http://purl.obolibrary.org/obo/pato/pato-base.owlAn ontology of phenotypic qualities (properties, attributes or characteristics).
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000004 |
|---|---|
| Description |
Should be defined using translocation. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000300c obo:PATO_0040011c obo:PATO_0000299c obo:PATO_0040010c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000008 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001906c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000303c obo:PATO_0000304c obo:PATO_0001522c obo:PATO_0045063c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000011 |
|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
obo:PATO_0001765c obo:PATO_0000308c obo:PATO_0001764c obo:PATO_0001486c obo:PATO_0045005c obo:PATO_0001487c obo:PATO_0000309c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000014 |
|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
obo:PATO_0000320c obo:PATO_0000319c obo:PATO_0000952c obo:PATO_0000950c obo:PATO_0000324c obo:PATO_0000317c obo:PATO_0000336c obo:PATO_0000318c obo:PATO_0000323c obo:PATO_0000951c obo:PATO_0001424c obo:PATO_0000321c obo:PATO_0001425c obo:PATO_0000953c obo:PATO_0000322c obo:PATO_0001302c obo:PATO_0001426c |
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|---|---|
| Super-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000016 |
|---|---|
| Description |
Color brightness refers to the intensity, lightness or value of the light present. Think of this as a dimmer switch. |
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000017 |
|---|---|
| Description |
Color saturation refers to the amount of white light or gray paint mixed in with the hue (single wavelength) and is a measure of color purity. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001301c |
| Sub-classes |
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|---|---|
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Description |
Needs redefined or obsoleted. Is this the same as genetic incompatibility? Moved to organismal quality. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000186c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000345c obo:PATO_0000344c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000025 |
|---|---|
| Description |
For example calcium composition (which may inhere in bone), haemoglobin composition (which may inhere in blood). |
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
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|---|---|
| Description |
TODO: consider merging with angular placement. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001901c obo:PATO_0000366c obo:PATO_0000365c obo:PATO_0000367c obo:PATO_0000370c obo:PATO_0001902c obo:PATO_0045090c obo:PATO_0001900c obo:PATO_0001904c obo:PATO_0001903c |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0050000c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000380c obo:PATO_0001520c obo:PATO_0045087c obo:PATO_0000381c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001894c obo:PATO_0020000c obo:PATO_0001895c |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000165c |
| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
obo:PATO_0000423c obo:PATO_0000422c |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001208c obo:PATO_0001331c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002403c obo:PATO_0001566c obo:PATO_0000965c obo:PATO_0000627c obo:PATO_0001854c obo:PATO_0000440c obo:PATO_0001791c obo:PATO_0002067c obo:PATO_0000633c obo:PATO_0001609c obo:PATO_0002175c obo:PATO_0000634c obo:PATO_0002401c obo:PATO_0000019c obo:PATO_0001951c obo:PATO_0002404c obo:PATO_0001567c obo:PATO_0000635c obo:PATO_0000330c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001530c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001700c obo:PATO_0001699c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000066 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000150c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000453c obo:PATO_0000454c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000068 |
|---|---|
| Description |
TODO: define this or obsolete it and move children somewhere else. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000001c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002632c obo:PATO_0002016c obo:PATO_0000070c obo:PATO_0000049c obo:PATO_0000461c obo:PATO_0001998c obo:PATO_0000069c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000069 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000068c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002300c obo:PATO_0002301c obo:PATO_0000460c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000070 |
|---|---|
| Description |
This term was originally named "presence". It has been renamed to reduce ambiguity. Consider annotating with the reciprocal relation,PATO:0001555, has_number_of. For example, rather than E=fin ray Q=count in organism C=10, say E=organism Q=has number of E2= fin ray C=10. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000068c |
| Restrictions |
pato:reciprocal_ofop some obo:PATO_0001555c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000467c obo:PATO_0000462c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000077 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000488c obo:PATO_0000487c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000078 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002323c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000082c obo:PATO_0001845c obo:PATO_0000505c obo:PATO_0000504c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000080 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001521c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000078c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002323c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000500c obo:PATO_0001773c obo:PATO_0001774c obo:PATO_0000501c obo:PATO_0000503c obo:PATO_0001542c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
| Sub-classes |
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|---|
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|---|
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|---|
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000117 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000119 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001708c |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000122 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001708c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002390c obo:PATO_0045054c obo:PATO_0000573c obo:PATO_0000574c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000125 |
|---|---|
| Description |
For any biological use of PATO, the concept that should be used is 'mass' and not 'weight'. For example, increased weight of an organism. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001563c obo:PATO_0045030c obo:PATO_0001681c obo:PATO_0001562c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000128 |
|---|---|
| Description |
For any biological use of PATO, the concept that should be used is 'mass' and not 'weight'. For example, increased weight of an organism. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001035c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000582c obo:PATO_0000583c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000133 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002492c obo:PATO_0002494c obo:PATO_0002496c obo:PATO_0002524c obo:PATO_0002526c obo:PATO_0002502c obo:PATO_0002490c obo:PATO_0002501c obo:PATO_0002481c obo:PATO_0040013c obo:PATO_0002497c obo:PATO_0040023c obo:PATO_0002527c obo:PATO_0002503c obo:PATO_0040005c obo:PATO_0002500c obo:PATO_0002168c obo:PATO_0002448c obo:PATO_0002499c obo:PATO_0002493c obo:PATO_0002514c obo:PATO_0005024c obo:PATO_0002326c obo:PATO_0005023c obo:PATO_0002498c obo:PATO_0002504c obo:PATO_0002491c obo:PATO_0002495c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000136 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000608c obo:PATO_0000610c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000144 |
|---|---|
| Description |
This term was made obsolete because it is not a quality. To update annotations, consider the following term 'quality of a solid; 'PATO:0001546' |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000145 |
|---|---|
| Description |
This term was made obsolete because it is not a quality. To update annotations, consider the following term 'quality of a liquid; PATO:0001548 ' |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000146 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001306c obo:PATO_0001985c obo:PATO_0001305c obo:PATO_0045067c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000150 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002296c obo:PATO_0001805c obo:PATO_0002010c obo:PATO_0002012c obo:PATO_0002294c obo:PATO_0040004c obo:PATO_0000700c obo:PATO_0001928c obo:PATO_0001804c obo:PATO_0002255c obo:PATO_0000066c obo:PATO_0000701c obo:PATO_0001849c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000152 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000085c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000708c obo:PATO_0000706c obo:PATO_0045069c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000161 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0050000c obo:PATO_0045000c obo:PATO_0000911c obo:PATO_0000912c obo:PATO_0050001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000165 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000011c obo:PATO_0000050c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000169 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001422c obo:PATO_0000719c obo:PATO_0001991c obo:PATO_0000718c obo:PATO_0001432c obo:PATO_0001770c obo:PATO_0001768c obo:PATO_0001497c obo:PATO_0001421c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000185 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000186c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000757c obo:PATO_0000758c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000186 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
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obo:PATO_0000188c obo:PATO_0000764c obo:PATO_0002265c obo:PATO_0002201c obo:PATO_0001719c obo:PATO_0000189c obo:PATO_0000185c obo:PATO_0002076c obo:PATO_0000021c obo:PATO_0000759c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000187 |
|---|---|
| Description |
Use GO:0007631 |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0000188 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000186c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000770c obo:PATO_0000769c |
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similar pattern in both halves |
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Typically used for light, but also applied to full EM spectrum. |
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| Description |
TODO: obsolete? I don't know what this means. |
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|---|---|
| Description |
TODO: decide on correct parentage. |
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|---|---|
| Description |
Unknown is not a type of sex. |
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|---|---|
| Description |
For example a mixture of females and male or males and hermaphrodites. |
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| Super-classes |
obo:PATO_0001385c |
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|---|---|
| Description |
For diploid organisms, such as humans, it is the normal condition, whilst for organisms that are normally triploid or above, disomy is an aneuploidy. |
| Super-classes |
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|---|---|
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| Sub-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001394 |
|---|---|
| Description |
The exact number may be one or two different from the 2n number and still be classified as diploidy (although with aneuploidy). Nearly all mammals are diploid organisms, although all individuals have some small fraction of cells that are polyploidy. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001393c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001395c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001395 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001394c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001396 |
|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
obo:PATO_0002102c obo:PATO_0001374c obo:PATO_0001488c obo:PATO_0001404c obo:PATO_0001408c obo:PATO_0001397c obo:PATO_0001531c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001397 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001396c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001400c obo:PATO_0001403c obo:PATO_0001402c obo:PATO_0001401c obo:PATO_0002101c obo:PATO_0002100c obo:PATO_0002099c obo:PATO_0001399c |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Description |
Unipotent cells have the quality of self-renewal which distinguishes them from non-stem cells. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001397c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001401 |
|---|---|
| Description |
Less potent than multipotent, often thought of as precursor or progenitor cell status. |
| Super-classes |
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001842c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001842c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001429c obo:PATO_0001430c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001429 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001428c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001428c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001431 |
|---|---|
| Description |
The definition is general enough to cover adhesion arising from different kinds of chemical bonding/forces, although for PATO this term will most commonly used for cellular adhesion. See also GO:0031589 "cell-substrate adhesion". |
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001531c obo:PATO_0002332c obo:PATO_0002331c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001432 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001433 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001490c obo:PATO_0040017c obo:PATO_0002019c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001434 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000273c obo:PATO_0000274c obo:PATO_0002370c obo:PATO_0040028c obo:PATO_0001496c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001435 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001667c obo:PATO_0001436c obo:PATO_0001453c obo:PATO_0001437c obo:PATO_0001438c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001436 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001437 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001439 |
|---|---|
| Description |
TODO: we need a clearer differentium between this and contractility - or merge? |
| Super-classes |
obo:PATO_0001579c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001619c obo:PATO_0001813c obo:PATO_0001814c obo:PATO_0001618c obo:PATO_0045071c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001440 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001531c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001441 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001531c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001442 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0040047c obo:PATO_0001444c obo:PATO_0001446c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001444 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001442c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0040034c obo:PATO_0001445c obo:PATO_0002081c obo:PATO_0002082c obo:PATO_0002080c obo:PATO_0040044c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001445 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001444c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001442c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001447 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001448c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001448 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001447c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002480c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001449 |
|---|---|
| Description |
Cartilage is a type of dense connective tissue. It is composed of specialized cells called chondrocytes (CL:0000138) that produce a large amount of extracellular matrix composed of collagen fibers, abundant ground substance rich in proteoglycan, and elastin fibers. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001450 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001853c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001453 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001435c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001454 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000085c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001456c obo:PATO_0001455c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001455 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001454c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001456 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001454c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001457 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001551c obo:PATO_0001552c obo:PATO_0001458c obo:PATO_0045088c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001458 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001457c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001459c obo:PATO_0001460c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001459 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001458c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001553c obo:PATO_0001554c obo:PATO_0045089c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001460 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001458c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001461 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001464c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001463 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001464c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001464 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001462c obo:PATO_0001463c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001465 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001466 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001467 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001468 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001469 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001470 |
|---|---|
| Description |
Examples: height to weight; brain size to body size. These could all be children of proportionality. Proportions can be measured as ratios. Some measures may be dimensionless. Not all ratios measure proportionality, eg m/s measures velocity which is not a proportion in the sense defined above, it is a quality in its own right. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0040042c obo:PATO_0040043c |
| In domain of |
pato:has_ratio_qualityop pato:has_dividend_entityop pato:has_divisor_entityop pato:has_divisor_qualityop pato:has_dividend_qualityop |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001472 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001595c obo:PATO_0000587c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001473 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000470c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001474 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000614c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001475 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002305c obo:PATO_0000140c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001688c obo:PATO_0002327c obo:PATO_0001671c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001476 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002303c obo:PATO_0000140c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001689c obo:PATO_0002328c obo:PATO_0001672c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001477 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001478 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001480 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0000982c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001481 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002143c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001482 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0015007c obo:PATO_0001598c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001483 |
|---|---|
| Description |
With aplasia, the primordium or precursor develops, but does not proceed in its development to a mature structure |
| Super-classes |
obo:PATO_0002290c obo:PATO_0002291c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001484 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002325c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001485 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001486 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000011c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001487 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000011c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001488 |
|---|---|
| Description |
Term should be obsoleted and the GO term cellular motility should be used instead. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001396c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002297c obo:PATO_0045008c obo:PATO_0002298c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001490 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001433c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001752c obo:PATO_0001749c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001491 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001749c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001492 |
|---|---|
| Description |
This term will be obsoleted; Use GO:growth and PATO:rate. |
| Super-classes |
obo:PATO_0050001c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001494c obo:PATO_0001493c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001493 |
|---|---|
| Description |
This term will be obsoleted; Use GO:growth and PATO:rate. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001492c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001494 |
|---|---|
| Description |
This term will be obsoleted; Use GO:growth and PATO:rate. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001492c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001495 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001857c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002234c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001496 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001434c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000276c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001497 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000169c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001499 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001865c |
| Restrictions |
pato:has_cross_sectionop some obo:PATO_0000411c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001500 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001419c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002235c obo:PATO_0001982c obo:PATO_0002228c obo:PATO_0001973c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001501 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000261c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001502 |
|---|---|
| Description |
TODO: obsolete this. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001504c obo:PATO_0001503c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001503 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001502c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001504 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001502c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001505 |
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GO has now relevant relation terms which should be used instead. |
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Obsoleted because it used to be a child of behavioral quality, which really meant increased magnitude of a given behavior. Now this can be done by using increased magnitude with another quality. |
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| Description |
This term and children should probably be obsoleted. |
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pato:has_cross_sectionop some obo:PATO_0000411c |
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| Description |
This quality either inheres directly in the surface, or in the entity that has the surface. For example, to say that a particular fly wing is curved is shorthand for saying the wing has a surface which is curved. |
| Super-classes |
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| Description |
MAH: I think this term should be obsoleted. Is it used? |
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|---|---|
| Description |
This term was created as a grouping term for the 2 terms "conspicuous" and "inconspicuous". However, it is not clear if these terms should even remain in PATO. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000068c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000464c obo:PATO_0000463c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0001999 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002083c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002000c obo:PATO_0002001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002000 |
|---|---|
| Description |
Example: [E=organism Q=lacks_all_parts_of_type E2=Wing] - applies to an organism. A relational quality in which the bearer entity has no parts of the specified type. The bearer of this quality has_part = 0 of the indicated entity type, where a comparable organism usually has at least 1 part of the same type. Note that the bearer of the quality is the whole, not the part. Formally: If a bearer entity e lacks all parts of type X at time t, then there exists no instances x of X at t such that x part_of e that has no wings, where wings are normally present in that organism type. In OWL this is equivalent to a restriction on the OBO_REL:has_part relation with cardinality=0, i.e has_part 0 E2. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001999c |
| Restrictions |
pato:reciprocal_ofop some obo:PATO_0000462c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002001 |
|---|---|
| Description |
Example: [E=hand Q=has_fewer_parts_of_type E2=digit] - applies to an organism that has no less fingers than is normal for organisms of that type. |
| Super-classes |
obo:PATO_0002303c obo:PATO_0001999c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002002 |
|---|---|
| Description |
In polydactyly, the bearer of the quality is the hand, and the entity type being counted is 'finger'. In EQ syntax, E=hand, Q= |
| Super-classes |
obo:PATO_0002305c obo:PATO_0002083c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002003 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001241c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001415c obo:PATO_0001338c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002004 |
|---|---|
| Description |
Consider PATO:0001925 |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002005 |
|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
obo:PATO_0001857c obo:PATO_0002538c obo:PATO_0001355c |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Sub-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002007 |
|---|---|
| Description |
Use this term or an is_a child of this term when the entire shape of the object is known. |
| Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
| Restrictions |
pato:has_cross_sectionop some obo:PATO_0002006c |
| Sub-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002008 |
|---|---|
| Super-classes |
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| Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0001857c |
| Sub-classes |
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|---|---|
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| Sub-classes |
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
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|---|---|
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| Restrictions |
pato:reciprocal_ofop some obo:PATO_0001905c |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
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obo:PATO_0000057c obo:PATO_0002302c |
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|---|---|
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obo:PATO_0002002c obo:PATO_0001999c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002084 |
|---|---|
| Description |
Terms were requested by the OBI consortium but it was later decided that the term was not reflecting a quality rather what it might be refered to as a "conferred quality". |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002085 |
|---|---|
| Description |
Terms were requested by the OBI consortium but it was later decided that the term was not reflecting a quality rather what it might be refered to as a "conferred quality". |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002087 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002007c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0002088 |
|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001673c |
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|---|---|
| Super-classes |
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| Super-classes |
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| Super-classes |
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| Super-classes |
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| Super-classes |
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This term is also used in reference to the operation of the muscle in anatomy or musculature. |
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|---|---|
| Description |
Adapted from Wikipedia and the birnlex term that is dbxref'd. Added on behalf of OBI at March 2010 workshop. |
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| Description |
Capacitance is also a measure of the amount of electrical energy stored (or separated) for a given electric potential. |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Description |
For example loss of myelin sheath from a normally myelinated axon or dendrite. |
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| Description |
Setose as a label is used extensively to describe insect phenotypes that have hairy-like appearances (i.e., they are covered in setae, not the hairs of mammals). A bristle is a type of seta. |
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| Description |
For example, structures undergoing endochondral ossification change in composition from cartilaginous to ossified. |
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| Description |
Note that a fiber shaped object may take any circuitous or straight path through space (think of a length of string or rope). |
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Acinus is Latin for berry. |
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The word "torsion" has multiple different meanings in different context (e.g. the act of twisting or the morphology of the digestive tract in gastropods). This term refers purely to the resulting shape and is not to be used in the engineering and mechanics sense of torsion. Note: kinked PATO:0001798(synonym twisted) is similar to 'torsioned', but it is different in that something that is kinked has sharp twists or turns. |
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| Description |
obsoleted because the ID was accidentally reused |
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| Description |
obsoleted because the ID was accidentally reused |
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|---|---|
| Description |
obsoleted because the ID was accidentally reused |
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| Description |
obsoleted because the ID was accidentally reused |
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| Description |
obsoleted because the ID was accidentally reused |
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| Restrictions |
pato:towardsop some obo:PATO_0000070c |
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|---|---|
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obo:PATO_0002007c |
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obo:PATO_0000052c |
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|---|---|
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
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|---|---|
| Description |
Need to include axiom: hypsodont inheres_in some ('tooth crown' and bearer_of 'increased height'). |
| Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
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|---|---|
| Description |
Need to include axiom: brachydont inheres_in some ('tooth crown' and bearer_of 'decreased height'). |
| Super-classes |
obo:PATO_0002266c |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001865c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000117c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002254c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002254c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000406c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001973c |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
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|---|---|
| Description |
What counts as maximally connected may be relative to some specification of granularity. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010001 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0010003c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010003 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0010002c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002062c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0010006 |
|---|---|
| Description |
Use this term for morphologies that can only inhere in a cell, e.g. morphological qualities inhering in a cell by virtue of the presence, location or shape of one or more cell parts. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000051c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0070026c obo:PATO_0070042c obo:PATO_0070025c obo:PATO_0070027c obo:PATO_0070011c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015001 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000462c obo:PATO_0000639c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015002 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001236c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0015004c obo:PATO_0015003c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015003 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0015002c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015004 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0015002c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015005 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
| Restrictions |
obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0000404c obo:BFO_0000051op some obo:PATO_0002212c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015006 |
|---|---|
| Description |
A complete coverage of this domain would subclasses homopolymeric, copolymeric, crystalline. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015007 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0001482c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015008 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0002468c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015009 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001547c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015012 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001547c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015013 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001291c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015016 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015017 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002198c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0015018c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015018 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0015017c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015019 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015021 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015026 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000141c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015029 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002198c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015030 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0015031 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000025c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0020000 |
|---|---|
| Description |
Note that the chromosomal constitution of genotypic sex varies in different organisms. In human, we have XY, XX, though abnormal XXY, X0, XYY, and other combinations are possible. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000047c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0020002c obo:PATO_0020001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0020001 |
|---|---|
| Description |
Note that the chromosomal constitution of genotypic sex varies in different organisms. In human, this would be XY, though abnormal XXY and XYY would also result in a male phenotypic outcome. |
| Super-classes |
obo:PATO_0020000c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0020002 |
|---|---|
| Description |
Note that the chromosomal constitution of genotypic sex varies in different organisms. In human, this would be XX, though abnormal X0 and XXX would also result in a female phenotypic outcome. |
| Super-classes |
obo:PATO_0020000c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0025000 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0025002c obo:PATO_0025001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0025001 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0025000c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0025002 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0025000c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030000 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000615c obo:PATO_0030004c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030001 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000620c obo:PATO_0030005c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030002 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000630c obo:PATO_0030006c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030003 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000646c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0000636c obo:PATO_0030007c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0030004 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0030000c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0030001c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0030002c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0030003c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000625c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040002 |
|---|---|
| Description |
Original label "originates from" changed to current label to differentiate that this term is a positional quality rather than one that connects between an entity and another entity it originates from. |
| Super-classes |
obo:PATO_0000140c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040003 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001995c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000150c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000133c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000052c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002267c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002008c |
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|---|---|
| Description |
For example, distinct anteroposterior mobility of palatine relative to mesethmoid. |
| Super-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0040011 |
|---|---|
| Description |
For example: distinct anteroposterior immobility of palatine relative to mesethmoid. |
| Super-classes |
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|---|---|
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|---|---|
| Description |
This term is intended for use for terms such as MP:0010461 discontinuous pulmonary artery and MP:0004157 interrupted aortic arch. |
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|---|---|
| Description |
Shaded does not refer to radiation more generally, as this would be more shielded than shaded. |
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|---|---|
| Description |
Example: decreased proportion of CD4 T cells relative to total T cells. |
| Super-classes |
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|---|---|
| Description |
Example: increased proportion of CD4 T cells relative to total T cells. |
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|---|---|
| Description |
Moved to a child of wholeness because broken implies a trauma and fragmented could be caused by a developmental process. See HP:0100168 Fragmented epiphyses as an example. |
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| Super-classes |
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|---|---|
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|---|---|
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0002248c |
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|---|---|
| Description |
Sequential hermaphrodity is generally characterized by an organism producing female gametes and male gametes during different life stages. |
| Super-classes |
obo:PATO_0001340c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0040053c obo:PATO_0040052c |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070002c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070002c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070006 |
|---|---|
| Description |
This is specific to cortical bipolar cells and are distinguished from retinal bipolar cell morphology which has an axon and dendrite emerging from opposite ends of the soma. |
| Super-classes |
obo:PATO_0070027c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070007 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070026c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0070009c obo:PATO_0070008c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070007c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070007c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070026c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070011 |
|---|---|
| Description |
Chandelier cells can be bitufted or multipolar. |
| Super-classes |
obo:PATO_0010006c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070012 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070027c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070013 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070026c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070026c |
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obo:PATO_0070017c obo:PATO_0070016c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070015c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070017 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070015c |
| Sub-classes |
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| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070018 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070017c |
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|---|---|
| Super-classes |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070017c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070017c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0010006c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0010006c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0070002c obo:PATO_0070001c obo:PATO_0070010c obo:PATO_0070015c obo:PATO_0070013c obo:PATO_0070007c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070027 |
|---|---|
| Description |
This morphology type is distinct from bitufted cell morphology in that it refers to bitufted dendrite morphology rather than bitufted cell morphology. |
| Super-classes |
obo:PATO_0010006c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0070006c obo:PATO_0070012c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070028 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070033c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070029 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070033c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070033c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070031 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070033c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070033 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001018c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0070031c obo:PATO_0070030c obo:PATO_0070029c obo:PATO_0070034c obo:PATO_0070028c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070034 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070033c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0000001c |
| Sub-classes |
obo:PATO_0070041c obo:PATO_0070040c obo:PATO_0070039c obo:PATO_0070038c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070036c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070039 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070036c |
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|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070036c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070041 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0070036c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0070042 |
|---|---|
| Description |
This is distinct from cortical bipolar morphology which has two dendrites emerging from opposite ends of the soma, rather than one axon and one dendrite. |
| Super-classes |
obo:PATO_0010006c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/PATO_0085001 |
|---|---|
| Super-classes |
obo:PATO_0001655c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#decreased_in_magnitude_relative_to |
|---|---|
| Description |
This relation is used to determine the 'directionality' of relative qualities such as 'decreased strength', relative to the parent type, 'strength'. |
| Super-properties | pato:different_in_magnitude_relative_toop |
| Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#different_in_magnitude_relative_to |
|---|---|
| Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#directly_associated_with |
|---|---|
| Description |
Example: 'Lewy bodies increased number related to dystrophic neurite increased number' (from annotation of PMID:8740227 in http://ccdb.ucsd.edu/1.0/NDPO.owl#ndpo_404). Here the increase in the number of lewy bodies is directly_associated_with the increase in the number of dystrophic neurites. Association is weaker than correlation or proportionality. These relations may be later added to PATO. |
| Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_cross_section |
|---|---|
| Description |
Example: a spherical object has the quality of being spherical, and the spherical quality has_cross_section round. |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_dividend_entity |
|---|---|
| Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_dividend_quality |
|---|---|
| Super-properties | pato:has_ratio_qualityop |
| Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_divisor_entity |
|---|---|
| Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_divisor_quality |
|---|---|
| Super-properties | pato:has_ratio_qualityop |
| Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#has_ratio_quality |
|---|---|
| Domain(s) | obo:PATO_0001470c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#increased_in_magnitude_relative_to |
|---|---|
| Description |
This relation is used to determine the 'directionality' of relative qualities such as 'increased strength', relative to the parent type, 'strength'. |
| Super-properties | pato:different_in_magnitude_relative_toop |
| Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#inversely_associated_with |
|---|---|
| Description |
Association is weaker than correlation or proportionality. These relations may be later added to PATO. |
| Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#reciprocal_of |
|---|---|
| Description |
There are frequently two ways to state the same thing: we can say 'spermatocyte lacks asters' or 'asters absent from spermatocyte'. In this case the quality is 'lacking all parts of type' - it is a (relational) quality of the spermatocyte, and it is with respect to instances of 'aster'. One of the popular requirements of PATO is that it continue to support 'absent', so we need to relate statements which use this quality to the 'lacking all parts of type' quality. |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#similar_in_magnitude_relative_to |
|---|---|
| Domain(s) | obo:PATO_0000001c |
| Range(s) | obo:PATO_0000001c |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#singly_occurring_form_of |
|---|---|
| Description |
PATO divides qualities between normal (monadic, singly-occurring) qualities and relational qualities. Relational qualities stand in the 'towards' relation with respect to some additional entity. For example, The sensitivity of an eye towards red light. In some cases we want to represent a quality such as 'protruding' in both monadic and relational branches. We use this relation to link them. |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#abnormal_slim |
|---|---|
| Description |
Abnormal/normal slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#absent_slim |
|---|---|
| Description |
Absent/present slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#attribute_slim |
|---|---|
| Description |
Attribute slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#cell_quality |
|---|---|
| Description |
cell_quality |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#disposition_slim |
|---|---|
| Description |
Disposition slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#hpo_slim |
|---|---|
| Description |
Human phenotype slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#mpath_slim |
|---|---|
| Description |
Pathology slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#relational_slim |
|---|---|
| Description |
Relational slim: types of quality that require an additional entity in order to exist |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#scalar_slim |
|---|---|
| Description |
Scalar slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
| URI | http://purl.obolibrary.org/obo/pato#value_slim |
|---|---|
| Description |
Value slim |
| Super-properties | oboInOwl:SubsetPropertyap |
http://purl.obolibrary.org/obo/pato/pato-base.owlhttp://purl.org/dc/elements/1.1/http://purl.obolibrary.org/obo/http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#http://www.w3.org/2002/07/owl#http://purl.obolibrary.org/obo/pato#http://www.w3.org/ns/prov#http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#http://schema.org/http://www.w3.org/2004/02/skos/core#http://purl.org/dc/terms/http://www.w3.org/2001/XMLSchema#| c | Classes |
| op | Object Properties |
| fp | Functional Properties |
| dp | Data Properties |
| dp | Annotation Properties |
| p | Properties |
| ni | Named Individuals |