excluded from experiments (in this case, independent evidence is necessary to find out the composition of the full complex, if known). Interactions that may be captured as protein complexes include: 1) enzyme/substrate or receptor/ligand if the complex can only assemble and become functional in the presence of both classes of subunits; 2) complexes where one of the members has not been shown to be physically linked to the other(s), but is a homologue of, and has the same functionality as, a protein that has been experimentally demonstrated to form a complex with the other member(s); 3) complexes whose existence is accepted based on localization and pharmacological studies, but for which experimental evidence is not yet available for the complex as a whole. |
Super-classes |
obo:GO_0005575c |
Sub-classes |
obo:GO_0098796c obo:GO_0140513c obo:GO_0030990c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0042995 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
Sub-classes |
obo:GO_0120025c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0043226 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
Sub-classes |
obo:GO_0043227c obo:GO_0043229c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0043227 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0043226c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:GO_0016020c |
Sub-classes |
obo:GO_0005929c obo:GO_0043231c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0043229 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0043226c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005622c |
Sub-classes |
obo:GO_0043231c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0043231 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0043227c obo:GO_0043229c |
Sub-classes |
obo:GO_0005634c obo:GO_0005773c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0044464 |
---|---|
Super-classes |
obo:CARO_0000003c |
Sub-classes |
obo:GO_0005634c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0071944 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0110165c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0097014 |
---|---|
Description |
Note that we deem cilium and microtubule-based flagellum to be equivalent. Also, researchers consider the composition of both the plasm and the membrane of the cilium to be detectably different from that in the non-ciliary cytosol and plasma membrane (e.g. in terms of calcium ion concentration, membrane lipid composition, and more). For this reason, the term "ciliary plasm" is not linked to "cytoplasm". |
Super-classes |
obo:GO_0032838c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005929c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0098590 |
---|---|
Description |
Note that this term should not be used for direct manual annotation as it should always be possible to choose a more specific subclass. |
Super-classes |
obo:GO_0016020c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005886c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0098796 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0032991c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0016020c |
Sub-classes |
obo:GO_0098797c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0098797 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0098796c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005886c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0099568 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0005737c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005737c |
Sub-classes |
obo:GO_0099738c obo:GO_0032838c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0099738 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0099568c obo:GO_0005938c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005938c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0110165 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0005575c |
Sub-classes |
obo:GO_0016020c obo:GO_0005737c obo:GO_0005622c obo:GO_0071944c obo:GO_0043226c obo:GO_0012505c obo:GO_0031975c obo:GO_0042995c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0120025 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0042995c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:GO_0098590c |
Sub-classes |
obo:GO_0005929c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0140513 |
---|---|
Super-classes |
obo:GO_0032991c |
Restrictions |
obo:BFO_0000050op some obo:GO_0005634c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000001 |
---|---|
Super-classes |
obo:BFO_0000020c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001241c obo:PATO_0001236c obo:PATO_0001303c obo:PATO_0000068c |
In domain of |
pato:different_in_magnitude_relative_toop pato:inversely_associated_withop pato:increased_in_magnitude_relative_toop pato:decreased_in_magnitude_relative_toop pato:directly_associated_withop pato:similar_in_magnitude_relative_toop |
In range of |
pato:directly_associated_withop pato:has_ratio_qualityop pato:decreased_in_magnitude_relative_toop pato:different_in_magnitude_relative_toop pato:has_dividend_qualityop pato:has_divisor_qualityop pato:similar_in_magnitude_relative_toop pato:inversely_associated_withop pato:increased_in_magnitude_relative_toop |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000004 |
---|---|
Description |
Should be defined using translocation. |
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000299c obo:PATO_0040011c obo:PATO_0040010c obo:PATO_0000300c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000008 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001906c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000304c obo:PATO_0001522c obo:PATO_0000303c obo:PATO_0045063c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000011 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000165c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001486c obo:PATO_0001765c obo:PATO_0045005c obo:PATO_0001764c obo:PATO_0001487c obo:PATO_0000308c obo:PATO_0000309c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000014 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001300c obo:PATO_0000051c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000322c obo:PATO_0000323c obo:PATO_0000953c obo:PATO_0000952c obo:PATO_0000951c obo:PATO_0000324c obo:PATO_0000320c obo:PATO_0001426c obo:PATO_0000319c obo:PATO_0000950c obo:PATO_0001425c obo:PATO_0000321c obo:PATO_0001424c obo:PATO_0000318c obo:PATO_0001302c obo:PATO_0000317c obo:PATO_0000336c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000015 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001301c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000016 |
---|---|
Description |
Color brightness refers to the intensity, lightness or value of the light present. Think of this as a dimmer switch. |
Super-classes |
obo:PATO_0001300c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000327c obo:PATO_0000665c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000017 |
---|---|
Description |
Color saturation refers to the amount of white light or gray paint mixed in with the hue (single wavelength) and is a measure of color purity. |
Super-classes |
obo:PATO_0001301c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001229c obo:PATO_0000328c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000018 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001296c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001868c obo:PATO_0001290c obo:PATO_0001298c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000019 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000060c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001533c obo:PATO_0000337c obo:PATO_0001515c obo:PATO_0001532c obo:PATO_0002275c obo:PATO_0000331c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000021 |
---|---|
Description |
Needs redefined or obsoleted. Is this the same as genetic incompatibility? Moved to organismal quality. |
Super-classes |
obo:PATO_0000186c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000345c obo:PATO_0000344c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000025 |
---|---|
Description |
For example calcium composition (which may inhere in bone), haemoglobin composition (which may inhere in blood). |
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
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Description |
TODO: consider merging with angular placement. |
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Super-classes |
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Description |
TODO: define this or obsolete it and move children somewhere else. |
Super-classes |
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Super-classes |
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Description |
This term was originally named "presence". It has been renamed to reduce ambiguity. Consider annotating with the reciprocal relation,PATO:0001555, has_number_of. For example, rather than E=fin ray Q=count in organism C=10, say E=organism Q=has number of E2= fin ray C=10. |
Super-classes |
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Restrictions |
pato:reciprocal_ofop some obo:PATO_0001555c |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Description |
This term was made obsolete because it is not a quality. To update annotations, consider the following term 'quality of a solid; 'PATO:0001546' |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000145 |
---|---|
Description |
This term was made obsolete because it is not a quality. To update annotations, consider the following term 'quality of a liquid; PATO:0001548 ' |
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Description |
TODO: the definition is incorrect. See absent. |
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Description |
May be part of an animal (such as an organ or bone) that is no longer used by the species and has therefore become smaller or less developed. |
Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Description |
This class is a candidate for obsoletion. The definition is not clear, and the placement under "delayed" is not consistent with the definition. |
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Description |
See comments of relational quality of a physical entity. |
Super-classes |
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Description |
Relational qualities are qualities that hold between multiple entities. Normal (monadic) qualities such as the shape of a eyeball exist purely as a quality of that eyeball. A relational quality such as sensitivity to light is a quality of that eyeball (and connecting nervous system) as it relates to incoming light waves/particles. |
Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0001292c |
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obo:PATO_0002060c |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001295 |
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Description |
Typically used for light, but also applied to full EM spectrum. |
Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0001294c |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0001292c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002059c obo:PATO_0001717c |
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Super-classes |
obo:PATO_0001291c |
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obo:PATO_0000014c obo:PATO_0001301c obo:PATO_0001516c obo:PATO_0000957c obo:PATO_0000016c obo:PATO_0001296c |
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Super-classes |
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TODO: decide on correct parentage. |
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Unknown is not a type of sex. |
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For example a mixture of females and male or males and hermaphrodites. |
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Description |
For diploid organisms, such as humans, it is the normal condition, whilst for organisms that are normally triploid or above, disomy is an aneuploidy. |
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Description |
The exact number may be one or two different from the 2n number and still be classified as diploidy (although with aneuploidy). Nearly all mammals are diploid organisms, although all individuals have some small fracton of cells that are polyploidy. |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0002102c |
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Super-classes |
obo:PATO_0001397c |
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Description |
Unipotent cells have the quality of self-renewal which distinguishes them from non-stem cells. |
Super-classes |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001401 |
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Description |
Less potent than multipotent, often thought of as precursor or progenitor cell status. |
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Super-classes |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001421 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001422 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001423 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001372c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001424 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000014c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001702c obo:PATO_0001704c obo:PATO_0001705c obo:PATO_0001703c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001425 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000014c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001426 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000014c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001427 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001842c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001428 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001842c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001429c obo:PATO_0001430c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001429 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001428c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001430 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001428c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001431 |
---|---|
Description |
The definition is general enough to cover adhesion arising from different kinds of chemical bonding/forces, although for PATO this term will most commonly used for cellular adhesion. See also GO:0031589 "cell-substrate adhesion". |
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002332c obo:PATO_0001531c obo:PATO_0002331c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001432 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001433 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002019c obo:PATO_0001490c obo:PATO_0040017c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001434 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001496c obo:PATO_0000273c obo:PATO_0002370c obo:PATO_0040028c obo:PATO_0000274c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001435 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001436c obo:PATO_0001437c obo:PATO_0001453c obo:PATO_0001667c obo:PATO_0001438c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001436 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001437 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001438 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001439 |
---|---|
Description |
TODO: we need a clearer differentium between this and contractility - or merge? |
Super-classes |
obo:PATO_0001579c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001814c obo:PATO_0001619c obo:PATO_0045071c obo:PATO_0001813c obo:PATO_0001618c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001440 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001531c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001441 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001531c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001442 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001444c obo:PATO_0001446c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001444 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001442c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001445c obo:PATO_0040034c obo:PATO_0002082c obo:PATO_0002080c obo:PATO_0002081c obo:PATO_0040044c obo:PATO_0040047c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001445 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001444c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001446 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001442c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001447 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001448c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001448 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001447c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002480c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001449 |
---|---|
Description |
Cartilage is a type of dense connective tissue. It is composed of specialized cells called chondrocytes (CL:0000138) that produce a large amount of extracellular matrix composed of collagen fibers, abundant ground substance rich in proteoglycan, and elastin fibers. |
Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001450 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001853c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001453 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001454 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000085c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001455c obo:PATO_0001456c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001455 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001454c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001456 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001454c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001457 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001551c obo:PATO_0045088c obo:PATO_0001552c obo:PATO_0001458c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001458 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001457c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001460c obo:PATO_0001459c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001459 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001458c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001554c obo:PATO_0045089c obo:PATO_0001553c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001460 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001458c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001461 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001462 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001464c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001463 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001464c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001464 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001463c obo:PATO_0001462c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001465 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001466 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001467 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001468 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001469 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001470 |
---|---|
Description |
Examples: height to weight; brain size to body size. These could all be children of proportionality. Proportions can be measured as ratios. Some measures may be dimensionless. Not all ratios measure proportionality, eg m/s measures velocity which is not a proportion in the sense defined above, it is a quality in its own right. |
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0040042c obo:PATO_0040043c |
In domain of |
pato:has_divisor_qualityop pato:has_dividend_entityop pato:has_ratio_qualityop pato:has_divisor_entityop pato:has_dividend_qualityop |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001472 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001595c obo:PATO_0000587c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001473 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000470c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001474 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000614c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001475 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002305c obo:PATO_0000140c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001671c obo:PATO_0002327c obo:PATO_0001688c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001476 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002303c obo:PATO_0000140c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002328c obo:PATO_0001672c obo:PATO_0001689c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001477 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001478 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001480 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0000982c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001481 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002143c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001482 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001598c obo:PATO_0015007c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001483 |
---|---|
Description |
With aplasia, the primordium or precursor develops, but does not proceed in its development to a mature structure |
Super-classes |
obo:PATO_0002290c obo:PATO_0002291c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001484 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002325c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001485 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001486 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000011c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001487 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000011c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001488 |
---|---|
Description |
Term should be obsoleted and the GO term cellular motility should be used instead. |
Super-classes |
obo:PATO_0001396c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002298c obo:PATO_0045008c obo:PATO_0002297c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001490 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001433c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001749c obo:PATO_0001752c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001491 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001749c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001492 |
---|---|
Description |
This term will be obsoleted; Use GO:growth and PATO:rate. |
Super-classes |
obo:PATO_0050001c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001493c obo:PATO_0001494c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001493 |
---|---|
Description |
This term will be obsoleted; Use GO:growth and PATO:rate. |
Super-classes |
obo:PATO_0001492c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001494 |
---|---|
Description |
This term will be obsoleted; Use GO:growth and PATO:rate. |
Super-classes |
obo:PATO_0001492c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001495 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001857c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002234c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001496 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001434c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000276c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001497 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001499 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001865c |
Restrictions |
pato:has_cross_sectionop some obo:PATO_0000411c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001500 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001419c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002228c obo:PATO_0001973c obo:PATO_0002235c obo:PATO_0001982c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001501 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000261c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001502 |
---|---|
Description |
TODO: obsolete this. |
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001504c obo:PATO_0001503c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001503 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001502c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001504 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001502c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001505 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001506c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001506 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001505c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001507 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000057c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001509 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001241c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002353c obo:PATO_0001634c obo:PATO_0001510c obo:PATO_0001559c obo:PATO_0001511c obo:PATO_0001626c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001510 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001509c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001624c obo:PATO_0001625c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001511 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001509c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001512 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000330c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001514 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001515 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000019c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001516 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001300c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001517c obo:PATO_0001518c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001517 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001516c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001518 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001516c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001519 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001528c obo:PATO_0001527c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001520 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000044c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001526c obo:PATO_0001525c obo:PATO_0001524c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001521 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000080c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001522 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000008c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001523 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001242c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001524 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001520c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001525 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001520c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001526 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001520c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001527 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001519c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001528 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001519c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001529 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001530 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000062c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001531 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001431c obo:PATO_0001396c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001441c obo:PATO_0001440c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001532 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000019c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001533 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000019c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000329c obo:PATO_0001947c obo:PATO_0001534c obo:PATO_0001535c obo:PATO_0002273c obo:PATO_0002276c obo:PATO_0002274c obo:PATO_0000333c obo:PATO_0001946c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001534 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001533c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001535 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001533c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001536 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002182c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001538c obo:PATO_0001537c obo:PATO_0001986c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001537 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001536c |
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obo:PATO_0001664c obo:PATO_0045062c obo:PATO_0001663c |
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Description |
GO has now relevant relation terms which should be used instead. |
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Description |
Examples could be heat or electricity or sound. |
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Description |
Obsoleted because it used to be a child of behavioral quality, which really meant increased magnitude of a given behavior. Now this can be done by using increased magnitude with another quality. |
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Description |
This term and children should probably be obsoleted. |
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Restrictions |
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Description |
For example, a tubular organ or part. |
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Description |
Gradually enlarged at the base, like the head of an arrow. |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Description |
See GO term: GO:0031974 membrane-enclosed lumen [DEF:"The enclosed volume within a sealed membrane or between two sealed membranes"]. |
Super-classes |
obo:PATO_0002014c |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0000039c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000039c |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Restrictions |
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Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002242c obo:PATO_0000008c obo:PATO_0001028c obo:PATO_0001023c obo:PATO_0001030c obo:PATO_0001574c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001907 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001925c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001908 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002505c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001909c obo:PATO_0001406c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001909 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001908c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001910 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001925c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001911 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002076c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001912 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001914c obo:PATO_0001913c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001913 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001912c |
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Super-classes |
obo:PATO_0001912c |
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Super-classes |
obo:PATO_0001632c |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001633c |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001632c |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001633c |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000628c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001920 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000628c |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000628c |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0000628c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001924 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000628c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001925 |
---|---|
Description |
This quality either inheres directly in the surface, or in the entity that has the surface. For example, to say that a particular fly wing is curved is shorthand for saying the wing has a surface which is curved. |
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002440c obo:PATO_0001359c obo:PATO_0002506c obo:PATO_0002295c obo:PATO_0001367c obo:PATO_0002433c obo:PATO_0001907c obo:PATO_0002427c obo:PATO_0001365c obo:PATO_0001910c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001926 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002305c obo:PATO_0001290c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001927 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002303c obo:PATO_0001290c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001928 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000150c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001929 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001303c |
Restrictions |
pato:towardsop some obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001930c obo:PATO_0001931c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001930 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001929c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001931 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001929c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001932 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000440c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001933 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001934 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000411c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001935 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000411c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001936 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001891c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001937 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000946c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001938 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002317c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001940 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000586c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001941 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000320c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001942 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000320c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001943 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000951c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001944 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000953c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001945c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001945 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001944c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001946 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001533c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001947 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001533c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001948 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002255c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001949 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001419c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001950 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000944c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001974c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001951 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000060c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001952 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001953 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000440c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001954 |
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Super-classes |
obo:PATO_0001199c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001955 |
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Super-classes |
obo:PATO_0001875c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001956 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001303c |
Restrictions |
pato:towardsop some obo:PATO_0000117c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001958c obo:PATO_0001957c obo:PATO_0045077c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001957 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001956c obo:PATO_0002301c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001958 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001956c obo:PATO_0002300c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001959 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002013c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001960 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001961 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002278c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001962 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000405c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001963 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000405c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001964 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000405c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001965 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000405c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001966 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000405c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001967 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000402c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001968 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000402c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001969 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000402c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001970 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000402c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001971 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000402c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001972 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000402c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001973 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001500c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002257c obo:PATO_0005021c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001974 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001950c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001975 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001976c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001976 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002267c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001368c obo:PATO_0001889c obo:PATO_0001206c obo:PATO_0001975c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001977 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002224c obo:PATO_0002439c obo:PATO_0002484c obo:PATO_0002225c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001978 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001979 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002378c obo:PATO_0002241c obo:PATO_0002214c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001980 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001981 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001982 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001500c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001983 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001984 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001985 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000146c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001986 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001536c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001987 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002014c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001988 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002006c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002044c obo:PATO_0002229c obo:PATO_0002317c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001989 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001591c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001990 |
---|---|
Description |
MAH: I think this term should be obsoleted. Is it used? |
Super-classes |
obo:PATO_0001309c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001991 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001992 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001993c obo:PATO_0001994c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001993 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001992c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001994 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001992c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001995 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001241c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000085c obo:PATO_0001992c obo:PATO_0000261c obo:PATO_0001729c obo:PATO_0002541c obo:PATO_0001434c obo:PATO_0000169c obo:PATO_0002048c obo:PATO_0000186c obo:PATO_0040003c obo:PATO_0000047c obo:PATO_0002451c obo:PATO_0000077c obo:PATO_0001046c obo:PATO_0002146c obo:PATO_0000056c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001997 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002301c obo:PATO_0000467c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001998 |
---|---|
Description |
This term was created as a grouping term for the 2 terms "conspicuous" and "inconspicuous". However, it is not clear if these terms should even remain in PATO. |
Super-classes |
obo:PATO_0000068c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000463c obo:PATO_0000464c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001999 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002083c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002000c obo:PATO_0002001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002000 |
---|---|
Description |
Example: [E=organism Q=lacks_all_parts_of_type E2=Wing] - applies to an organism. A relational quality in which the bearer entity has no parts of the specified type. The bearer of this quality has_part = 0 of the indicated entity type, where a comparable organism usually has at least 1 part of the same type. Note that the bearer of the quality is the whole, not the part. Formally: If a bearer entity e lacks all parts of type X at time t, then there exists no instances x of X at t such that x part_of e that has no wings, where wings are normally present in that organism type. In OWL this is equivalent to a restriction on the OBO_REL:has_part relation with cardinality=0, i.e has_part 0 E2. |
Super-classes |
obo:PATO_0001999c |
Restrictions |
pato:reciprocal_ofop some obo:PATO_0000462c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002001 |
---|---|
Description |
Example: [E=hand Q=has_fewer_parts_of_type E2=digit] - applies to an organism that has no less fingers than is normal for organisms of that type. |
Super-classes |
obo:PATO_0001999c obo:PATO_0002303c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002002 |
---|---|
Description |
In polydactyly, the bearer of the quality is the hand, and the entity type being counted is 'finger'. In EQ syntax, E=hand, Q= |
Super-classes |
obo:PATO_0002305c obo:PATO_0002083c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002003 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001241c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001338c obo:PATO_0001415c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002004 |
---|---|
Description |
Consider PATO:0001925 |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002005 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002538c obo:PATO_0001857c obo:PATO_0001355c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002006 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001870c obo:PATO_0040016c obo:PATO_0002509c obo:PATO_0001988c obo:PATO_0002236c obo:PATO_0002318c obo:PATO_0002219c obo:PATO_0002232c obo:PATO_0002397c obo:PATO_0001875c obo:PATO_0000946c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002007 |
---|---|
Description |
Use this term or an is_a child of this term when the entire shape of the object is known. |
Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
Restrictions |
pato:has_cross_sectionop some obo:PATO_0002006c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001357c obo:PATO_0002357c obo:PATO_0001865c obo:PATO_0002021c obo:PATO_0002345c obo:PATO_0005002c obo:PATO_0001409c obo:PATO_0002087c obo:PATO_0001873c obo:PATO_0001872c obo:PATO_0005000c obo:PATO_0002240c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002008 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0001857c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002346c obo:PATO_0001882c obo:PATO_0002375c obo:PATO_0001876c obo:PATO_0002208c obo:PATO_0001871c obo:PATO_0015020c obo:PATO_0001883c obo:PATO_0015019c obo:PATO_0002239c obo:PATO_0001879c obo:PATO_0002161c obo:PATO_0040015c obo:PATO_0000948c obo:PATO_0002510c obo:PATO_0002213c obo:PATO_0002227c obo:PATO_0001890c obo:PATO_0002022c obo:PATO_0040009c obo:PATO_0002447c obo:PATO_0002386c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002009 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000402c obo:PATO_0000414c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002010 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000150c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002011 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002132c obo:PATO_0002097c obo:PATO_0002129c obo:PATO_0002473c obo:PATO_0002096c obo:PATO_0002098c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002012 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000150c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001370c obo:PATO_0001606c |
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Terms were requested by the OBI consortium but it was later decided that the term was not reflecting a quality rather what it might be refered to as a "conferred quality". |
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Description |
This term is also used in reference to the operation of the muscle in anatomy or musculature. |
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Description |
Adapted from Wikipedia and the birnlex term that is dbxref'd. Added on behalf of OBI at March 2010 workshop. |
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Description |
Capacitance is also a measure of the amount of electrical energy stored (or separated) for a given electric potential. |
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Description |
For example loss of myelin sheath from a normally myelinated axon or dendrite. |
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Restrictions |
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Description |
Becoming flat but not necessarily completely flat. |
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Description |
Setose as a label is used extensively to describe insect phenotypes that have hairy-like appearances (i.e., they are covered in setae, not the hairs of mammals). A bristle is a type of seta. |
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Description |
For example, structures undergoing endochondral ossification change in composition from cartilaginous to ossified. |
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obo:PATO_0000069c |
Restrictions |
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Description |
Note that a fiber shaped object may take any circuitous or straight path through space (think of a length of string or rope). |
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Acinus is Latin for berry. |
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The word "torsion" has multiple different meanings in different context (e.g. the act of twisting or the morphology of the digestive tract in gastropods). This term refers purely to the resulting shape and is not to be used in the engineering and mechanics sense of torsion. Note: kinked PATO:0001798(synonym twisted) is similar to 'torsioned', but it is different in that something that is kinked has sharp twists or turns. |
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obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002536 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0000057c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000068c |
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Super-classes |
obo:PATO_0002007c |
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Super-classes |
obo:PATO_0001303c |
Restrictions |
pato:towardsop some obo:PATO_0000070c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005002 |
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Super-classes |
obo:PATO_0002007c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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Super-classes |
obo:PATO_0002318c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005007 |
---|---|
Description |
Need to include axiom: hypsodont inheres_in some ('tooth crown' and bearer_of 'increased height'). |
Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005008 |
---|---|
Description |
Need to include axiom: brachydont inheres_in some ('tooth crown' and bearer_of 'decreased height'). |
Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005009 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
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Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
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Super-classes |
obo:PATO_0001865c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000117c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005017 |
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Super-classes |
obo:PATO_0002254c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005018 |
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Super-classes |
obo:PATO_0002254c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005019 |
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Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005020 |
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Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005021 |
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Super-classes |
obo:PATO_0001973c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005022 |
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Super-classes |
obo:PATO_0001334c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005023 |
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Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0005024 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010000 |
---|---|
Description |
What counts as maximally connected may be relative to some specification of granularity. |
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010001 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010002 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
Sub-classes |
obo:PATO_0010003c obo:PATO_0010004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010003 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0010002c obo:PATO_0002304c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010004 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0010002c obo:PATO_0002302c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010005 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
Sub-classes |
obo:PATO_0055002c obo:PATO_0055001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010006 |
---|---|
Description |
Use this term for morphologies that can only inhere in a cell, e.g. morphological qualities inhering in a cell by virtue of the presence, location or shape of one or more cell parts. |
Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
Sub-classes |
obo:PATO_0070012c obo:PATO_0070006c obo:PATO_0070011c obo:PATO_0070026c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015001 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000462c obo:PATO_0000639c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015002 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
Sub-classes |
obo:PATO_0015003c obo:PATO_0015004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015003 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0015002c obo:PATO_0002302c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015004 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0015002c obo:PATO_0002304c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015005 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0000404c obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0002212c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015006 |
---|---|
Description |
A complete coverage of this domain would subclasses homopolymeric, copolymeric, crystalline. |
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015007 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
Sub-classes |
obo:PATO_0001482c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015008 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002468c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015009 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001547c |
Sub-classes |
obo:PATO_0015011c obo:PATO_0015010c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015010 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0015009c obo:PATO_0002305c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015011 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0015009c obo:PATO_0002303c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015012 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001547c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015013 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001291c |
Sub-classes |
obo:PATO_0015014c obo:PATO_0015015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015014 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0015013c obo:PATO_0002305c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015015 |
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Super-classes |
obo:PATO_0015013c obo:PATO_0002303c |
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Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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Super-classes |
obo:PATO_0002198c |
Sub-classes |
obo:PATO_0015018c |
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Super-classes |
obo:PATO_0015017c |
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Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015020 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015021 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0015022c obo:PATO_0015023c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015022 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002305c obo:PATO_0015021c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015023 |
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Super-classes |
obo:PATO_0002303c obo:PATO_0015021c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015024 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000973c obo:PATO_0002305c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015025 |
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Super-classes |
obo:PATO_0000973c obo:PATO_0002303c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015026 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
Sub-classes |
obo:PATO_0015027c obo:PATO_0015028c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015027 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0015026c obo:PATO_0002305c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015028 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002303c obo:PATO_0015026c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015029 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002198c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015030 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0020000 |
---|---|
Description |
Note that the chromosomal constitution of genotypic sex varies in different organisms. In human, we have XY, XX, though abnormal XXY, X0, XYY, and other combinations are possible. |
Super-classes |
obo:PATO_0000047c |
Sub-classes |
obo:PATO_0020002c obo:PATO_0020001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0020001 |
---|---|
Description |
Note that the chromosomal constitution of genotypic sex varies in different organisms. In human, this would be XY, though abnormal XXY and XYY would also result in a male phenotypic outcome. |
Super-classes |
obo:PATO_0020000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0020002 |
---|---|
Description |
Note that the chromosomal constitution of genotypic sex varies in different organisms. In human, this would be XX, though abnormal X0 and XXX would also result in a female phenotypic outcome. |
Super-classes |
obo:PATO_0020000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0025000 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
Sub-classes |
obo:PATO_0025002c obo:PATO_0025001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0025001 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0025000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0025002 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0025000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030000 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000615c obo:PATO_0030004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030001 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
Sub-classes |
obo:PATO_0030005c obo:PATO_0000620c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030002 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000630c obo:PATO_0030006c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030003 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
Sub-classes |
obo:PATO_0000636c obo:PATO_0030007c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030004 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0030000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030005 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0030001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030006 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0030002c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030007 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0030003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040000 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000625c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040002 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040003 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040004 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000150c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040005 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040006 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040007 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040008 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002267c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040009 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040010 |
---|---|
Description |
For example, distinct anteroposterior mobility of palatine relative to mesethmoid. |
Super-classes |
obo:PATO_0000004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040011 |
---|---|
Description |
For example: distinct anteroposterior immobility of palatine relative to mesethmoid. |
Super-classes |
obo:PATO_0000004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040012 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040013 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040014 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040015 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040016 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002006c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040017 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001433c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040019 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040020 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000383c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040021 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000467c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040022 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040023 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040024 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000467c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040025 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040026 |
---|---|
Description |
This term is intended for use for terms such as MP:0010461 discontinuous pulmonary artery and MP:0004157 interrupted aortic arch. |
Super-classes |
obo:PATO_0001241c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040027 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001393c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040028 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001434c |
Sub-classes |
obo:PATO_0002371c obo:PATO_0002369c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040029 |
---|---|
Description |
Shaded does not refer to radiation more generally, as this would be more shielded than shaded. |
Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040030 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000599c obo:PATO_0000574c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040031 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0000600c obo:PATO_0000573c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040032 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002304c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040033 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002302c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040034 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001444c |
Sub-classes |
obo:PATO_0040040c obo:PATO_0040035c obo:PATO_0040037c obo:PATO_0040036c obo:PATO_0040039c obo:PATO_0040041c obo:PATO_0040038c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040035 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0040034c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040036 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0040034c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040037 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0040034c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040038 |
---|---|
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Example: increased proportion of CD4 T cells relative to total T cells. |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0065002 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0002248c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070001 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0070026c |
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---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0070026c |
Sub-classes |
obo:PATO_0070004c obo:PATO_0070005c obo:PATO_0070003c |
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Super-classes |
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---|---|
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Description |
Chandelier cells can be bitufted or multipolar. |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070012 |
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Super-classes |
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Super-classes |
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---|---|
Super-classes |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070019 |
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Super-classes |
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Super-classes |
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---|---|
Super-classes |
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URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070026 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0010006c |
Sub-classes |
obo:PATO_0070007c obo:PATO_0070010c obo:PATO_0070013c obo:PATO_0070002c obo:PATO_0070001c obo:PATO_0070015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0085001 |
---|---|
Super-classes |
obo:PATO_0001655c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000050 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002131op |
Inverse properties | obo:BFO_0000051op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000051 |
---|---|
Description |
We use the has_part relation to relate complex qualities to more primitive ones. A complex quality is a collection of qualities. The complex quality cannot exist without the sub-qualities. For example, the quality 'swollen' necessarily comes with the qualities of 'protruding' and 'increased size'. |
Super-properties | obo:RO_0002131op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000062 |
---|---|
Source | http://www.obofoundry.org/ro/#OBO_REL:preceded_by |
Super-properties | obo:RO_0002086op |
Inverse properties | obo:BFO_0000063op |
Domain(s) | obo:BFO_0000003c |
Range(s) | obo:BFO_0000003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000063 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002222op |
Domain(s) | obo:BFO_0000003c |
Range(s) | obo:BFO_0000003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000066 |
---|---|
Is Defined By | http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl |
Description |
Paraphrase of definition: a relation between a process and an independent continuant, in which the process takes place entirely within the independent continuant |
Inverse properties | obo:BFO_0000067op |
Domain(s) | obo:BFO_0000003c |
Range(s) | obo:BFO_0000004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000067 |
---|---|
Is Defined By | http://purl.obolibrary.org/obo/bfo.owl |
Description |
Paraphrase of definition: a relation between an independent continuant and a process, in which the process takes place entirely within the independent continuant |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000052 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002314op |
Inverse properties | obo:RO_0000053op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000053 |
---|---|
Range(s) | obo:BFO_0000020c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000056 |
---|---|
Inverse properties | obo:RO_0000057op |
Domain(s) | obo:BFO_0000002c |
Range(s) | obo:BFO_0000003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000057 |
---|---|
Source | http://www.obofoundry.org/ro/#OBO_REL:has_participant |
Domain(s) | obo:BFO_0000003c |
Range(s) | obo:BFO_0000002c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002013 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002334op obo:RO_0002017op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002014 |
---|---|
Description |
By convention GO molecular functions are classified by their effector function. Internal regulatory functions are treated as components. For example, NMDA glutmate receptor activity is a cation channel activity with positive regulatory component 'glutamate binding' and negative regulatory components including 'zinc binding' and 'magnesium binding'. |
Super-properties | obo:RO_0002013op obo:RO_0002335op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002015 |
---|---|
Description |
By convention GO molecular functions are classified by their effector function and internal regulatory functions are treated as components. So, for example calmodulin has a protein binding activity that has positive regulatory component activity calcium binding activity. Receptor tyrosine kinase activity is a tyrosine kinase activity that has positive regulatory component 'ligand binding'. |
Super-properties | obo:RO_0002336op obo:RO_0002013op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002017 |
---|---|
Description |
A 'has component activity' B if A is A and B are molecular functions (GO_0003674) and A has_component B. |
Super-properties | obo:RO_0002018op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002018 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002180op |
Domain(s) | obo:BFO_0000015c |
Range(s) | obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002022 |
---|---|
Description |
Process(P2) is directly regulated by process(P1) iff: P1 regulates P2 via direct physical interaction between an agent executing P1 (or some part of P1) and an agent executing P2 (or some part of P2). For example, if protein A has protein binding activity(P1) that targets protein B and this binding regulates the kinase activity (P2) of protein B then P1 directly regulates P2. |
Super-properties | obo:RO_0002334op |
Inverse properties | obo:RO_0002578op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002023 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002022op |
Inverse properties | obo:RO_0002630op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002024 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002022op |
Inverse properties | obo:RO_0002629op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002025 |
---|---|
Description |
This relation is designed for constructing compound molecular functions, typically in combination with one or more regulatory component activity relations. |
Super-properties | obo:RO_0002017op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002086 |
---|---|
Description |
X ends_after Y iff: end(Y) before_or_simultaneous_with end(X) |
Super-properties | obo:RO_0002222op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002087 |
---|---|
Description |
X immediately_preceded_by Y iff: end(X) simultaneous_with start(Y) |
Super-properties | obo:BFO_0000062op |
Inverse properties | obo:RO_0002090op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002090 |
---|---|
Description |
X immediately_precedes_Y iff: end(X) simultaneous_with start(Y) |
Super-properties | obo:BFO_0000063op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002131 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002323op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002180 |
---|---|
Super-properties | obo:BFO_0000051op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002202 |
---|---|
Description |
This is the transitive form of the develops from relation |
Super-properties | obo:RO_0002258op |
Inverse properties | obo:RO_0002203op |
Domain(s) | obo:BFO_0000004c |
Range(s) | obo:BFO_0000004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002203 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002388op obo:RO_0002387op obo:RO_0002286op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002211 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002411op |
Inverse properties | obo:RO_0002334op |
Domain(s) | obo:BFO_0000015c |
Range(s) | obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002212 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002211op obo:RO_0002305op |
Inverse properties | obo:RO_0002335op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002213 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002211op obo:RO_0002304op |
Inverse properties | obo:RO_0002336op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002215 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002216op |
Domain(s) | obo:BFO_0000004c |
Range(s) | obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002216 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002500op obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002233 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0000057op |
Inverse properties | obo:RO_0002352op |
Domain(s) | obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002254 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002258op |
Inverse properties | obo:RO_0002255op |
Domain(s) | obo:CARO_0000000c |
Range(s) | obo:CARO_0000000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002255 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002286op obo:RO_0002385op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002258 |
---|---|
Description |
This relation groups together various other developmental relations. It is fairly generic, encompassing induction, developmental contribution and direct and transitive develops from |
Super-properties | obo:RO_0002324op |
Inverse properties | obo:RO_0002286op |
Domain(s) | obo:BFO_0000002c |
Range(s) | obo:BFO_0000002c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002263 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002264op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002264 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002500op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002286 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002384op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002304 |
---|---|
Description |
holds between x and y if and only if x is causally upstream of y and the progression of x increases the frequency, rate or extent of y |
Super-properties | obo:RO_0004047op obo:RO_0002411op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002305 |
---|---|
Description |
holds between x and y if and only if x is causally upstream of y and the progression of x decreases the frequency, rate or extent of y |
Super-properties | obo:RO_0002411op obo:RO_0004046op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002314 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002502op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002327 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002215op |
Inverse properties | obo:RO_0002333op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002329 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002331 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002431op obo:RO_0000056op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002333 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0000057op obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002334 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002427op |
Domain(s) | obo:BFO_0000015c |
Range(s) | obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002335 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002334op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002336 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002334op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002352 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0000056op obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002384 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002324op |
Domain(s) | obo:CARO_0000000c |
Range(s) | obo:CARO_0000000c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002385 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002384op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002387 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002384op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002388 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002387op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002404 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002427op obo:BFO_0000062op |
Inverse properties | obo:RO_0002411op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002405 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002087op obo:RO_0002404op |
Inverse properties | obo:RO_0002412op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002411 |
---|---|
Super-properties | obo:BFO_0000063op obo:RO_0002418op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002412 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002411op obo:RO_0002090op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002418 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002501op |
Inverse properties | obo:RO_0002427op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002427 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002501op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002428 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002263op obo:RO_0002431op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002429 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002428op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002430 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002428op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002431 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002264op obo:RO_0002500op obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002432 |
---|---|
Description | |
Super-properties | obo:RO_0002131op obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002434 |
---|---|
Domain(s) | obo:BFO_0000040c |
Range(s) | obo:BFO_0000040c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002436 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002434op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002447 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002436op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002448 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0011002op obo:RO_0002436op |
Domain(s) | obo:BFO_0000040c |
Range(s) | obo:BFO_0000040c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002449 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002448op |
Domain(s) | obo:BFO_0000040c |
Range(s) | obo:BFO_0000040c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002450 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002448op |
Domain(s) | obo:BFO_0000040c |
Range(s) | obo:BFO_0000040c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002479 |
---|---|
Domain(s) | obo:BFO_0000003c |
Range(s) | obo:BFO_0000004c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002481 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002564op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002500 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002595op |
Inverse properties | obo:RO_0002608op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002501 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002410op |
Domain(s) | obo:BFO_0000003c |
Range(s) | obo:BFO_0000003c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002506 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002410op |
Domain(s) | obo:BFO_0000002c |
Range(s) | obo:BFO_0000002c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002559 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002506op |
Inverse properties | obo:RO_0002566op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002563 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002464op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002564 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002563op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002566 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002506op |
Domain(s) | obo:BFO_0000002c |
Range(s) | obo:BFO_0000002c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002578 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002412op obo:RO_0002211op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002584 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002328op obo:RO_0002595op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002595 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002410op |
Domain(s) | obo:BFO_0000040c |
Range(s) | obo:BFO_0000015c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002596 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002500op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002597 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002596op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002598 |
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Super-properties | obo:RO_0002596op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002608 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002410op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002629 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002213op obo:RO_0002578op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002630 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002578op obo:RO_0002212op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004031 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002328op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004032 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002264op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004033 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002264op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004034 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0004032op obo:RO_0002263op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004035 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0004033op obo:RO_0002263op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004046 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002418op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0004047 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002418op |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0011002 |
---|---|
Super-properties | obo:RO_0002566op |
Domain(s) | obo:BFO_0000040c |
Range(s) | obo:BFO_0000040c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#decreased_in_magnitude_relative_to |
---|---|
Description |
This relation is used to determine the 'directionality' of relative qualities such as 'decreased strength', relative to the parent type, 'strength'. |
Super-properties | pato:different_in_magnitude_relative_toop |
Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#different_in_magnitude_relative_to |
---|---|
Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#directly_associated_with |
---|---|
Description |
Example: 'Lewy bodies increased number related to dystrophic neurite increased number' (from annotation of PMID:8740227 in http://ccdb.ucsd.edu/1.0/NDPO.owl#ndpo_404). Here the increase in the number of lewy bodies is directly_associated_with the increase in the number of dystrophic neurites. Association is weaker than correlation or proportionality. These relations may be later added to PATO. |
Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_cross_section |
---|---|
Description |
Example: a spherical object has the quality of being spherical, and the spherical quality has_cross_section round. |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_dividend_entity |
---|---|
Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_dividend_quality |
---|---|
Super-properties | pato:has_ratio_qualityop |
Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_divisor_entity |
---|---|
Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_divisor_quality |
---|---|
Super-properties | pato:has_ratio_qualityop |
Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_ratio_quality |
---|---|
Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#increased_in_magnitude_relative_to |
---|---|
Description |
This relation is used to determine the 'directionality' of relative qualities such as 'increased strength', relative to the parent type, 'strength'. |
Super-properties | pato:different_in_magnitude_relative_toop |
Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#inversely_associated_with |
---|---|
Description |
Association is weaker than correlation or proportionality. These relations may be later added to PATO. |
Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#reciprocal_of |
---|---|
Description |
There are frequently two ways to state the same thing: we can say 'spermatocyte lacks asters' or 'asters absent from spermatocyte'. In this case the quality is 'lacking all parts of type' - it is a (relational) quality of the spermatocyte, and it is with respect to instances of 'aster'. One of the popular requirements of PATO is that it continue to support 'absent', so we need to relate statements which use this quality to the 'lacking all parts of type' quality. |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#similar_in_magnitude_relative_to |
---|---|
Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
Range(s) | obo:PATO_0000001c |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#singly_occurring_form_of |
---|---|
Description |
PATO divides qualities between normal (monadic, singly-occurring) qualities and relational qualities. Relational qualities stand in the 'towards' relation with respect to some additional entity. For example, The sensitivity of an eye towards red light. In some cases we want to represent a quality such as 'protruding' in both monadic and relational branches. We use this relation to link them. |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002259 |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0002582 |
---|
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#gocheck_do_not_annotate |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#gocheck_do_not_manually_annotate |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_agr |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_aspergillus |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_candida |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_chembl |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_drosophila |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_flybase_ribbon |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_generic |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_metagenomics |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_mouse |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_pir |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_plant |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_pombe |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/go#goslim_yeast |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#abnormal_slim |
---|---|
Description |
Abnormal/normal slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#absent_slim |
---|---|
Description |
Absent/present slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#attribute_slim |
---|---|
Description |
Attribute slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#cell_quality |
---|---|
Description |
cell_quality |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#disposition_slim |
---|---|
Description |
Disposition slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#hpo_slim |
---|---|
Description |
Human phenotype slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#mpath_slim |
---|---|
Description |
Pathology slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#relational_slim |
---|---|
Description |
Relational slim: types of quality that require an additional entity in order to exist |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#scalar_slim |
---|---|
Description |
Scalar slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#value_slim |
---|---|
Description |
Value slim |
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/ro/subsets#ro-eco |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/valid_for_go_annotation_extension |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/valid_for_go_gp2term |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/valid_for_go_ontology |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
URI | http://purl.obolibrary.org/obo/valid_for_gocam |
---|---|
Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
http://purl.obolibrary.org/obo/pato.owl
http://purl.org/dc/elements/1.1/
http://xmlns.com/foaf/0.1/
http://purl.obolibrary.org/obo/go#
http://purl.obolibrary.org/obo/
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#
http://www.w3.org/2002/07/owl#
http://purl.obolibrary.org/obo/pato#
http://www.w3.org/ns/prov#
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#
https://schema.org/
http://www.w3.org/2004/02/skos/core#
http://purl.obolibrary.org/obo/ro/subsets#
http://www.w3.org/2003/11/swrl#
http://swrl.stanford.edu/ontologies/3.3/swrla.owl#
http://www.w3.org/2003/11/swrlb#
http://purl.org/dc/terms/
http://www.w3.org/2001/XMLSchema#
c | Classes |
op | Object Properties |
fp | Functional Properties |
dp | Data Properties |
dp | Annotation Properties |
p | Properties |
ni | Named Individuals |